PDB-7mqt: N-Acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase from Staphylococcus a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mqt

タイトル

N-Acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase from Staphylococcus aureus (strain MRSA USA300) with 5-deoxy substrate bound

要素

N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase

キーワード

ISOMERASE / Epimerase / NanE

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase / N-acetylmannosamine catabolic process / N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Currie, M.J. / Dobson, R.C.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase uses a novel substrate-assisted mechanism to catalyze amino sugar epimerization.
著者: Currie, M.J. / Manjunath, L. / Horne, C.R. / Rendle, P.M. / Subramanian, R. / Friemann, R. / Fairbanks, A.J. / Muscroft-Taylor, A.C. / North, R.A. / Dobson, R.C.J.

履歴

登録	2021年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mqt.cif.gz	122.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mqt.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mqt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/7mqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/7mqt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vvaSC 7mfnC 7mfsC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase

BBB: N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase

ヘテロ分子

50.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.437, 173.454, 44.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase / ManNAc-6-P epimerase 分子量: 24571.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: nanE, BTN44_01590, EP54_02960, EQ90_08785, ERS072840_01491, FA040_00085, HMPREF3211_02501, NCTC10654_00351, NCTC10702_00560, NCTC7878_00328, RK64_02155 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: X5EM89, N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase
#2: 化合物	ChemComp-ZM1 / 2-acetamido-2,5-dideoxy-6-O-phosphono-D-lyxo-hexose 分子量: 285.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₆NO₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID 分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 581 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.59 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1 M trisodium citrate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→46.11 Å / Num. obs: 48503 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 1.88→1.95 Å / Num. unique obs: 4640 / CC_1/2: 0.702

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6VVA

6vva

解像度: 1.88→46.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 3.035 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.115 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1967	2470	5.092 %
R_work	0.1539	46033	-
all	0.156	-	-
obs	-	48503	99.659 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.308 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.164 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.539 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.375 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→46.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3442	0	64	581	4087

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	3776
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3619
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.632	1.652	5165
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.455	1.588	8395
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.501	5	498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.375	23.825	183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.76	15	678
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	27.51	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	527
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4336
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	784
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	853
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	3744
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1779
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	524
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.07	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.213	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.226	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.009	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.647	1.968	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.639	1.965	1873
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.356	2.941	2370
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.363	2.943	2371
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.708	2.342	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.708	2.34	1898
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.207	3.403	2780
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.206	3.403	2781
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.109	26.33	4596
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.901	25.281	4409

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88-1.929	0.32	160	0.306	3239	X-RAY DIFFRACTION	95.9898
1.929-1.982	0.251	155	0.223	3272	X-RAY DIFFRACTION	100
1.982-2.039	0.235	148	0.198	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
2.039-2.102	0.225	165	0.207	3136	X-RAY DIFFRACTION	99.9092
2.102-2.171	0.189	155	0.156	2969	X-RAY DIFFRACTION	100
2.171-2.247	0.211	180	0.183	2914	X-RAY DIFFRACTION	99.9354
2.247-2.332	0.216	147	0.15	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
2.332-2.427	0.185	162	0.143	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.965
2.427-2.535	0.183	149	0.132	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.535-2.659	0.203	126	0.135	2505	X-RAY DIFFRACTION	99.962
2.659-2.802	0.199	117	0.13	2377	X-RAY DIFFRACTION	100
2.802-2.972	0.203	122	0.136	2265	X-RAY DIFFRACTION	100
2.972-3.177	0.188	115	0.141	2140	X-RAY DIFFRACTION	100
3.177-3.431	0.189	120	0.146	1979	X-RAY DIFFRACTION	100
3.431-3.758	0.195	113	0.141	1822	X-RAY DIFFRACTION	99.9483
3.758-4.201	0.199	90	0.125	1678	X-RAY DIFFRACTION	99.9435
4.201-4.848	0.136	89	0.112	1501	X-RAY DIFFRACTION	100
4.848-5.934	0.148	75	0.146	1269	X-RAY DIFFRACTION	100
5.934-8.372	0.212	48	0.162	1025	X-RAY DIFFRACTION	100
8.372-46.11	0.22	34	0.193	613	X-RAY DIFFRACTION	99.5385

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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