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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mqt | ||||||
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タイトル | N-Acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase from Staphylococcus aureus (strain MRSA USA300) with 5-deoxy substrate bound | ||||||
要素 | N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / Epimerase / NanE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase / : / N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase activity / N-acetylmannosamine metabolic process / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å | ||||||
データ登録者 | Currie, M.J. / Dobson, R.C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021 タイトル: N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase uses a novel substrate-assisted mechanism to catalyze amino sugar epimerization. 著者: Currie, M.J. / Manjunath, L. / Horne, C.R. / Rendle, P.M. / Subramanian, R. / Friemann, R. / Fairbanks, A.J. / Muscroft-Taylor, A.C. / North, R.A. / Dobson, R.C.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7mqt.cif.gz | 122.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7mqt.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7mqt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7mqt_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7mqt_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7mqt_validation.xml.gz | 26.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7mqt_validation.cif.gz | 39 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/7mqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/7mqt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6vvaSC 7mfnC 7mfsC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24571.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: nanE, BTN44_01590, EP54_02960, EQ90_08785, ERS072840_01491, FA040_00085, HMPREF3211_02501, NCTC10654_00351, NCTC10702_00560, NCTC7878_00328, RK64_02155 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: X5EM89, N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.59 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 1 M trisodium citrate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→46.11 Å / Num. obs: 48503 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.95 Å / Num. unique obs: 4640 / CC1/2: 0.702 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6VVA 解像度: 1.88→46.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.035 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.115 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.308 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.88→46.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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