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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mld | ||||||
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タイトル | PYL10 bound to the ABA pan-antagonist antabactin | ||||||
要素 | Abscisic acid receptor PYL10 | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN/ANTAGONIST / PYR/PYL/RCAR / PYL10 / HORMONE RECEPTOR / PLANT PROTEIN / PLANT PROTEIN-ANTAGONIST complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Peterson, F.C. / Vaidya, A.S. / Volkman, B.F. / Cutler, S.R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021 タイトル: Click-to-lead design of a picomolar ABA receptor antagonist with potent activity in vivo. 著者: Vaidya, A.S. / Peterson, F.C. / Eckhardt, J. / Xing, Z. / Park, S.Y. / Dejonghe, W. / Takeuchi, J. / Pri-Tal, O. / Faria, J. / Elzinga, D. / Volkman, B.F. / Todoroki, Y. / Mosquna, A. / Okamoto, M. / Cutler, S.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7mld.cif.gz | 62.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7mld.ent.gz | 34.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7mld.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7mld_validation.pdf.gz | 723.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7mld_full_validation.pdf.gz | 725.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7mld_validation.xml.gz | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7mld_validation.cif.gz | 15.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/7mld ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/7mld | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17747.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PYL10, RCAR4, At4g27920, T13J8.30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8H1R0 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZLG / |
#3: 化合物 | ChemComp-CIT / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.11 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 200 mM tribasic ammonium citrate and 22% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 14845 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 19.37 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 25.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.373 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 1429 / CC1/2: 0.912 / CC star: 0.977 / Rpim(I) all: 0.181 / Rrim(I) all: 0.416 / % possible all: 86.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6NWB 解像度: 1.8→42.45 Å / SU ML: 0.2245 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.9493 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.38 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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