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- PDB-7mfc: Crystal structure of CSF1R in complex with vimseltinib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mfc
タイトルCrystal structure of CSF1R in complex with vimseltinib
要素Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / cancer / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


forebrain neuron differentiation / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / cell-cell junction maintenance / regulation of macrophage migration / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / microglial cell proliferation / olfactory bulb development / mammary gland duct morphogenesis / host-mediated activation of viral process ...forebrain neuron differentiation / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / cell-cell junction maintenance / regulation of macrophage migration / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / microglial cell proliferation / olfactory bulb development / mammary gland duct morphogenesis / host-mediated activation of viral process / ruffle organization / positive regulation of macrophage proliferation / regulation of bone resorption / Other interleukin signaling / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of cell motility / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / growth factor binding / positive regulation of macrophage chemotaxis / cellular response to cytokine stimulus / cytokine binding / hemopoiesis / monocyte differentiation / regulation of MAPK cascade / macrophage differentiation / Transcriptional Regulation by VENTX / positive regulation of chemokine production / osteoclast differentiation / axon guidance / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / response to ischemia / regulation of actin cytoskeleton organization / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / cytokine-mediated signaling pathway / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / cell migration / regulation of cell shape / positive regulation of protein phosphorylation / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of cell migration / inflammatory response / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Vimseltinib / Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Abendroth, J. / Davies, D.R. / Atkins, K.
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2021
タイトル: Vimseltinib: A Precision CSF1R Therapy for Tenosynovial Giant Cell Tumors and Diseases Promoted by Macrophages.
著者: Smith, B.D. / Kaufman, M.D. / Wise, S.C. / Ahn, Y.M. / Caldwell, T.M. / Leary, C.B. / Lu, W.P. / Tan, G. / Vogeti, L. / Vogeti, S. / Wilky, B.A. / Davis, L.E. / Sharma, M. / Ruiz-Soto, R. / Flynn, D.L.
履歴
登録2021年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0722
ポリマ－38,6401
非ポリマー4311
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.870, 61.870, 181.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / CSF-1 receptor / CSF-1-R / CSF-1R / M-CSF-R / Proto-oncogene c-Fms


分子量: 38640.176 Da / 分子数: 1
断片: Kinase domain, UNP residues 542-919 with deletion of 696-741
変異: C677T, C830S, C907T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF1R, FMS / プラスミド: CID100239 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): TNI / 参照: UniProt: P07333, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-Z6V / Vimseltinib / 3-methyl-5-(6-methyl-5-{[2-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)pyridin-4-yl]oxy}pyridin-2-yl)-2-[(propan-2-yl)amino]pyrimidin-4(3H)-one


分子量: 431.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25N7O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: CSF1R at 4mg/ml with 0.5mM vimseltinib: Crystallization: 100mM Tris base / HCl pH 7.71, 18% PEG 8000, 100mM MgCl2: Cryo: 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→45.44 Å / Num. obs: 9256 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 45.34 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rrim(I) all: 0.139 / Χ2: 0.918 / Net I/σ(I): 10.94 / Num. measured all: 59674
反射 シェル解像度: 2.8→2.877 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.534 / Mean I/σ(I) obs: 3.23 / Num. unique obs: 123 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.047 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11_2563精密化
XDSデータ削減
XSCALEVERSION May 1, 2016 BUILT=20160617データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2I1M CHAIN A

2i1m


解像度: 2.8→45.44 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 889 9.64 %RANDOM, 0
Rwork0.226 ---
obs0.229 9224 98.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 140.98 Å2 / Biso mean: 53.81 Å2 / Biso min: 15.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→45.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2157 0 32 15 2204
Biso mean--43.14 38.43 -
残基数----287
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032243
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5843058
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044339
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006394
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9021299
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3688 144 -
Rwork0.2997 1348 -
all-1492 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.48540.4299-0.05216.15640.51145.21130.0420.3478-0.1298-0.1848-0.10740.40740.1614-0.7704-0.00210.39510.01330.00560.51330.0410.326321.1954-12.6176-25.1645
21.6385-0.2958-0.28111.7223-0.13232.37520.1129-0.118-0.074-0.0137-0.0060.0071-0.0765-0.2496-0.10280.3263-0.0753-0.00450.33550.03440.29128.6106-12.3605-1.5033
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A613 - 706
2X-RAY DIFFRACTION2A706 - 913

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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