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- PDB-7m2o: Crystal structure of Human Glycolate Oxidase with Inhibitor Compo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m2o
タイトルCrystal structure of Human Glycolate Oxidase with Inhibitor Compound 15
要素Hydroxyacid oxidase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glyoxylate oxidase / glyoxylate oxidase activity / glycolate catabolic process / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / glycine biosynthetic process / fatty acid alpha-oxidation / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / peroxisomal matrix / Peroxisomal protein import ...glyoxylate oxidase / glyoxylate oxidase activity / glycolate catabolic process / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / glycine biosynthetic process / fatty acid alpha-oxidation / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / peroxisomal matrix / Peroxisomal protein import / FMN binding / response to oxidative stress / intracellular membrane-bounded organelle / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-YOJ / 2-Hydroxyacid oxidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Gumpena, R. / Ding, J. / Powell, D.A. / Lowther, W.T.
引用ジャーナル: ACS Medicinal Chemistry Letters / 年: 2021
タイトル: Dual Glycolate Oxidase/Lactate Dehydrogenase A Inhibitors for Primary Hyperoxaluria
著者: Ding, J. / Gumpena, R. / Boily, M.O. / Caron, A. / Chong, O. / Cox, J.H. / Dumais, V. / Gaudreault, S. / Graff, A.H. / King, A. / Knight, J. / Oballa, R. / Surendradoss, J. / Tang, T. / Wu, J. ...著者: Ding, J. / Gumpena, R. / Boily, M.O. / Caron, A. / Chong, O. / Cox, J.H. / Dumais, V. / Gaudreault, S. / Graff, A.H. / King, A. / Knight, J. / Oballa, R. / Surendradoss, J. / Tang, T. / Wu, J. / Lowther, W.T. / Powell, D.A.
履歴
登録2021年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxyacid oxidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,39710
ポリマ－42,6401
非ポリマー1,7579
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.904, 96.904, 79.536
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Hydroxyacid oxidase 1 / HAOX1 / Glycolate oxidase / GOX


分子量: 42640.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HAO1, GOX1, HAOX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJM8, (S)-2-hydroxy-acid oxidase

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非ポリマー , 5種, 209分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-YOJ / 5-[(5'-{1-(4-carboxy-1,3-thiazol-2-yl)-5-(cyclopropylmethyl)-4-[(3-fluoro-4-sulfamoylphenyl)methyl]-1H-pyrazol-3-yl}-2'-fluoro[1,1'-biphenyl]-4-yl)oxy]-1H-1,2,3-triazole-4-carboxylic acid


分子量: 733.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H25F2N7O7S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCL pH 8.5, 25 % (w/v) PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月31日
放射モノクロメーター: Cu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.784
11K, H, -L20.216
反射解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 22486 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.07→2.11 Å / Num. unique obs: 1133 / CC1/2: 0.797

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RDW

2rdw


解像度: 2.07→39.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.991 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.028 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16607 1065 4.7 %RANDOM
Rwork0.12597 ---
obs0.12793 21419 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.264 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.07→39.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2602 0 119 201 2922
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0132820
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172728
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7541.6863818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3651.5986299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6495348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.0421.151139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.85815495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.11524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02585
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7271.9131359
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7261.9111358
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3952.8551700
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3952.8581701
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9012.511461
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.92.511462
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.4053.6062110
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.45324.6283372
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.45324.6253372
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.123 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 85 -
Rwork0.238 1534 -
obs--98.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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