PDB-7lmi: SARS-CoV-1 3CLPro in complex with N-(4-(1H-pyrazol-4-yl)phenyl)-2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lmi

タイトル

SARS-CoV-1 3CLPro in complex with N-(4-(1H-pyrazol-4-yl)phenyl)-2-(1H-benzo[d][1,2,3]triazol-1-yl)-N-(thiophen-3-ylmethyl)acetamide

要素

3C-like proteinase

キーワード

VIRAL PROTEIN / Hydrolase/Inhibitor / 3CLPro / SARS-CoV-1 Main Protease / Inhibitor Complex / Protease / Hydrolase-Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / K48-linked deubiquitinase activity / K63-linked deubiquitinase activity / host cell endoplasmic reticulum / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / viral genome replication ...
類似検索 - 分子機能

Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like ...Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Coronavirus replicase NSP9 / Non-structural protein 3, X-domain-like / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.707 Å

データ登録者

Arya, T. / Goins, C.M. / Macdonald, J.D. / Stauffer, S.R.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structure-Based Optimization of ML300-Derived, Noncovalent Inhibitors Targeting the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 3CL Protease (SARS-CoV-2 3CL pro ).
著者: Han, S.H. / Goins, C.M. / Arya, T. / Shin, W.J. / Maw, J. / Hooper, A. / Sonawane, D.P. / Porter, M.R. / Bannister, B.E. / Crouch, R.D. / Lindsey, A.A. / Lakatos, G. / Martinez, S.R. / ...

履歴

登録	2021年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lmi.cif.gz	140 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lmi.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lmi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7lmi_validation.pdf.gz	807.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lmi_full_validation.pdf.gz	810.8 KB	表示
XML形式データ	7lmi_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	7lmi_validation.cif.gz	23.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/7lmi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/7lmi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7lmdC 7lmeC 7lmfC 7lmgC 7lmhC 7lmjC 3vb3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2hob-1 4tww-d 2z9k-d 2amq-d 2z9j-d 2z3d-1 7mgs-1 7m8p-d 2q6g-d 7ali-d 2qiq-1 7d1o-1 7bqy-1 3ea8-1 6zru-1 7baj-1 2v6n-1 6y2f-1 7lcq-1 7nt2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#242 - 2020年2月コロナウイルスプロテアーゼ (Coronavirus Proteases) 類似性 (7) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (6) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#242 - 2020年2月
コロナウイルスプロテアーゼ (Coronavirus Proteases)
類似性 (7)
#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (6)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#47 - 2003年11月
シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: 3C-like proteinase

ヘテロ分子

34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: 3C-like proteinase

ヘテロ分子

AAA: 3C-like proteinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.508, 82.109, 53.384
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.657, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-520- HOH
2	1	AAA-705- HOH

#1: タンパク質	3C-like proteinase / 3CL-PRO / 3CLp / Main protease / Mpro / Non-structural protein 5 / nsp5 / SARS coronavirus main proteinase 分子量: 33876.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) 遺伝子: 1a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C6U8, SARS coronavirus main proteinase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-Y6A / 2-(benzotriazol-1-yl)-~{N}-[4-(1~{H}-pyrazol-4-yl)phenyl]-~{N}-(thiophen-3-ylmethyl)ethanamide 分子量: 414.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₈N₆OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.78 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 10% PEG 6000, 0.1M MES, 1mM DTT, 1mM EDTA, 3% DMSO, 10% Glycerol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.707→32.359 Å / Num. obs: 48877 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 2.59
反射シェル	解像度: 1.707→1.77 Å / Num. unique obs: 4776 / CC_1/2: 0.3218

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3vb3

3vb3

解像度: 1.707→32.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 5.361 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.09 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2156	2450	5.013 %
R_work	0.1674	46427	-
all	0.17	-	-
obs	-	48877	99.291 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.653 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.345 Å²	0 Å²	0.357 Å²
2-	-	0.949 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.696 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.707→32.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2370	0	42	217	2629

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	2525
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2345
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.959	1.662	3438
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.502	1.586	5394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.752	5	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.735	22.54	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.086	15	410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.963	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	328
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2910
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	612
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	473
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	2235
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1186
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.079	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.203	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.248	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.015	3.206	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.949	3.206	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.47	4.818	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.492	4.818	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.155	3.708	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.153	3.71	1281
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.673	5.377	1871
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.671	5.379	1872
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.249	39.293	2806
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.224	38.922	2769
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.832	3	4870

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.707-1.751	0.325	179	0.279	3144	X-RAY DIFFRACTION	91.091
1.751-1.799	0.287	191	0.226	3323	X-RAY DIFFRACTION	100
1.799-1.851	0.276	165	0.211	3282	X-RAY DIFFRACTION	100
1.851-1.908	0.268	161	0.175	3167	X-RAY DIFFRACTION	100
1.908-1.971	0.216	168	0.162	3065	X-RAY DIFFRACTION	100
1.971-2.04	0.236	156	0.167	2989	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.117	0.25	167	0.166	2853	X-RAY DIFFRACTION	100
2.117-2.203	0.232	136	0.148	2775	X-RAY DIFFRACTION	99.9657
2.203-2.301	0.185	138	0.128	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.928
2.301-2.413	0.235	126	0.143	2548	X-RAY DIFFRACTION	99.9626
2.413-2.544	0.214	131	0.138	2425	X-RAY DIFFRACTION	100
2.544-2.698	0.255	114	0.156	2278	X-RAY DIFFRACTION	100
2.698-2.884	0.263	117	0.163	2130	X-RAY DIFFRACTION	100
2.884-3.114	0.24	107	0.163	2006	X-RAY DIFFRACTION	99.9054
3.114-3.41	0.203	83	0.176	1864	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.812	0.211	98	0.195	1665	X-RAY DIFFRACTION	99.8301
3.812-4.399	0.186	71	0.158	1474	X-RAY DIFFRACTION	99.6774
4.399-5.381	0.174	69	0.156	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
5.381-7.584	0.209	45	0.174	986	X-RAY DIFFRACTION	99.9031
7.584-32.34	0.135	28	0.135	552	X-RAY DIFFRACTION	98.6395

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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