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万見
- PDB-7lgk: Crystal structure of soluble guanylate cyclase activator runcacig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lgk
タイトルCrystal structure of soluble guanylate cyclase activator runcaciguat (BAY 1101042) bound to nostoc H-NOX domain
要素H-NOX domain protein
キーワードSIGNALING PROTEIN/ACTIVATOR / Soluble guanylyl cyclase / H-NOX / signal transduction / activator / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-SIGNALING PROTEIN ACTIVATOR complex / SIGNALING PROTEIN-ACTIVATOR complex
機能・相同性Heme NO-binding / H-NOX domain superfamily / Haem-NO-binding / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / heme binding / metal ion binding / Runcaciguat / Alr2278 protein
機能・相同性情報
生物種Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者van den Akker, F. / Kumar, V. / Schaefer, M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of the Soluble Guanylate Cyclase Activator Runcaciguat (BAY 1101042).
著者: Hahn, M.G. / Lampe, T. / El Sheikh, S. / Griebenow, N. / Woltering, E. / Schlemmer, K.H. / Dietz, L. / Gerisch, M. / Wunder, F. / Becker-Pelster, E.M. / Mondritzki, T. / Tinel, H. / Knorr, A. ...著者: Hahn, M.G. / Lampe, T. / El Sheikh, S. / Griebenow, N. / Woltering, E. / Schlemmer, K.H. / Dietz, L. / Gerisch, M. / Wunder, F. / Becker-Pelster, E.M. / Mondritzki, T. / Tinel, H. / Knorr, A. / Kern, A. / Lang, D. / Hueser, J. / Schomber, T. / Benardeau, A. / Eitner, F. / Truebel, H. / Mittendorf, J. / Kumar, V. / van den Akker, F. / Schaefer, M. / Geiss, V. / Sandner, P. / Stasch, J.P.
履歴
登録2021年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-NOX domain protein
B: H-NOX domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,31812
ポリマ－40,7182
非ポリマー1,60010
水1,62190
1
A: H-NOX domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1596
ポリマ－20,3591
非ポリマー8005
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: H-NOX domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1596
ポリマ－20,3591
非ポリマー8005
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.990, 123.990, 123.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 H-NOX domain protein


分子量: 20358.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 遺伝子: alr2278 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YUQ7
#2: 化合物 ChemComp-XZ7 / Runcaciguat / (3S)-3-(4-chloro-3-{[(2S,3R)-2-(4-chlorophenyl)-4,4,4-trifluoro-3-methylbutanoyl]amino}phenyl)-3-cyclopropylpropanoic acid


分子量: 488.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H22Cl2F3NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 12% glycerol, and 1.5 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→43.84 Å / Num. obs: 32542 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 18.98
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / Num. unique obs: 3000 / Rrim(I) all: 1.97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IAM

4iam


解像度: 2.2→43.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 7.812 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2073 1628 5 %RANDOM
Rwork0.1617 ---
obs0.1639 30913 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 137.05 Å2 / Biso mean: 58.827 Å2 / Biso min: 36.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→43.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2864 0 102 90 3056
Biso mean--62.46 57.38 -
残基数----364
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0193063
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4371.9824146
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2123.0026453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8985370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.66524.69145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.00115500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8381511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2447
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.023433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02686
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 120 -
Rwork0.182 2271 -
obs--99.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.43130.0592-0.34140.9311-0.38410.6571-0.0149-0.00230.06180.03970.0284-0.0096-0.07160.0055-0.01350.02680.00530.00350.01420.02240.0501-7.42228.7789-20.5585
20.5382-0.16170.03771.0391-0.45020.7821-0.01480.06830.0575-0.15990.0162-0.02370.0821-0.0046-0.00130.0364-0.00140.00510.03120.020.0148-20.8364-9.5649-38.7157
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 1001
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 1001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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