PDB-7l82: x-ray structure of the psychrobacter cryohalolentis Pcryo_0637 N-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l82

タイトル

x-ray structure of the psychrobacter cryohalolentis Pcryo_0637 N-acetyltransferase in the presene of its reaction tetrahedral intermediate

要素

Putative acetyl transferase protein

キーワード

TRANSFERASE / beta helix / reaction intermediate / N-acetyltransferase

機能・相同性

Sialic acid O-acyltransferase NeuD-like / PglD, N-terminal / PglD N-terminal domain / : / Trimeric LpxA-like superfamily / transferase activity / nucleotide binding / Chem-XQD / Acetyl transferase protein

機能・相同性情報

生物種

Psychrobacter cryohalolentis (バクテリア)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Linehan, M.P. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Characterization of two enzymes from Psychrobacter cryohalolentis that are required for the biosynthesis of an unusual diacetamido-d-sugar.
著者: Linehan, M.P. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.

履歴

登録	2020年12月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l82.cif.gz	71.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l82.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l82.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/7l82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/7l82	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7l7xC 7l7ySC 7l7zC 7l81C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7l7z-1 7l7y-1 7l81-1 4m99-d 4bq3-1 4ea7-1 4bq2-3 6tjr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Putative acetyl transferase protein

ヘテロ分子

25.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Putative acetyl transferase protein

ヘテロ分子

AAA: Putative acetyl transferase protein

ヘテロ分子

AAA: Putative acetyl transferase protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
77.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.237, 97.237, 66.173
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-302- CL
2	1	AAA-306- MPD
3	1	AAA-608- HOH

#1: タンパク質	Putative acetyl transferase protein 分子量: 23680.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Psychrobacter cryohalolentis (strain ATCC BAA-1226 / DSM 17306 / VKM B-2378 / K5) (バクテリア) 株: ATCC BAA-1226 / DSM 17306 / VKM B-2378 / K5 / 遺伝子: Pcryo_0637 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1QD33
#2: 化合物	ChemComp-XQD / [(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-3-acetamido-5-[[(1~{S})-1-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethylsulfanyl]-1-oxidanyl-ethyl]amino]-6-methyl-4-oxidanyl-oxan-2-yl] [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] hydrogen phosphate 分子量: 1399.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₆₆N₁₁O₃₂P₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 23-26% MPD, 100 mM HEPES crystals incubated with 5 mM acetyl-coenzyme A and 5 mM UDP-2-acetamido-4-amino-2,4,3-trideoxy-D-glucose

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.399→50 Å / Num. obs: 45470 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / R_sym value: 0.049 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 8481 / R_sym value: 0.38 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
SAINT		データ削減
SADABS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 7l7y

7l7y

解像度: 1.4→28.699 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 1.029 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.056 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1805	2191	4.819 %
R_work	0.1552	43279	-
all	0.156	-	-
obs	-	45470	98.76 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.075 Å²	0.037 Å²	0 Å²
2-	-	0.075 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.242 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→28.699 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1612	0	130	249	1991

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.017	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.069	1.714	2498
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.498	1.617	4040
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.559	5	233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.939	24.03	67
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.231	15	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.346	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1933
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	325
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	348
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	894
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	889
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	184
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.161	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.409	1.293	882
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.352	1.287	880
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.043	1.931	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.056	1.935	1105
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.421	1.665	934
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.42	1.667	935
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.549	2.415	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.547	2.417	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.232	18.122	2075
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.232	18.136	2076

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.435	0.331	173	0.322	3147	X-RAY DIFFRACTION	97.1044
1.435-1.475	0.281	150	0.263	3111	X-RAY DIFFRACTION	98.8182
1.475-1.517	0.23	184	0.23	2990	X-RAY DIFFRACTION	97.9932
1.517-1.564	0.219	141	0.205	2928	X-RAY DIFFRACTION	98.3024
1.564-1.615	0.215	160	0.187	2847	X-RAY DIFFRACTION	98.882
1.615-1.672	0.197	164	0.178	2732	X-RAY DIFFRACTION	98.5705
1.672-1.735	0.214	134	0.172	2645	X-RAY DIFFRACTION	98.3021
1.735-1.806	0.176	147	0.161	2556	X-RAY DIFFRACTION	99.1927
1.806-1.886	0.184	121	0.157	2472	X-RAY DIFFRACTION	98.6307
1.886-1.978	0.17	119	0.152	2334	X-RAY DIFFRACTION	98.9113
1.978-2.085	0.16	102	0.141	2251	X-RAY DIFFRACTION	98.4519
2.085-2.211	0.172	106	0.135	2134	X-RAY DIFFRACTION	98.8962
2.211-2.363	0.159	92	0.132	1968	X-RAY DIFFRACTION	99.1815
2.363-2.552	0.12	90	0.12	1905	X-RAY DIFFRACTION	99.7999
2.552-2.795	0.158	68	0.125	1735	X-RAY DIFFRACTION	99.9446
2.795-3.124	0.189	68	0.123	1574	X-RAY DIFFRACTION	100
3.124-3.605	0.13	57	0.129	1392	X-RAY DIFFRACTION	99.931
3.605-4.41	0.146	58	0.12	1168	X-RAY DIFFRACTION	99.9185
4.41-6.214	0.161	38	0.131	893	X-RAY DIFFRACTION	100
6.214-28.699	0.198	19	0.169	497	X-RAY DIFFRACTION	96.9925

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関連情報:EMDBヘッダ

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