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- PDB-7kx6: Crystal structure of DCLK1-KD in complex with XMD8-85 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kx6
タイトルCrystal structure of DCLK1-KD in complex with XMD8-85
要素Serine/threonine-protein kinase DCLK1
キーワードTRANSFERASE / KINASE / DOUBLECORTIN-LIKE
機能・相同性
機能・相同性情報


axon extension / endosomal transport / protein localization to nucleus / central nervous system development / response to virus / nervous system development / protein phosphorylation / protein kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction ...axon extension / endosomal transport / protein localization to nucleus / central nervous system development / response to virus / nervous system development / protein phosphorylation / protein kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Doublecortin / Doublecortin domain profile. / Domain in the Doublecortin (DCX) gene product / Doublecortin domain / Doublecortin domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Doublecortin / Doublecortin domain profile. / Domain in the Doublecortin (DCX) gene product / Doublecortin domain / Doublecortin domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-X7Y / Serine/threonine-protein kinase DCLK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Patel, O. / Lucet, I.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1162058 オーストラリア
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Structural basis for small molecule targeting of Doublecortin Like Kinase 1 with DCLK1-IN-1.
著者: Patel, O. / Roy, M.J. / Kropp, A. / Hardy, J.M. / Dai, W. / Lucet, I.S.
履歴
登録2020年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase DCLK1
B: Serine/threonine-protein kinase DCLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5194
ポリマ－62,5992
非ポリマー9192
水1,65792
1
A: Serine/threonine-protein kinase DCLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7592
ポリマ－31,3001
非ポリマー4601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein kinase DCLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7592
ポリマ－31,3001
非ポリマー4601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.180, 63.330, 152.491
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.470, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 382 through 441 or (resid 442...
21(chain B and (resid 382 through 398 or (resid 401...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 382 through 441 or (resid 442...A382 - 441
121(chain A and (resid 382 through 441 or (resid 442...A442
211(chain B and (resid 382 through 398 or (resid 401...B382 - 398
221(chain B and (resid 382 through 398 or (resid 401...B401 - 402
231(chain B and (resid 382 through 398 or (resid 401...B382 - 1
241(chain B and (resid 382 through 398 or (resid 401...B382 - 1
251(chain B and (resid 382 through 398 or (resid 401...B382 - 1
261(chain B and (resid 382 through 398 or (resid 401...B382 - 1

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase DCLK1 / Doublecortin domain-containing protein 3A / Doublecortin-like and CAM kinase-like 1 / Doublecortin- ...Doublecortin domain-containing protein 3A / Doublecortin-like and CAM kinase-like 1 / Doublecortin-like kinase 1


分子量: 31299.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCLK1, DCAMKL1, DCDC3A, KIAA0369 / プラスミド: pCOLD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O15075, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-X7Y / 2-{[2-methoxy-4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}-5,11-dimethyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one


分子量: 459.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H29N7O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.99 % / Mosaicity: 1.37 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.25 / 詳細: PEG400, ammonium sulfphate, Hepes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→74.98 Å / Num. obs: 21500 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 33.32 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 101629 / Scaling rejects: 42
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 99.7

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
2.5-2.64.80.6741176724360.7020.3450.762.9
9.01-74.984.70.03823144970.9990.0190.04325.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
Aimless0.5.8データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Cootモデル構築
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JZJ

5jzj


解像度: 2.5→56.093 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2251 1063 4.95 %
Rwork0.1924 20432 -
obs0.1941 21495 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.08 Å2 / Biso mean: 37.7305 Å2 / Biso min: 11.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→56.093 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3923 0 68 92 4083
Biso mean--37.81 30.99 -
残基数----512
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044080
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7075562
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068657
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005742
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.6142455
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2245X-RAY DIFFRACTION9.257TORSIONAL
12B2245X-RAY DIFFRACTION9.257TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5001-2.61380.31061320.24412578100
2.6138-2.75160.28911340.2273252399
2.7516-2.9240.2521270.2123252999
2.924-3.14980.27721290.2229255399
3.1498-3.46670.23851200.2028258299
3.4667-3.96820.20091470.1787252699
3.9682-4.99910.17311210.153255498
4.9991-56.0930.21331530.1876258798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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