[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7k38: Crystal structure of Pisum sativum KAI2 in complex with GR24-ent5... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7k38 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Pisum sativum KAI2 in complex with GR24-ent5DS product | ||||||
Components | PsKAI2B protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / enzyme / karrikin / receptor / a/b hydrolase | ||||||
Function / homology | (5S)-5-hydroxy-3-methylfuran-2(5H)-one Function and homology information | ||||||
Biological species | Pisum sativum (garden pea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Guercio, A.M. / Shabek, N. | ||||||
Citation | Journal: Commun Biol / Year: 2022 Title: Structural and functional analyses explain Pea KAI2 receptor diversity and reveal stereoselective catalysis during signal perception. Authors: Guercio, A.M. / Torabi, S. / Cornu, D. / Dalmais, M. / Bendahmane, A. / Le Signor, C. / Pillot, J.P. / Le Bris, P. / Boyer, F.D. / Rameau, C. / Gutjahr, C. / de Saint Germain, A. / Shabek, N. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7k38.cif.gz | 71.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7k38.ent.gz | 50.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7k38.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7k38_validation.pdf.gz | 836.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7k38_full_validation.pdf.gz | 838.9 KB | Display | |
Data in XML | 7k38_validation.xml.gz | 13.9 KB | Display | |
Data in CIF | 7k38_validation.cif.gz | 19.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/7k38 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/7k38 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7k2zC 5z9hS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 30052.490 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pisum sativum (garden pea) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-VTY / ( |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.48 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1M HEPES pH 7.5, 2.75% PEG 2000, 2.75% PEG 3350, 2.75% PEG 4000, 2.75% PEG-ME 5000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 4, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 17837 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 2.662 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 108361 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5Z9H Resolution: 2→43.36 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / Phase error: 23.21 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 66.03 Å2 / Biso mean: 26.961 Å2 / Biso min: 11.82 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→43.36 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
|