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- PDB-7jzr: CFTR Associated Ligand (CAL) PDZ domain bound to peptidomimetic L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jzr
タイトルCFTR Associated Ligand (CAL) PDZ domain bound to peptidomimetic LyCALAEB
要素
  • Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
  • LyCALAEB peptide core
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / PDZ domain / inhibitor / complex / peptidomimetic
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of anion channel activity / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / negative regulation of protein localization to cell surface / Golgi-associated vesicle membrane / Golgi to plasma membrane transport / apical protein localization / molecular sequestering activity / trans-Golgi network transport vesicle / RHOQ GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport ...negative regulation of anion channel activity / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / negative regulation of protein localization to cell surface / Golgi-associated vesicle membrane / Golgi to plasma membrane transport / apical protein localization / molecular sequestering activity / trans-Golgi network transport vesicle / RHOQ GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / protein transport / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / Golgi membrane / lysosomal membrane / dendrite / Golgi apparatus / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(2-aminoethyl)benzoic acid / Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Gill, N.P. / Madden, D.R.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01-DK101541 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20-GM113132 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)P30-DK117469 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM008704 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CFTR Associated Ligand (CAL) PDZ domain bound to peptidomimetic LyCALAEB
著者: Gill, N.P.
履歴
登録2020年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年2月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity_src_gen ...atom_site / entity_src_gen / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns.d_resolution_low / _reflns.number_obs / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _software.version / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_sheet.number_strands
解説: Polymer geometry
詳細: Improved geometry (lower RMSD values for bond lengths and angles) obtained from additional refinement using simulated annealing.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
B: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
C: LyCALAEB peptide core
D: LyCALAEB peptide core
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2146
ポリマ－20,8844
非ポリマー3302
水3,531196
1
A: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
C: LyCALAEB peptide core
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6073
ポリマ－10,4422
非ポリマー1651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area5440 Å2
手法PISA
2
B: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
D: LyCALAEB peptide core
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6073
ポリマ－10,4422
非ポリマー1651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area5060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.362, 47.468, 98.024
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein / CFTR-associated ligand / Fused in glioblastoma / PDZ protein interacting specifically with TC10 / PIST


分子量: 9353.722 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GOPC, CAL, FIG / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q9HD26
#2: タンパク質・ペプチド LyCALAEB peptide core


分子量: 1088.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-VU4 / 4-(2-aminoethyl)benzoic acid / 4-(2-アミノエチル)安息香酸


分子量: 165.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 5.5 mg/mL CAL PDZ, 1 mM LyCALAEB, 30% (w/v) PEG 8000, 100 mM NaCl, 100 mM Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.8263 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月10日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8263 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→42.72 Å / Num. obs: 23523 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 8.66 % / Biso Wilson estimate: 18.11 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 17.15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
8-108.940.04231.331030.9990.044100
7-89.330.04930.64980.9990.052100
6-79.570.04831.531730.9970.051100
5-69.110.05530.243360.9950.05899.7
3.26-58.880.05829.819870.9970.06199.7
2.66-3.269.670.06828.4422670.9970.07299.8
2.31-2.669.550.07824.226010.9960.08399.7
2.06-2.319.430.0921.0730340.9960.09599.6
1.89-2.06100.11117.3530480.9950.11799.3
1.75-1.8910.360.15911.8334560.9920.16899.3
1.63-1.757.360.2066.8739320.9820.2298
1.54-1.633.330.2382.9223750.9220.28161.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSVersion November 1, 2016データ削減
XSCALEVersion November 1, 2016データスケーリング
PHENIXv1.17.1-3660位相決定
PHENIXv1.17.1-3660モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NMO

4nmo


解像度: 1.54→42.72 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 21.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2077 2359 10.03 %
Rwork0.1751 21164 -
obs0.1783 23523 93.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 65.47 Å2 / Biso mean: 21.7966 Å2 / Biso min: 12.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.54→42.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1447 0 0 197 1644
Biso mean---29.01 -
残基数----188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081469
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1051979
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.201553
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079231
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007256
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.54-1.5740028
1.57-1.610.29211180.238297473
1.61-1.640.27441180.2067122494
1.64-1.680.23692360.1857120097
1.68-1.730.22781180.1937130199
1.73-1.780.24331170.1853133199
1.78-1.840.22161180.1907132399
1.84-1.90.22912210.1876123799
1.9-1.980.19641330.1776134299
1.98-2.070.19631180.17111333100
2.07-2.180.22761180.17421346100
2.18-2.320.20632030.17181269100
2.32-2.490.19941510.18281346100
2.49-2.740.20351180.18481374100
2.75-3.140.19141180.18611378100
3.14-3.960.17632360.16521296100
3.96-42.720.25181180.15181490100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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