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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jis | ||||||
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タイトル | HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH COMPOUND 2F | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PI3KDELTA KINASE / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mast cell differentiation / mast cell chemotaxis / B cell chemotaxis / Signaling by ALK / MET activates PI3K/AKT signaling / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RHOD GTPase cycle ...mast cell differentiation / mast cell chemotaxis / B cell chemotaxis / Signaling by ALK / MET activates PI3K/AKT signaling / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / FLT3 Signaling / RND3 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / PI3K events in ERBB4 signaling / Interleukin-7 signaling / GAB1 signalosome / PI3K events in ERBB2 signaling / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / IRS-mediated signalling / GPVI-mediated activation cascade / Signaling by SCF-KIT / Downstream signal transduction / PI3K/AKT activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Tie2 Signaling / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Costimulation by the CD28 family / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / RAF/MAP kinase cascade / Interleukin receptor SHC signaling / PI-3K cascade:FGFR1 / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR4 / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / PI3K Cascade / PIP3 activates AKT signaling / GP1b-IX-V activation signalling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / RHOA GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / DAP12 signaling / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / Regulation of signaling by CBL / Downstream TCR signaling / natural killer cell differentiation / RHOG GTPase cycle / positive regulation of epithelial tube formation / RET signaling / natural killer cell chemotaxis / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / neutrophil extravasation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of neutrophil apoptotic process / respiratory burst involved in defense response / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / T cell chemotaxis / natural killer cell activation / ErbB-3 class receptor binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / enzyme-substrate adaptor activity / phosphatidylinositol 3-kinase complex / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / Extra-nuclear estrogen signaling / phosphatidylinositol 3-kinase / vascular endothelial growth factor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / mast cell degranulation / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / intracellular glucose homeostasis / B cell activation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / T cell differentiation / RET signaling / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Interleukin receptor SHC signaling / phosphatidylinositol 3-kinase binding / phosphorylation / insulin-like growth factor receptor binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / neutrophil chemotaxis / response to endoplasmic reticulum stress / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of endothelial cell migration 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å | ||||||
データ登録者 | Lesburg, C.A. / Augustin, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020 タイトル: Optimization of Versatile Oxindoles as Selective PI3K delta Inhibitors. 著者: Methot, J.L. / Achab, A. / Christopher, M. / Zhou, H. / McGowan, M.A. / Trotter, B.W. / Fradera, X. / Lesburg, C.A. / Goldenblatt, P. / Hill, A. / Chen, D. / Otte, K.M. / Augustin, M. / Shah, S. / Katz, J.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jis.cif.gz | 467.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jis.ent.gz | 378.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jis.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7jis_validation.pdf.gz | 776.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7jis_full_validation.pdf.gz | 785.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7jis_validation.xml.gz | 37.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7jis_validation.cif.gz | 51.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/7jis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/7jis | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 116600.633 Da / 分子数: 1 断片: PI3-KINASE P110 DELTA AND P85 FRAGMENT, residues 17-1034 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CD 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O00329, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 20879.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PIK3R1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P23727 |
#3: 化合物 | ChemComp-VBS / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.09 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 16% PEG6000, 0.10 M KCL, 0.10 M MES pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.42→86.17 Å / Num. obs: 53166 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 72.775 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.062 / Rsym value: 0.054 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 14.26 |
反射 シェル | 解像度: 2.42→2.67 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.28 / Num. unique obs: 13527 / CC1/2: 0.991 / Rrim(I) all: 0.637 / Rsym value: 0.561 / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: previously determined structure 解像度: 2.42→86.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 21.095 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.389 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 204.74 Å2 / Biso mean: 77.666 Å2 / Biso min: 35.08 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.42→86.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.42→2.483 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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