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- PDB-7fal: Co-crystal Structure of Toxoplasma gondii Prolyl tRNA Synthetase ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7fal | ||||||
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Title | Co-crystal Structure of Toxoplasma gondii Prolyl tRNA Synthetase (TgPRS) in complex with T36 and L-pro | ||||||
![]() | Prolyl-tRNA synthetase (ProRS) | ||||||
![]() | TRANSLATION/INHIBITOR / Inhibitor-Bound Structural Comparison / TRANSLATION / Multi-drug / TRANSLATION-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA editing activity / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Malhotra, N. / Mishra, S. / Yogavel, M. / Sharma, A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Targeting prolyl-tRNA synthetase via a series of ATP-mimetics to accelerate drug discovery against toxoplasmosis. Authors: Yogavel, M. / Bougdour, A. / Mishra, S. / Malhotra, N. / Chhibber-Goel, J. / Bellini, V. / Harlos, K. / Laleu, B. / Hakimi, M.A. / Sharma, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 401.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 327.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 953.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 962.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 34.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 46.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7f98C ![]() 7f99C ![]() 7f9aC ![]() 7f9bC ![]() 7f9cC ![]() 7f9dC ![]() 7fakC ![]() 7famC ![]() 7fanC ![]() 7vc1C ![]() 7vc2C ![]() 7vc3C ![]() 6aa0S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 57937.258 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.01 Å3/Da / Density % sol: 59.12 % Description: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: Morpheus E2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 28, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.219→67.3 Å / Num. obs: 22703 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 4.6 |
Reflection shell | Resolution: 3.27→3.33 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1124 / CC1/2: 0.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6aa0 Resolution: 3.219→54.741 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.18 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 128.5 Å2 / Biso mean: 52.662 Å2 / Biso min: 6.57 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.219→54.741 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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