+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7eu5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Co-crystal structure of Human Nicotinamide N-methyltransferase (NNMT) with tricyclic small molecule inhibitor JBSNF-000107 | ||||||
要素 | Nicotinamide N-methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / NNMT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyridine N-methyltransferase activity / nicotinamide N-methyltransferase / nicotinamide metabolic process / nicotinamide N-methyltransferase activity / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / positive regulation of protein deacetylation / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / Methylation / Nicotinamide salvaging / animal organ regeneration ...pyridine N-methyltransferase activity / nicotinamide N-methyltransferase / nicotinamide metabolic process / nicotinamide N-methyltransferase activity / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / positive regulation of protein deacetylation / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / Methylation / Nicotinamide salvaging / animal organ regeneration / positive regulation of gluconeogenesis / : / methylation / response to xenobiotic stimulus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.731 Å | ||||||
データ登録者 | Swaminathan, S. / Gosu, R. / Birudukota, S. / Kandan, S. / Vaithilingam, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022 タイトル: Novel tricyclic small molecule inhibitors of Nicotinamide N-methyltransferase for the treatment of metabolic disorders. 著者: Ruf, S. / Rajagopal, S. / Kadnur, S.V. / Hallur, M.S. / Rani, S. / Kristam, R. / Swaminathan, S. / Zope, B.R. / Gondrala, P.K. / Swamy, I. / Putta, V.P.R.K. / Kandan, S. / Zech, G. / ...著者: Ruf, S. / Rajagopal, S. / Kadnur, S.V. / Hallur, M.S. / Rani, S. / Kristam, R. / Swaminathan, S. / Zope, B.R. / Gondrala, P.K. / Swamy, I. / Putta, V.P.R.K. / Kandan, S. / Zech, G. / Schreuder, H. / Rudolph, C. / Elvert, R. / Czech, J. / Birudukota, S. / Siddiqui, M.A. / Anand, N.N. / Mane, V.S. / Dittakavi, S. / Suresh, J. / Gosu, R. / Ramesh, M. / Yura, T. / Dhakshinamoorthy, S. / Kannt, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7eu5.cif.gz | 215.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7eu5.ent.gz | 164.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7eu5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7eu5_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7eu5_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7eu5_validation.xml.gz | 39.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7eu5_validation.cif.gz | 52.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/7eu5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/7eu5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7et7C 3rodS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31236.717 Da / 分子数: 4 / 変異: K100A,E101A,E103A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NNMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40261, nicotinamide N-methyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-SAH / #3: 化合物 | ChemComp-JDL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.07 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.2, 24 %(w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.71→48.73 Å / Num. obs: 25314 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.923 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 3.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.71→2.84 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.585 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2674 / CC1/2: 0.486 / % possible all: 74.2 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3ROD 解像度: 2.731→48.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.837 / SU B: 25.222 / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.463 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
| ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.051 Å2
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.731→48.73 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 | タイプ: r_lrange_other / Dev ideal: 4.062 / Dev ideal target: 36.367 / 数: 8859 |