+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7en7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The crystal structure of Escherichia coli MurR in complex with N-acetylmuramic-acid-6-phosphate | ||||||
要素 | HTH-type transcriptional regulator MurR | ||||||
キーワード | GENE REGULATION / regulator / N-acetylmuramic-acid-6-phosphate / sugar-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-acetylmuramic acid catabolic process / regulation of carbohydrate catabolic process / carbohydrate derivative metabolic process / carbohydrate derivative binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.22 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Y. / Chen, W. / Ji, Q. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022 タイトル: Molecular basis for cell-wall recycling regulation by transcriptional repressor MurR in Escherichia coli. 著者: Zhang, Y. / Chen, W. / Wu, D. / Liu, Y. / Wu, Z. / Li, J. / Zhang, S.Y. / Ji, Q. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7en7.cif.gz | 94.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7en7.ent.gz | 68.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7en7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7en7_validation.pdf.gz | 747.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7en7_full_validation.pdf.gz | 747.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7en7_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7en7_validation.cif.gz | 17.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/7en7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/7en7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7en5C 7en6C 4ivnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21356.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: murR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P77245 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-J79 / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.62 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.02 M Citric acid, 0.08 M BIS-TRIS propane pH 8.8, 16% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.22→50 Å / Num. obs: 58134 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.982 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 23 |
反射 シェル | 解像度: 1.22→1.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.828 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5733 / CC1/2: 0.82 / CC star: 0.949 / Rpim(I) all: 0.245 / Rrim(I) all: 0.864 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4IVN 解像度: 1.22→29.206 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.53 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.43 Å2 / Biso mean: 17.6402 Å2 / Biso min: 6.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.22→29.206 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -8.355 Å / Origin y: -5.215 Å / Origin z: -14.262 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: ( CHAIN A AND RESID 95:191 ) |