+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ebh | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of human pyruvate dehydrogenase kinase 2 in complex with compound 13 | ||||||
要素 | [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / PDHK / KINASE INHIBITORS / FRAGMENT SCREENING / PDK1 / PDK2 / PDK3 / PDK4 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / regulation of acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / : / pyruvate dehydrogenase complex / regulation of cellular ketone metabolic process / regulation of pH / cellular response to nutrient / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Signaling by Retinoic Acid ...[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / regulation of acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / : / pyruvate dehydrogenase complex / regulation of cellular ketone metabolic process / regulation of pH / cellular response to nutrient / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Signaling by Retinoic Acid / regulation of gluconeogenesis / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / regulation of glucose metabolic process / regulation of calcium-mediated signaling / cellular response to reactive oxygen species / glucose metabolic process / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / protein kinase activity / mitochondrial matrix / phosphorylation / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å | ||||||
データ登録者 | Orita, T. / Doi, S. / Iwanaga, T. / Adachi, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Fragment-based lead discovery to identify novel inhibitors that target the ATP binding site of pyruvate dehydrogenase kinases. 著者: Akaki, T. / Bessho, Y. / Ito, T. / Fujioka, S. / Ubukata, M. / Mori, G. / Yamanaka, K. / Orita, T. / Doi, S. / Iwanaga, T. / Ikegashira, K. / Hantani, Y. / Nakanishi, I. / Adachi, T. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ebh.cif.gz | 178.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7ebh.ent.gz | 125.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ebh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ebh_validation.pdf.gz | 729.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7ebh_full_validation.pdf.gz | 730.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ebh_validation.xml.gz | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ebh_validation.cif.gz | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/7ebh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/7ebh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | [ 分子量: 44647.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDK2, PDHK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q15119, [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase |
---|
-非ポリマー , 5種, 94分子
#2: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-J0F / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.19 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 50 mM Na acetate pH 5.5, 100 mM magnesium chloride and 8% (v/v) isopropanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.96→94.7 Å / Num. obs: 40300 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 41.69 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 19.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.96→2.02 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 1.015 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2943 / CC1/2: 0.802 / Rpim(I) all: 0.333 / Rrim(I) all: 1.069 / % possible all: 97.7 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2btz 解像度: 1.96→94.7 Å / SU ML: 0.2166 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.5776 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→94.7 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 46.7495288993 Å / Origin y: 45.6732922148 Å / Origin z: 72.4035994514 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |