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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7.0E+60 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of peptidoglycan peptidase in complex with inhibitor 1 | ||||||
要素 | Peptidase M23 | ||||||
キーワード | HYDROLASE/INHIBITOR / HYDROLASE-Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / Chem-HX9 / Peptidase M23 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Campylobacter jejuni (カンピロバクター) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å | ||||||
データ登録者 | Min, K. / Yoon, H.J. / Choi, Y. / Lee, H.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022 タイトル: Structure-based inhibitor design for reshaping bacterial morphology 著者: Choi, Y. / Park, J.S. / Kim, J. / Min, K. / Mahasenan, K. / Kim, C. / Yoon, H.J. / Lim, S. / Cheon, D.H. / Lee, Y. / Ryu, S. / Mobashery, S. / Kim, B.M. / Lee, H.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7e60.cif.gz | 70.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7e60.ent.gz | 49.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7e60.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7e60_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7e60_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7e60_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7e60_validation.cif.gz | 19.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/7e60 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/7e60 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28463.752 Da / 分子数: 1 / 変異: H247A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: A8118_01115 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1J6PWI8 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-HX9 / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.49 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M HEPES sodium 7.5, 1.4 M Sodium citrate tribasic dihydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月30日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→48.784 Å / Num. obs: 18355 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.764 % / Biso Wilson estimate: 45.403 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 1.26 / Net I/σ(I): 15.67 / Num. measured all: 371451 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6JMZ 解像度: 2.24→37.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 5.113 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 121.3 Å2 / Biso mean: 29.303 Å2 / Biso min: 10.95 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.24→37.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.24→2.296 Å / Rfactor Rfree error: 0
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