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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7e1x | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of hybrid respiratory supercomplex consisting of Mycobacterium tuberculosis complexIII and Mycobacterium smegmatis complexIV in presence of TB47 | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE / Mycobacterium smegmatis / mycobacterium tuberculosis / complexIII / complexIV / electron transport / anti-TB drugs | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / : / respiratory electron transport chain / peptidoglycan-based cell wall / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding ...aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / : / respiratory electron transport chain / peptidoglycan-based cell wall / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア) Mycolicibacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Zhou, S. / Wang, W. / Gao, Y. / Gong, H. / Rao, Z. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2021 タイトル: Structure of cytochrome in complex with Q203 and TB47, two anti-TB drug candidates. 著者: Shan Zhou / Weiwei Wang / Xiaoting Zhou / Yuying Zhang / Yuezheng Lai / Yanting Tang / Jinxu Xu / Dongmei Li / Jianping Lin / Xiaolin Yang / Ting Ran / Hongming Chen / Luke W Guddat / Quan ...著者: Shan Zhou / Weiwei Wang / Xiaoting Zhou / Yuying Zhang / Yuezheng Lai / Yanting Tang / Jinxu Xu / Dongmei Li / Jianping Lin / Xiaolin Yang / Ting Ran / Hongming Chen / Luke W Guddat / Quan Wang / Yan Gao / Zihe Rao / Hongri Gong / 要旨: Pathogenic mycobacteria pose a sustained threat to global human health. Recently, cytochrome complexes have gained interest as targets for antibiotic drug development. However, there is currently no ...Pathogenic mycobacteria pose a sustained threat to global human health. Recently, cytochrome complexes have gained interest as targets for antibiotic drug development. However, there is currently no structural information for the cytochrome complex from these pathogenic mycobacteria. Here, we report the structures of cytochrome alone (2.68 Å resolution) and in complex with clinical drug candidates Q203 (2.67 Å resolution) and TB47 (2.93 Å resolution) determined by single-particle cryo-electron microscopy. cytochrome forms a dimeric assembly with endogenous menaquinone/menaquinol bound at the quinone/quinol-binding pockets. We observe Q203 and TB47 bound at the quinol-binding site and stabilized by hydrogen bonds with the side chains of Thr and Glu, residues that are conserved across pathogenic mycobacteria. These high-resolution images provide a basis for the design of new mycobacterial cytochrome inhibitors that could be developed into broad-spectrum drugs to treat mycobacterial infections. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7e1x.cif.gz | 932.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7e1x.ent.gz | 779.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7e1x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7e1x_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7e1x_full_validation.pdf.gz | 3.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7e1x_validation.xml.gz | 182 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7e1x_validation.cif.gz | 242.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/7e1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/7e1x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Cytochrome c oxidase subunit ... , 4種, 8分子 EQFRGSIU
#1: タンパク質 | 分子量: 38077.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア) 参照: UniProt: A0R057, cytochrome-c oxidase #2: タンパク質 | 分子量: 64162.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア) #3: タンパク質 | 分子量: 22196.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア) 参照: UniProt: A0R049 #5: タンパク質 | 分子量: 8365.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア) 参照: UniProt: A0R1B6 |
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-タンパク質 , 4種, 8分子 HTJVDPMA
#4: タンパク質 | 分子量: 15177.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア) 参照: UniProt: A0R056, cytochrome-c oxidase #6: タンパク質 | 分子量: 15910.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア) 参照: UniProt: A0R1B5 #7: タンパク質 | 分子量: 11329.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア) #9: タンパク質 | 分子量: 46976.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: qcrA, Rv2195, MTCY190.06 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア) 参照: UniProt: P9WH23 |
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-Cytochrome bc1 complex cytochrome ... , 2種, 4分子 NBOC
#8: タンパク質 | 分子量: 61077.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: qcrB, Rv2196, MTCY190.07 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア) 参照: UniProt: P9WP37, quinol-cytochrome-c reductase #10: タンパク質 | 分子量: 29152.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: qcrC, Rv2194, MTCY190.05 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア) 参照: UniProt: P9WP35, quinol-cytochrome-c reductase |
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-非ポリマー , 11種, 59分子
#11: 化合物 | ChemComp-CU / #12: 化合物 | ChemComp-CDL / #13: 化合物 | ChemComp-PLM / #14: 化合物 | ChemComp-HEA / #15: 化合物 | #16: 化合物 | ChemComp-HEM / #17: 化合物 | ChemComp-MQ9 / #18: 化合物 | #19: 化合物 | #20: 化合物 | ChemComp-9YF / ( #21: 化合物 | ChemComp-HEC / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.8 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Calibrated defocus min: 1200 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 1800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 169988 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 2.93 Å | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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