PDB-7e1p: Crystal structure of Sulfurisphaera tokodaii O6-methylguanine met...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7e1p

タイトル

Crystal structure of Sulfurisphaera tokodaii O6-methylguanine methyltransferase C120S variant in complex with O6-methyldeoxyguanosine

要素

Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / DNA alkylation repair / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfurisphaera tokodaii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Kikuchi, M. / Yamauchi, T. / Iizuka, Y. / Tsunoda, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Roles of the hydroxy group of tyrosine in crystal structures of Sulfurisphaera tokodaii O6-methylguanine-DNA methyltransferase.
著者: Kikuchi, M. / Yamauchi, T. / Iizuka, Y. / Tsunoda, M.

履歴

登録	2021年2月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e1p.cif.gz	53.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e1p.ent.gz	34.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e1p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/7e1p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/7e1p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7csmC 7d4vC 7dknC 7dqqC 7dqrC 7dqtC 1wrjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1n1f-d 1wrj-d 1lh3-d 6e04-d 5ziq-4 5m3s-d 2oha-d 3ibw-d 1mwc-2 2lh2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

ヘテロ分子

18.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.330, 52.687, 61.654
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / 6-O-methylguanine-DNA methyltransferase / MGMT / O-6-methylguanine-DNA-alkyltransferase 分子量: 17960.887 Da / 分子数: 1 / 変異: C120S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfurisphaera tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) (古細菌) 株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 遺伝子: ogt, STK_09670 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q973C7, methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-J03 / (2~{R},3~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-methoxy-purin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-ol / O⁶-メチル-2′-デオキシグアノシン分子量: 281.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅N₅O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.63→48.33 Å / Num. obs: 20281 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.025 / R_pim(I) all: 0.011 / R_rim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 40 / Num. measured all: 129783

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.63-1.66	6.6	0.173	6645	1003	0.986	0.072	0.188	9.7	100
8.93-48.33	5.5	0.013	844	154	1	0.006	0.014	88.6	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.4	データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1wrj

1wrj

解像度: 1.63→30.859 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 1.676 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.1 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2227	949	4.691 %
R_work	0.1826	19283	-
all	0.184	-	-
obs	-	20232	99.901 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.259 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.005 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.007 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.012 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→30.859 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1201	0	25	145	1371

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.898	1.672	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.476	1.599	2908
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.243	5	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.539	21.846	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.255	15	236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.831	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	165
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	305
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	1264
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	638
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	641
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.232	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.037	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.166	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.226	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.006	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.733	1.786	618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.729	1.779	617
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.517	2.669	776
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.516	2.677	777
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.442	2.071	690
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.401	2.059	687
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.713	2.995	995
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.639	2.975	990
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.961	21.252	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.862	20.858	1483

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.63-1.672	0.229	80	0.194	1378	X-RAY DIFFRACTION	99.9315
1.672-1.718	0.215	82	0.188	1359	X-RAY DIFFRACTION	100
1.718-1.768	0.243	74	0.189	1309	X-RAY DIFFRACTION	99.9277
1.768-1.822	0.264	54	0.187	1316	X-RAY DIFFRACTION	100
1.822-1.882	0.241	66	0.195	1252	X-RAY DIFFRACTION	100
1.882-1.948	0.239	41	0.191	1224	X-RAY DIFFRACTION	99.8421
1.948-2.021	0.203	55	0.185	1176	X-RAY DIFFRACTION	99.9188
2.021-2.103	0.211	49	0.192	1151	X-RAY DIFFRACTION	99.9167
2.103-2.196	0.285	58	0.183	1083	X-RAY DIFFRACTION	99.7378
2.196-2.303	0.167	43	0.174	1052	X-RAY DIFFRACTION	100
2.303-2.427	0.21	46	0.171	981	X-RAY DIFFRACTION	99.9027
2.427-2.574	0.268	44	0.171	947	X-RAY DIFFRACTION	100
2.574-2.751	0.237	43	0.18	889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.751-2.97	0.222	46	0.185	831	X-RAY DIFFRACTION	99.8861
2.97-3.252	0.242	36	0.205	782	X-RAY DIFFRACTION	100
3.252-3.633	0.236	34	0.186	695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.633-4.189	0.172	23	0.147	632	X-RAY DIFFRACTION	99.6956
4.189-5.117	0.129	36	0.154	533	X-RAY DIFFRACTION	100
5.117-7.178	0.269	24	0.212	431	X-RAY DIFFRACTION	99.5624
7.178-30.859	0.392	15	0.229	262	X-RAY DIFFRACTION	98.227

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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