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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dnp | ||||||
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タイトル | Structure of Brucella abortus SagA | ||||||
![]() | Secretion activator protein, hypothetical | ||||||
![]() | HYDROLASE / SagA / muramidase / brucella abortus / T4SS | ||||||
機能・相同性 | TtsA-like, Glycoside hydrolase family 108 domain / Peptidoglycan binding domain / Glycosyl hydrolase 108 / Predicted Peptidoglycan domain / Lysozyme-like domain superfamily / membrane => GO:0016020 / Chem-H9U / Secretion activator protein, hypothetical![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hyun, Y. / Ha, N.-C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and Function of the Autolysin SagA in the Type IV Secretion System of Brucella abortus . 著者: Hyun, Y. / Baek, Y. / Lee, C. / Ki, N. / Ahn, J. / Ryu, S. / Ha, N.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 58.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19780.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 9-941 / 遺伝子: BruAb1_0990 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-H9U / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.87 % |
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結晶化 | 温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate trihydrate (pH 4.1), 21% (w/v) polyethylene glycol 4,000, 2 mM Tris(2-chloroethyl) phosphate (TCEP) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100.15 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00003 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 11424 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 30.7 % / Biso Wilson estimate: 23.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.009 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 67.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.239 / Mean I/σ(I) obs: 15.6 / Num. unique obs: 570 / CC1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.219 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→45.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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