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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cb1 | ||||||
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タイトル | Structure of Serratia marcescens chitinase B complexed with compound 6q | ||||||
![]() | Chitinase B | ||||||
![]() | HYDROLASE / chitinase / Serratia marcescens | ||||||
機能・相同性 | ![]() chitinase / chitinase activity / chitin binding / polysaccharide catabolic process / carbohydrate binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jiang, X. / Yuan, P.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Discovery of novel Chitinase Inhibitors with a scaffold of dipyridopyrimidine-3-carboxamide via Structure-based Rational Design 著者: Jiang, X. / Yuan, P.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 269.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 173.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56847.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.42 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 50 mM citrate (pH 5.6), 0.5 M Li2SO4 and 0.25M (NH4)2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→50.12 Å / Num. obs: 67805 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 23.81 Å2 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 13.98 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2 Å / Num. unique obs: 3271 / CC1/2: 0.884 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4g2z 解像度: 1.98→50.12 Å / SU ML: 0.2159 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.8443 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.92 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98→50.12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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