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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bo5 | ||||||
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タイトル | Notum Fragment_130_methyEster (methyl 4H-thieno[3,2-c]chromene-2-carboxylate) | ||||||
要素 | Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Notum Fragment Screen | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / phospholipase C activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / bone development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway ...[Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / phospholipase C activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / bone development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wnt signaling pathway / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / endoplasmic reticulum lumen / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, Y. / Jones, E.Y. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Notum Inhibitor 著者: Zhao, Y. / Jones, E.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bo5.cif.gz | 158.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7bo5.ent.gz | 121.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bo5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7bo5_validation.pdf.gz | 778.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7bo5_full_validation.pdf.gz | 779.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7bo5_validation.xml.gz | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7bo5_validation.cif.gz | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/7bo5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/7bo5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7bltC 7bluC 7blwC 7bm1C 7bm3C 7bm7C 7bn5C 7bn8C 7bnbC 7bncC 7bneC 7bnfC 7bnjC 7bo2C 4uz1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 43437.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOTUM, OK/SW-CL.30 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q6P988, [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase |
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#3: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 5種, 107分子
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 化合物 | ChemComp-U65 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.39 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5 M Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Citrate, pH4.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.38→78.11 Å / Num. obs: 69924 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.38→1.4 Å / Num. unique obs: 3420 / CC1/2: 0.655 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4uz1 解像度: 1.38→52.94 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.81 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 116.14 Å2 / Biso mean: 24.8757 Å2 / Biso min: 10.99 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.38→52.94 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24
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