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- PDB-7bn6: Crystal structure of G. sulphuraria ene-reductase GsOYE in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bn6
タイトルCrystal structure of G. sulphuraria ene-reductase GsOYE in complex with b-angelica lactone
要素NADPH2 dehydrogenase-like protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADPH dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / oxidoreductase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / (2~{R})-2-methyl-2~{H}-furan-5-one / NADPH2 dehydrogenase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Galdieria sulphuraria (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Robescu, M.S. / Bergantino, E. / Hall, M. / Cendron, L.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022
タイトル: Asymmetric Proton Transfer Catalysis by Stereocomplementary Old Yellow Enzymes for C=C Bond Isomerization Reaction
著者: Robescu, M.S. / Cendron, L. / Bacchin, A. / Wagner, K. / Reiter, T. / Janicki, I. / Merusic, K. / Illek, M. / Aleotti, M. / Bergantino, E. / Hall, M.
履歴
登録2021年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH2 dehydrogenase-like protein
B: NADPH2 dehydrogenase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9995
ポリマ－90,9882
非ポリマー1,0113
水4,540252
1
A: NADPH2 dehydrogenase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0493
ポリマ－45,4941
非ポリマー5542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NADPH2 dehydrogenase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9512
ポリマ－45,4941
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.703, 76.482, 86.072
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.038, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 NADPH2 dehydrogenase-like protein


分子量: 45494.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 遺伝子: Gasu_54250 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M2XAQ9
#2: 化合物 ChemComp-U5N / (2~{R})-2-methyl-2~{H}-furan-5-one / (5R)-5β-メチル-2,5-ジヒドロフラン-2-オン


分子量: 98.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O2
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M MgCl2 hexahydrate or 0.2 M CaCl2 dihydrate, 0.1 M MES pH 6.0, 20 % w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→48.48 Å / Num. obs: 288040 / % possible obs: 97.93 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 17.43 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.554 Å / Rmerge(I) obs: 0.4332 / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / Num. unique obs: 27828 / CC1/2: 0.702

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6S0G

6s0g


解像度: 1.5→48.48 Å / SU ML: 0.2117 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.4495
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 10247 5.18 %
Rwork0.2319 187710 -
obs0.2331 197957 85.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→48.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6083 0 69 252 6404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00776307
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04078554
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691896
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00791128
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.03552383
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.520.34273340.31156149X-RAY DIFFRACTION84.45
1.52-1.530.33693520.30626218X-RAY DIFFRACTION84.14
1.53-1.550.33673260.29956114X-RAY DIFFRACTION84.12
1.55-1.570.31233090.29266201X-RAY DIFFRACTION84.59
1.57-1.590.32493720.29196087X-RAY DIFFRACTION83.83
1.59-1.620.33283350.29446157X-RAY DIFFRACTION84.24
1.62-1.640.32833110.29026081X-RAY DIFFRACTION83.46
1.64-1.660.33772950.28586124X-RAY DIFFRACTION82.34
1.66-1.690.29912900.28555949X-RAY DIFFRACTION81.31
1.69-1.720.29383530.28115939X-RAY DIFFRACTION81.25
1.72-1.750.32283450.27065958X-RAY DIFFRACTION83.17
1.75-1.780.25643030.26526140X-RAY DIFFRACTION82.18
1.78-1.810.28813280.25296082X-RAY DIFFRACTION83.58
1.81-1.850.28713840.24186337X-RAY DIFFRACTION87.21
1.85-1.890.25853870.24376401X-RAY DIFFRACTION87.84
1.89-1.930.26493540.23796275X-RAY DIFFRACTION86.77
1.93-1.980.25284150.23936394X-RAY DIFFRACTION87.79
1.98-2.040.293750.24066424X-RAY DIFFRACTION87.89
2.04-2.10.29883220.24466420X-RAY DIFFRACTION87.07
2.1-2.160.25933580.24336379X-RAY DIFFRACTION88
2.16-2.240.27543060.23426361X-RAY DIFFRACTION86.44
2.24-2.330.26093370.24046282X-RAY DIFFRACTION85.83
2.33-2.440.25473350.246321X-RAY DIFFRACTION86.46
2.44-2.560.26243320.23596231X-RAY DIFFRACTION85.24
2.56-2.730.25283550.22996273X-RAY DIFFRACTION85.52
2.73-2.940.25523520.23556326X-RAY DIFFRACTION86.76
2.94-3.230.27712860.23716418X-RAY DIFFRACTION87.17
3.23-3.70.22833390.21296412X-RAY DIFFRACTION87.53
3.7-4.660.19493950.18866643X-RAY DIFFRACTION91.19
4.66-48.480.21973620.18916614X-RAY DIFFRACTION90.39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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