PDB-7ba0: Structure of the FKBP51FK1 domain in complex with the macrocyclic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ba0

タイトル

Structure of the FKBP51FK1 domain in complex with the macrocyclic SAFit analogue 63

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / Inhibitor / Complex / SAFit / FKBP

機能・相同性

機能・相同性情報

FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / chaperone-mediated protein folding / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to bacterium / protein folding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.14 Å

データ登録者

Bauder, M. / Meyners, C. / Purder, P. / Merz, S. / Voll, A. / Heymann, T. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure-Based Design of High-Affinity Macrocyclic FKBP51 Inhibitors.
著者: Bauder, M. / Meyners, C. / Purder, P.L. / Merz, S. / Sugiarto, W.O. / Voll, A.M. / Heymann, T. / Hausch, F.

履歴

登録	2020年12月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ba0.cif.gz	112.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ba0.ent.gz	83.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ba0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ba0_validation.pdf.gz	768.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ba0_full_validation.pdf.gz	769.1 KB	表示
XML形式データ	7ba0_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	7ba0_validation.cif.gz	11.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/7ba0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/7ba0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7a6wC 7a6xC 7awxC 7b9yC 7b9zC 4tw7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7aot-d 4qt2-d 4kjn-d 6tx9-d 6tx4-d 4nn2-1 3p75-d 3o5r-d 3a1a-d 3o5e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (5) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (4) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (5)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (4)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.278, 47.792, 61.368
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14273.369 Da / 分子数: 1 / 変異: A19T C103A C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-T5H / 2-cyclohexyl-12-[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl]-20,21-dihydroxy-25,28-dimethoxy-11,18,23-trioxa-4-azatetracyclo[22.2.2.113,17.04,9]nonacosa-1(26),13(29),14,16,24,27-hexaene-3,10-dione 分子量: 761.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₃H₅₅NO₁₁ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 24% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M ammonium thiocyanate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97626 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97626 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.14→61.37 Å / Num. obs: 34112 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 12.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 12.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
6.24-61.37	10.8	0.028	293	1	0.011	0.03
1.14-1.16	12.7	1.528	1812	0.784	0.638	1.658

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ収集
Aimless	0.7.4	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4TW7

4tw7

解像度: 1.14→37.003 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.982 / WR_factor R_free: 0.154 / WR_factor R_work: 0.134 / SU B: 1.566 / SU ML: 0.031 / Average fsc free: 0.9324 / Average fsc work: 0.937 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.037 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1623	1731	5.083 %
R_work	0.1415	32327	-
all	0.143	-	-
obs	-	34058	90.768 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.859 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.523 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.155 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.368 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.14→37.003 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	967	0	55	97	1119

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.013	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.018	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.129	1.717	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.73	1.683	2363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.52	5	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.711	23.659	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.778	15	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.734	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.545	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	220
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	199
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	963
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	538
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	538
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.252	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.173	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.247	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.348	1.453	529
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.351	1.453	528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.581	2.194	663
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.579	2.193	664
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.253	1.721	541
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.25	1.721	542
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.456	2.46	789
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.454	2.46	790
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.254	18.312	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.234	18.207	1187
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.009	3	2089

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.14-1.17	0.24	138	0.266	2551	0.265	2725	0.86	0.845	98.6789	0.252
1.17-1.202	0.265	138	0.245	2494	0.246	2663	0.859	0.86	98.8359	0.233
1.202-1.236	0.269	103	0.218	2460	0.22	2588	0.866	0.889	99.034	0.207
1.236-1.274	0.245	81	0.225	1733	0.226	2534	0.894	0.888	71.5864	0.209
1.274-1.316	0.216	110	0.188	2313	0.189	2441	0.91	0.916	99.2626	0.17
1.316-1.362	0.225	102	0.166	2243	0.168	2364	0.921	0.941	99.1963	0.147
1.362-1.414	0.196	125	0.149	2155	0.151	2292	0.931	0.948	99.4764	0.13
1.414-1.471	0.193	97	0.146	1666	0.148	2192	0.946	0.955	80.4288	0.126
1.471-1.537	0.151	98	0.104	2020	0.106	2121	0.969	0.978	99.8586	0.088
1.537-1.611	0.157	112	0.093	1924	0.096	2037	0.966	0.979	99.9509	0.079
1.611-1.698	0.151	101	0.093	1839	0.096	1940	0.976	0.982	100	0.081
1.698-1.801	0.142	99	0.096	1735	0.099	1834	0.975	0.98	100	0.086
1.801-1.925	0.234	60	0.118	1204	0.122	1731	0.949	0.973	73.0214	0.106
1.925-2.079	0.192	56	0.118	834	0.123	1610	0.966	0.979	55.2795	0.11
2.079-2.277	0.121	57	0.113	915	0.114	1515	0.982	0.983	64.1584	0.108
2.277-2.544	0.147	77	0.127	1273	0.128	1350	0.972	0.978	100	0.124
2.544-2.936	0.18	43	0.136	913	0.138	1214	0.969	0.976	78.7479	0.134
2.936-3.59	0.123	60	0.137	909	0.136	1035	0.987	0.981	93.6232	0.144
3.59-5.053	0.126	44	0.129	670	0.129	829	0.986	0.984	86.1279	0.146
5.053-37.003	0.189	30	0.196	476	0.196	506	0.953	0.963	100	0.215

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