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- PDB-7b93: Cryo-EM structure of mitochondrial complex I from Mus musculus in... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7b93
タイトルCryo-EM structure of mitochondrial complex I from Mus musculus inhibited by IACS-2858 at 3.0 A
要素
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ...) x 11
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ...) x 11
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ...) x 3
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ...) x 7
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 7
  • Acyl carrier protein, mitochondrial
  • MCG5603
  • NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / Inhibitor / Ubiquinone / Complex I
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial protein import / response to injury involved in regulation of muscle adaptation / Protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Complex I biogenesis / RHOG GTPase cycle / Respiratory electron transport / protein insertion into mitochondrial inner membrane / blastocyst hatching / respiratory system process ...Mitochondrial protein import / response to injury involved in regulation of muscle adaptation / Protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Complex I biogenesis / RHOG GTPase cycle / Respiratory electron transport / protein insertion into mitochondrial inner membrane / blastocyst hatching / respiratory system process / psychomotor behavior / Mitochondrial protein degradation / response to light intensity / cellular response to oxygen levels / iron-sulfur cluster assembly complex / mesenchymal stem cell proliferation / reproductive system development / mitochondrial large ribosomal subunit binding / respiratory chain complex / gliogenesis / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / mesenchymal stem cell differentiation / circulatory system development / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / adult walking behavior / positive regulation of mitochondrial membrane potential / cardiac muscle tissue development / response to hydroperoxide / neural precursor cell proliferation / [2Fe-2S] cluster assembly / oxygen sensor activity / cellular response to glucocorticoid stimulus / stem cell division / NADH dehydrogenase activity / iron-sulfur cluster assembly / adult behavior / dopamine metabolic process / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / positive regulation of ATP biosynthetic process / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / respiratory chain complex I / positive regulation of execution phase of apoptosis / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / neuron development / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / cellular response to interferon-beta / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / tricarboxylic acid cycle / extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to retinoic acid / neurogenesis / Neutrophil degranulation / visual perception / reactive oxygen species metabolic process / muscle contraction / aerobic respiration / cerebellum development / regulation of mitochondrial membrane potential / response to cocaine / response to nicotine / respiratory electron transport chain / mitochondrion organization / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / kidney development / response to hydrogen peroxide / monooxygenase activity / sensory perception of sound / fatty acid metabolic process / electron transport chain / circadian rhythm / brain development / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial membrane / multicellular organism growth / cognition / NAD binding / fatty acid biosynthetic process / positive regulation of protein catabolic process / cellular senescence / FMN binding / nervous system development / myelin sheath / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / gene expression / response to oxidative stress / neuron apoptotic process / response to ethanol / in utero embryonic development / response to hypoxia / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / nuclear speck / nuclear body / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus
類似検索 - 分子機能
NmrA-like domain / NmrA-like family / SLBB domain / Complex1_LYR-like / NADH-ubiquinone oxidoreductase 1 subunit C1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit ...NmrA-like domain / NmrA-like family / SLBB domain / Complex1_LYR-like / NADH-ubiquinone oxidoreductase 1 subunit C1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase flavoprotein 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, metazoa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, animal type / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2, NDUC2 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NDUFB4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit b14.5b (NDUFC2) / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit (NDUFB4) / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH dehydrogenase 1, beta subcomplex, subunit 6 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB6/B17 subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase chain 4, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2, C-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / : / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4, amino terminus / NADH dehydrogenase subunit 2 C-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a (Complex I-B14.5a) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / : / NADH dehydrogenase 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH-ubiquinone oxidoreductase NDSU1/NuoG-like, 4Fe-4S domain / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NDUFB9, LYR domain / Deoxynucleoside kinase domain / Deoxynucleoside kinase / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / : / SLBB domain / : / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / : / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3, ferredoxin-like domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CARDIOLIPIN / Chem-EHZ / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-NDP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-T2Q ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CARDIOLIPIN / Chem-EHZ / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-NDP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-T2Q / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / Acyl carrier protein, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Chung, I. / Hirst, J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105663141 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_00015/2 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Cork-in-bottle mechanism of inhibitor binding to mammalian complex I.
著者: Injae Chung / Riccardo Serreli / Jason B Cross / M Emilia Di Francesco / Joseph R Marszalek / Judy Hirst /
要旨: Mitochondrial complex I (NADH:ubiquinone oxidoreductase), a major contributor of free energy for oxidative phosphorylation, is increasingly recognized as a promising drug target for ischemia- ...Mitochondrial complex I (NADH:ubiquinone oxidoreductase), a major contributor of free energy for oxidative phosphorylation, is increasingly recognized as a promising drug target for ischemia-reperfusion injury, metabolic disorders, and various cancers. Several pharmacologically relevant but structurally unrelated small molecules have been identified as specific complex I inhibitors, but their modes of action remain unclear. Here, we present a 3.0-Å resolution cryo-electron microscopy structure of mammalian complex I inhibited by a derivative of IACS-010759, which is currently in clinical development against cancers reliant on oxidative phosphorylation, revealing its unique cork-in-bottle mechanism of inhibition. We combine structural and kinetic analyses to deconvolute cross-species differences in inhibition and identify the structural motif of a "chain" of aromatic rings as a characteristic that promotes inhibition. Our findings provide insights into the importance of π-stacking residues for inhibitor binding in the long substrate-binding channel in complex I and a guide for future biorational drug design.
履歴
登録2020年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年5月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年5月26日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年5月26日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年5月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年5月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年5月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年5月26日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年5月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年4月9日Data content type: EM metadata
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Group: Data processing / Database references ...Data processing / Database references / Experimental summary / Refinement description / Structure summary
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
カテゴリ: database_2 / em_3d_fitting_list ...database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / entity / pdbx_initial_refinement_model
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _entity.pdbx_description

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12095
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
B: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
C: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial
D: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial
E: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
F: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
G: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
H: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
I: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
J: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
K: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
L: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
M: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
N: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
O: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
P: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
Q: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
R: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
S: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
T: Acyl carrier protein, mitochondrial
U: Acyl carrier protein, mitochondrial
V: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
W: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
X: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
Y: MCG5603
Z: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
a: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
b: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
c: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial
d: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
e: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
f: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
g: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
h: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
i: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
j: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial
k: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
l: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
m: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
n: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
o: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
p: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
q: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
r: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
s: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,072,85780
ポリマ－1,046,73645
非ポリマー26,12135
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 AHJKLMN

#1: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH dehydrogenase subunit 3


分子量: 13251.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart
参照: UniProt: P03899, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#8: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase subunit 1


分子量: 36105.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart
参照: UniProt: P03888, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#10: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase subunit 6


分子量: 18656.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart
参照: UniProt: P03925, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#11: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH dehydrogenase subunit 4L


分子量: 10637.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart
参照: UniProt: P03903, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#12: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH dehydrogenase subunit 5


分子量: 68547.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart
参照: UniProt: P03921, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#13: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH dehydrogenase subunit 4


分子量: 51943.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart
参照: UniProt: P03911, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#14: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 38800.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart
参照: UniProt: P03893, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 7種, 7分子 BCDIQRe

#2: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / Complex I-20kD / CI-20kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit


分子量: 24715.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart
参照: UniProt: Q9DC70, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#3: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / Complex I-30kD / CI-30kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 30 kDa subunit


分子量: 30191.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart
参照: UniProt: Q9DCT2, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#4: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / Complex I-49kD / CI-49kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 49 kDa subunit


分子量: 52720.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart
参照: UniProt: Q91WD5, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#9: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / Complex I-23kD / CI-23kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 23 kDa subunit


分子量: 24068.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart
参照: UniProt: Q8K3J1, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#17: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / Complex I-18 kDa / CI-18 kDa / Complex I-AQDQ / CI-AQDQ / NADH-ubiquinone oxidoreductase 18 kDa subunit


分子量: 19814.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CXZ1
#18: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Complex I-13kD-A / CI-13kD-A / NADH-ubiquinone oxidoreductase 13 kDa-A subunit


分子量: 13041.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: P52503
#30: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / Complex I-15 kDa / CI-15 kDa / NADH-ubiquinone oxidoreductase 15 kDa subunit


分子量: 12675.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q99LY9

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 3種, 3分子 EFs

#5: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit


分子量: 27318.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart
参照: UniProt: Q9D6J6, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#6: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / Complex I-51kD / CI-51kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51 kDa subunit


分子量: 50904.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart
参照: UniProt: Q91YT0, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#44: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / Complex I-9kD / CI-9kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9 kDa subunit


分子量: 11833.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q8BK30

-
タンパク質 , 3種, 4分子 GTUY

#7: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / Complex I-75kD / CI-75kD


分子量: 79866.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart
参照: UniProt: Q91VD9, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#20: タンパク質 Acyl carrier protein, mitochondrial / ACP / CI-SDAP / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.6 kDa subunit


分子量: 17390.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CR21
#24: タンパク質 MCG5603 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11


分子量: 15130.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: G5E814

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 11種, 11分子 OPSVWXZabqr

#15: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / Complex I-42kD / CI-42kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 42 kDa subunit


分子量: 40657.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q99LC3
#16: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / Complex I-39kD / CI-39kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 39 kDa subunit


分子量: 42588.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9DC69
#19: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / Complex I-B8 / CI-B8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B8 subunit


分子量: 10932.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CQ75
#21: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / Complex I subunit B13 / Complex I-13kD-B / CI-13kD-B / NADH-ubiquinone oxidoreductase 13 kDa-B subunit


分子量: 13380.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CPP6
#22: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / Complex I-B14 / CI-B14 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B14 subunit


分子量: 15311.858 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CQZ5
#23: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / Complex I-19kD / CI-19kD / Complex I-PGIV / CI-PGIV / NADH-ubiquinone oxidoreductase 19 kDa subunit


分子量: 20025.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9DCJ5
#25: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / Cell death regulatory protein GRIM-19 / Complex I-B16.6 / CI-B16.6 / Gene associated with retinoic ...Cell death regulatory protein GRIM-19 / Complex I-B16.6 / CI-B16.6 / Gene associated with retinoic and interferon-induced mortality 19 protein / Gene associated with retinoic and IFN-induced mortality 19 protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase B16.6 subunit


分子量: 16881.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9ERS2
#26: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / Complex I-MWFE / CI-MWFE / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit


分子量: 8149.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: O35683
#27: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / Complex I-B9 / CI-B9 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B9 subunit


分子量: 9338.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CQ91
#42: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / Complex I-B17.2 / CIB17.2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B17.2


分子量: 17154.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q7TMF3
#43: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / Complex I-B14.5a / CI-B14.5a / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a


分子量: 12637.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9Z1P6

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ... , 2種, 2分子 cd

#28: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / Complex I-KFYI / CI-KFYI / NADH-ubiquinone oxidoreductase KFYI subunit


分子量: 8636.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CQY9
#29: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / Complex I-B14.5b / CI-B14.5b / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5b


分子量: 14185.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CQ54

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ... , 11種, 11分子 fghijklmnop

#31: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / Complex I-MNLL / CI-MNLL / NADH-ubiquinone oxidoreductase MNLL subunit


分子量: 6965.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: P0DN34
#32: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / Complex I-ESSS / CI-ESSS / NADH-ubiquinone oxidoreductase ESSS subunit / Neuronal protein 15.6 / p15.6


分子量: 17463.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: O09111
#33: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / Complex I-SGDH / CI-SGDH / NADH-ubiquinone oxidoreductase SGDH subunit


分子量: 21742.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CQH3
#34: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / Complex I-B17 / CI-B17 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B17 subunit


分子量: 15540.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q3UIU2
#35: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / Complex I-AGGG / CI-AGGG / NADH-ubiquinone oxidoreductase AGGG subunit


分子量: 11982.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CPU2
#36: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / Complex I-B12 / CI-B12 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit


分子量: 11714.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CQZ6
#37: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / Complex I-ASHI / CI-ASHI / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit


分子量: 21903.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9D6J5
#38: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / Complex I-B15 / CI-B15 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit


分子量: 15105.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CQC7
#39: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / Complex I-B22 / CI-B22 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B22 subunit


分子量: 22020.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CQJ8
#40: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / Complex I-B18 / CI-B18 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit


分子量: 16360.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9CR61
#41: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / Complex I-PDSW / CI-PDSW / NADH-ubiquinone oxidoreductase PDSW subunit


分子量: 21054.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: heart / 参照: UniProt: Q9DCS9

-
非ポリマー , 11種, 35分子

#45: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#46: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#47: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#48: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#49: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#50: 化合物 ChemComp-T2Q / 1-[[3-(4-methylsulfonylpiperidin-1-yl)phenyl]methyl]-5-[3-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]pyridin-2-one


分子量: 574.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H25F3N4O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#51: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#52: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#53: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#54: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#55: 化合物 ChemComp-EHZ / ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (3~{S})-3-oxidanyltetradecanethioate


分子量: 584.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49N2O9PS

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Respiratory complex I / タイプ: COMPLEX
詳細: Native purification of mitochondrial complex I inhibited by IACS-2858.
Entity ID: #1-#44 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6 / Organelle: mitochondria / 組織: heart
緩衝液pH: 7.14
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTRIZMA baseTris-HCl1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
30.05 %n-Dodecyl beta-D-maltosideDDM1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: THE GRID WAS TREATED FOR 48 HOURS IN AN ANAEROBIC GLOVEBOX IN ETHANOL CONTAINING 5MM 11-MERCAPTOUNDECYLHEXAETHYLENEGLYCOL, WASHED THREE TIMES IN ETHANOL AND DRIED PRIOR TO USE.
グリッドの材料: GOLD
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot for 10 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 52 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO1.3.5粒子像選択
2EPU画像取得
4RELION3.1CTF補正
5CTFFINDCTF補正
8UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
9Coot0.9-preモデルフィッティング
11PHENIX1.16モデル精密化
12RELION3.0.7初期オイラー角割当
13RELION3.1最終オイラー角割当
15RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6ZR2

6zr2


Accession code: 6ZR2 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004137222
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.591248788
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.63454768
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04410193
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00319411

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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