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- PDB-7b16: TRPC4 in complex with inhibitor GFB-9289 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b16
タイトルTRPC4 in complex with inhibitor GFB-9289
要素Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ION CHANNEL / TRPC4 / INHIBITOR / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


store-operated calcium channel activity / cation channel complex / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / monoatomic cation transport / monoatomic cation channel activity / regulation of cytosolic calcium ion concentration / calcium ion transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily ...Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LPP / Chem-SKQ / Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Vinayagam, D. / Quentin, D. / Sistel, O. / Merino, F. / Stabrin, M. / Hofnagel, O. / Ledeboer, M.W. / Malojcic, G. / Raunser, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural basis of TRPC4 regulation by calmodulin and pharmacological agents.
著者: Deivanayagabarathy Vinayagam / Dennis Quentin / Jing Yu-Strzelczyk / Oleg Sitsel / Felipe Merino / Markus Stabrin / Oliver Hofnagel / Maolin Yu / Mark W Ledeboer / Georg Nagel / Goran ...著者: Deivanayagabarathy Vinayagam / Dennis Quentin / Jing Yu-Strzelczyk / Oleg Sitsel / Felipe Merino / Markus Stabrin / Oliver Hofnagel / Maolin Yu / Mark W Ledeboer / Georg Nagel / Goran Malojcic / Stefan Raunser /
要旨: Canonical transient receptor potential channels (TRPC) are involved in receptor-operated and/or store-operated Ca signaling. Inhibition of TRPCs by small molecules was shown to be promising in ...Canonical transient receptor potential channels (TRPC) are involved in receptor-operated and/or store-operated Ca signaling. Inhibition of TRPCs by small molecules was shown to be promising in treating renal diseases. In cells, the channels are regulated by calmodulin (CaM). Molecular details of both CaM and drug binding have remained elusive so far. Here, we report structures of TRPC4 in complex with three pyridazinone-based inhibitors and CaM. The structures reveal that all the inhibitors bind to the same cavity of the voltage-sensing-like domain and allow us to describe how structural changes from the ligand-binding site can be transmitted to the central ion-conducting pore of TRPC4. CaM binds to the rib helix of TRPC4, which results in the ordering of a previously disordered region, fixing the channel in its closed conformation. This represents a novel CaM-induced regulatory mechanism of canonical TRP channels.
履歴
登録2020年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11979
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a
B: Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a
C: Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a
D: Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)424,81816
ポリマ－420,8194
非ポリマー3,99912
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, tetrameric organisation confirmed by the structure
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "D"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LEULYSA1 - 643
d_12ens_1LIGLIGB
d_13ens_1CACAC
d_14ens_1LPPLPPD
d_21ens_1LEULYSE1 - 643
d_22ens_1LIGLIGF
d_23ens_1CACAG
d_24ens_1LPPLPPH
d_31ens_1LEULYSI1 - 643
d_32ens_1LIGLIGJ
d_33ens_1CACAK
d_34ens_1LPPLPPL
d_41ens_1LEULYSM1 - 643
d_42ens_1LIGLIGN
d_43ens_1CACAO
d_44ens_1LPPLPPP

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-1), (-1), (1)138.32, 138.32
2given(1), (-1), (1)138.32
3given(-1), (1), (1)138.32

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要素

#1: タンパク質
Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a


分子量: 105204.641 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: trpc4b, trpc4a / プラスミド: pEG MaM / Cell (発現宿主): GnTI- / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: U3N7D8
#2: 化合物
ChemComp-SKQ / 5-chloranyl-4-(4-cyclohexyl-3-oxidanylidene-piperazin-1-yl)-1~{H}-pyridazin-6-one / GFB-9289


分子量: 310.779 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H19ClN4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-LPP / 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / L-B,G-DIPALMITOYL-A-PHOSPHATIDIC ACID DISODIUM SALT / 3-SN-PHOSPHATIDIC ACID / 1,2-DIPALMITOYLDISODIUM SALT / ジパルミトイルホスファチジン酸


分子量: 648.891 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H69O8P / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TRPC4 in complex with inhibitor GFB-9289 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.108 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK292S GnTI- / プラスミド: BacMam
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMTRISC4H11NO31
試料濃度: 0.35 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Sample was prepared in Amphipols
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 55000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 190 K / 最低温度: 160 K
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 65.45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2970
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5740 / 縦: 4092

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU画像取得AFIS
4CTFFIND4.1.10CTF補正CTF estimation
5RELION3.0.4CTF補正CTF correction
8Coot0.8.8モデルフィッティング
11RELION3.0.4最終オイラー角割当
12RELION3.0.4分類
13RELION3.0.4３次元再構成
14PHENIX1.18.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 434945
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 65811 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 46.76 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 6G1K

6g1k


Accession code: 6G1K / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 41.71 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00921652
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.792229300
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0463276
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053620
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d22.02777952
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0495446107581
ens_1d_3AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0501391613056
ens_1d_4AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.00113702683907

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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