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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ay9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CK2 bound by compound 7 | ||||||
要素 | Casein kinase II subunit alpha | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Inhibitor / kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex / Synthesis of PC / Maturation of hRSV A proteins ...regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex / Synthesis of PC / Maturation of hRSV A proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Signal transduction by L1 / peptidyl-threonine phosphorylation / Hsp90 protein binding / PML body / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / positive regulation of protein catabolic process / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / KEAP1-NFE2L2 pathway / double-strand break repair / rhythmic process / kinase activity / positive regulation of cell growth / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein stabilization / regulation of cell cycle / non-specific serine/threonine protein kinase / negative regulation of translation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Ferguson, A. / Collie, G.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Metadynamics simulations of CK2 compound unbinding to understand slow dissociation kinetics. 著者: Date, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ay9.cif.gz | 166.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ay9.ent.gz | 130.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ay9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ay9_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ay9_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ay9_validation.xml.gz | 29.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ay9_validation.cif.gz | 44.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/7ay9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/7ay9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40982.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.23 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 22-26% PEG 6000 ( w/v ), 0.2 M ammonium sulfate and 0.1 M MES (pH 6.5). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 18-ID / 波長: 0.97931 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→127.45 Å / Num. obs: 49058 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 36.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 23.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.38 Å / 冗長度: 14.5 % / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique obs: 7034 / CC1/2: 0.522 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: na 解像度: 2.25→18.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU R Cruickshank DPI: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.201 / SU Rfree Blow DPI: 0.169 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.165
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原子変位パラメータ | Biso max: 122.58 Å2 / Biso mean: 35.66 Å2 / Biso min: 13.46 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.25→18.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.27 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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