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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ax2 | |||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the computationally designed Scone-E protein co-crystallized with STA, form b | |||||||||||||||
![]() | Scone-E | |||||||||||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / Beta-propeller / Computational design | |||||||||||||||
機能・相同性 | Monolacunary Keggin (STA) / Keggin (STA)![]() | |||||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Mylemans, B. / Vandebroek, L. / Parac-Vogt, T.N. / Voet, A.R.D. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of Scone: pseudosymmetric folding of a symmetric designer protein. 著者: Mylemans, B. / Killian, T. / Vandebroek, L. / Van Meervelt, L. / Tame, J.R.H. / Parac-Vogt, T.N. / Voet, A.R.D. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40116.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SIW / |
#3: 化合物 | ChemComp-S5T / |
#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.12 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1.9M Sodium malonate 3.5 mM STA |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→94.41 Å / Num. obs: 37562 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.5 % / Biso Wilson estimate: 18.94 Å2 / CC1/2: 0.951 / Rmerge(I) obs: 0.252 / Rpim(I) all: 0.077 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 23.4 % / Rmerge(I) obs: 1.4 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique obs: 3012 / CC1/2: 0.964 / Rpim(I) all: 0.437 / Χ2: 0.89 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6TJG 解像度: 2.1→47.21 Å / SU ML: 0.171 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.4412 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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