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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7999 | |||||||||
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タイトル | Structure of TRPM2 ion channel receptor by single particle electron cryo-microscopy, ADPR/Ca2+ bound state | |||||||||
マップデータ | Ion channel receptor | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 TRP channels / Neutrophil degranulation / ADP-D-ribose binding / mono-ADP-D-ribose binding / ligand-gated calcium channel activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / monoatomic ion channel activity ...TRP channels / Neutrophil degranulation / ADP-D-ribose binding / mono-ADP-D-ribose binding / ligand-gated calcium channel activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / monoatomic ion channel activity / protein homotetramerization / calcium ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Du J / Lu W / Huang Y / Winkler P / Sun W | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2018 タイトル: Architecture of the TRPM2 channel and its activation mechanism by ADP-ribose and calcium. 著者: Yihe Huang / Paige A Winkler / Weinan Sun / Wei Lü / Juan Du / 要旨: Transient receptor potential melastatin 2 (TRPM2) is a calcium-permeable, non-selective cation channel that has an essential role in diverse physiological processes such as core body temperature ...Transient receptor potential melastatin 2 (TRPM2) is a calcium-permeable, non-selective cation channel that has an essential role in diverse physiological processes such as core body temperature regulation, immune response and apoptosis. TRPM2 is polymodal and can be activated by a wide range of stimuli, including temperature, oxidative stress and NAD-related metabolites such as ADP-ribose (ADPR). Its activation results in both Ca entry across the plasma membrane and Ca release from lysosomes, and has been linked to diseases such as ischaemia-reperfusion injury, bipolar disorder and Alzheimer's disease. Here we report the cryo-electron microscopy structures of the zebrafish TRPM2 in the apo resting (closed) state and in the ADPR/Ca-bound active (open) state, in which the characteristic NUDT9-H domains hang underneath the MHR1/2 domain. We identify an ADPR-binding site located in the bi-lobed structure of the MHR1/2 domain. Our results provide an insight into the mechanism of activation of the TRPM channel family and define a framework for the development of therapeutic agents to treat neurodegenerative diseases and temperature-related pathological conditions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7999.map.gz | 95.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7999-v30.xml emd-7999.xml | 11.1 KB 11.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7999.png | 312.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7999 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7999 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7999_validation.pdf.gz | 524 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7999_full_validation.pdf.gz | 523.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7999_validation.xml.gz | 6.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_7999_validation.cif.gz | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7999 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7999 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7999.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Ion channel receptor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.074 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Ion channel 1
全体 | 名称: Ion channel 1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Ion channel 1
超分子 | 名称: Ion channel 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
組換発現 | 生物種: Mammalia (両生類) |
分子量 | 実験値: 500 KDa |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 2
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 168.601672 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MLGTSGVKIH PNGNSNQLGV QLENVKLTSL FKKLDKRCSL ASWIKENIKK KECCFYVEDG REGICKCGYP KVQHCDEAIK PEDYMGEQW DKHRHVRETP TDAFGDISFG GLGQKTGKYV RVSSDTSCEN LYQLMTEQWK LRSPNLLISV TGGAKNFYIK T HLKDKFRR ...文字列: MLGTSGVKIH PNGNSNQLGV QLENVKLTSL FKKLDKRCSL ASWIKENIKK KECCFYVEDG REGICKCGYP KVQHCDEAIK PEDYMGEQW DKHRHVRETP TDAFGDISFG GLGQKTGKYV RVSSDTSCEN LYQLMTEQWK LRSPNLLISV TGGAKNFYIK T HLKDKFRR GLIKVAQTTG AWILTGGTHA GVMKHVGMAV RDYTLSSGSM EGQIVVIGVA PWGVIHNRST LIHPEGRFPA YY SLDEQGQ GRLSCLDINH THFLLVDDGT QGHYGVEIEL RARLEKLISK LSLGNRESGV TIPVVCVVLD GGPGTLNTIY NSM LNHTPC VVLEGSGRLA DVIAHVASVP VSKVTMALIN RLLKRFFMQE YKNFTELQII EWTKKIQDIL RMPHLLTVFR IDED KNYDV DVAILQALLK ASRSDEHAGR HCWERQLELA VAWNRVDIAE SEIFTEESQW TSSDLHPAMF SALVGDKPEF VRLLL ENGV CVREFLEREE TLCELYSHLP SCFFLRKLAK RVQGGKMRRG QEPLPGSRKV CLSHVSEEVR HLLGSFTQPL YIASRY KPT KDDVRLKVPS KGALDLPCSG EEWSADTVWD PGRDLFLWAV VQNNRELAEI GWEQCRDCIA AALAASKILR KLAQESG ED DSEEATEMLE LANHYEKQAI GVFSECHSWD AQRAQKLLIR ISPSWGRSTC LWLALEAHDK SFIAHSGVQA LLTQIWCG E LSVDNPHWKV LLCMIFFPLI YTGFLTFRRD EDIQRQAERT QQKLAMESVF AGQSDGKIKR HLRGFSQKSE LKPLNCSSR LMSFLKSPQV KFYWNIASYF GFLWLFAVVL MIDFQTSPSW RELLLYVWLT SLVCEEIRQL YHDFDGSGFR RKAKMYIKDL WNILDVLSI VLFIAGLICR LQASDTVFYI GKVILCIDFI IFCLRLMAIF SISRTLGPKI IIVRRMMLDL FFFMFLLSIW V VAYGVAKQ GILIENEERL NWIIRGAVYE PYITIFGNFP TNIDNTLFDI SSCSVNASDP LKPKCPMLNA DNTPVFPEWL TI MMLCVYL LFANILLLNL LIAIFNYTFQ EVQDNTDTIW KFQRYELIKE YHSRPALPPP FILLSHLILF IRGVFLRDLP QRH KNFRQE LEQTEEEELL SWEAYMKDNY LASTRQDESQ SVEHRIHDTA EKVGAMSELL EREQEMVSAT MAKRLARLEE QVSE SAKAL RWIIDALKSQ GCKSKVQPPL MRSKSSDRDD GDSSGQETDD EEAPHMFARQ LQYPDSTVRR FPVPEEKVSW EVNFS PYQP PVYNQQDSSE SDTSALDKHR NPGGRTGIRG KGALNTLGPN HILHPIFTRW RDAEHKVLEF LAVWEDAEKR WALLGG PAQ PDEPLAQVLE RILGKKLNEK TKTLLKAGEE VYKGYVDDSR NTDNAWVETS IITLHCDKNT PLMADLNHMV ESSLSSH QP LQWREVSSDA CRCSYQREAL RQIAHHHNTY F |
-分子 #2: ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE
分子 | 名称: ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: APR |
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分子量 | 理論値: 559.316 Da |
Chemical component information | ChemComp-APR: |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 227007 |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |