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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7898 | |||||||||
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タイトル | recombinant, shortened Plasmodium falciparum Circumsporozoite Protein (CSP) in complex with immunoglobulin g (IgG) 311 . | |||||||||
マップデータ | Recombinant, shortened circumsporozoite protein in complex with immunoglobulin G 311 (IgG311) | |||||||||
試料 |
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生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 27.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Torres JL / Ward AB | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM structure of circumsporozoite protein with a vaccine-elicited antibody is stabilized by somatically mutated inter-Fab contacts. 著者: David Oyen / Jonathan L Torres / Christopher A Cottrell / C Richter King / Ian A Wilson / Andrew B Ward / 要旨: The circumsporozoite protein (CSP) on the surface of sporozoites is important for parasite development, motility, and host hepatocyte invasion. However, intrinsic disorder of the NANP repeat ...The circumsporozoite protein (CSP) on the surface of sporozoites is important for parasite development, motility, and host hepatocyte invasion. However, intrinsic disorder of the NANP repeat sequence in the central region of CSP has hindered its structural and functional characterization. Here, the cryo-electron microscopy structure at ~3.4-Å resolution of a recombinant shortened CSP construct with the variable domains (Fabs) of a highly protective monoclonal antibody reveals an extended spiral conformation of the central NANP repeat region surrounded by antibodies. This unusual structure appears to be stabilized and/or induced by interaction with an antibody where contacts between adjacent Fabs are somatically mutated and enhance the interaction. This maturation in non-antigen contact residues may be an effective mechanism for antibodies to target tandem repeat sequences and provide novel insights into malaria vaccine design. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7898.map.gz | 33.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7898-v30.xml emd-7898.xml | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7898.png | 45.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7898 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7898 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7898_validation.pdf.gz | 78.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7898_full_validation.pdf.gz | 77.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7898_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7898 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7898 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7898.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Recombinant, shortened circumsporozoite protein in complex with immunoglobulin G 311 (IgG311) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Recombinant, shortened Plasmodium Falciparum Circumsprozoite Prot...
全体 | 名称: Recombinant, shortened Plasmodium Falciparum Circumsprozoite Protein (CSP) in complex with Immunoglobulin G (IgG) 311 |
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要素 |
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-超分子 #1: Recombinant, shortened Plasmodium Falciparum Circumsprozoite Prot...
超分子 | 名称: Recombinant, shortened Plasmodium Falciparum Circumsprozoite Protein (CSP) in complex with Immunoglobulin G (IgG) 311 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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-超分子 #2: Recombinant, shortened Plasmodium Falciparum Circumsprozoite Prot...
超分子 | 名称: Recombinant, shortened Plasmodium Falciparum Circumsprozoite Protein (CSP) タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #3: Immunoglobulin G (IgG) 311
超分子 | 名称: Immunoglobulin G (IgG) 311 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.01 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 1X TBS pH 7.4 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: 2% Uranyl Formate 詳細: add 3 uL sample, blot, add 3 uL 2% uranyl formate, blot immediately, add 3 uL 2% uranyl formate, blot after 30 seconds |
グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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詳細 | Gris screening performed on FEI Mogagni |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 199 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 倍率(補正後): 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |