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- EMDB-7809: Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - composite map after focu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7809
タイトルHuman nuclear exosome-MTR4 RNA complex - composite map after focused reconstruction
マップデータComposite map after focused reconstructions for a human nuclear exosome-RNA helicase complex
試料
  • 複合体: Human nuclear exosome-MTR4 helicase captured after unwinding a DNA/RNA substrate
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
    • RNA: x 1種
    • Other: x 1種
  • リガンド: x 3種
キーワードRNA exosome / RNA degradation / ribonuclease / helicase / SF2 / RNA-protein complex / translocase / nuclear / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA deamination / nucleolar exosome (RNase complex) / snRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / TRAMP complex / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / RNA exonuclease activity / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / U1 snRNA 3'-end processing ...DNA deamination / nucleolar exosome (RNase complex) / snRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / TRAMP complex / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / RNA exonuclease activity / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / U1 snRNA 3'-end processing / positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / U5 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / CUT catabolic process / cytoplasmic exosome (RNase complex) / U4 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / exosome (RNase complex) / nuclear exosome (RNase complex) / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / histone mRNA catabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / rRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance / positive regulation of isotype switching / 7S RNA binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / isotype switching / telomerase RNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / maturation of 5.8S rRNA / nuclear chromosome / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / RNA processing / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small-subunit processome / euchromatin / mRNA splicing, via spliceosome / fibrillar center / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / chromosome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / positive regulation of cell growth / endonuclease activity / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / RNA helicase / nuclear speck / immune response / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / nucleotide binding / DNA damage response / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
M-phase phosphoprotein 6 / Exosome complex component Rrp43 / M-phase phosphoprotein 6 / : / Mammalian exosome complex component RRP40, N-terminal / Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp6-like / : / PMC2NT (NUC016) domain / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain ...M-phase phosphoprotein 6 / Exosome complex component Rrp43 / M-phase phosphoprotein 6 / : / Mammalian exosome complex component RRP40, N-terminal / Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp6-like / : / PMC2NT (NUC016) domain / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / S1 domain / PIN domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain / : / Exosome complex component RRP40, S1 domain / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 / Exosome component EXOSC1/CSL4 / Exosome complex exonuclease RRP4 N-terminal region / RRP4, S1 domain / Rrp44-like cold shock domain / Rrp44-like cold shock domain / : / KH domain / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / : / Ribonuclease II/R, conserved site / rRNA-processing arch domain / Ribonuclease II family signature. / Mtr4-like, beta-barrel domain / : / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / : / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / : / DSHCT (NUC185) domain / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / DSHCT / : / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / HRDC domain superfamily / Large family of predicted nucleotide-binding domains / 3'-5' exonuclease / PIN domain / K Homology domain, type 1 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / K Homology domain, type 1 superfamily / PIN-like domain superfamily / HRDC-like superfamily / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Exosome RNA helicase MTR4 / Exosome complex component 10 / Exosome complex component RRP45 / Exosome complex component RRP4 / Exosome complex component RRP42 / Exosome complex component MTR3 / Exosome complex component RRP43 / M-phase phosphoprotein 6 / Exosome complex component RRP41 / Exosome complex component RRP46 ...Exosome RNA helicase MTR4 / Exosome complex component 10 / Exosome complex component RRP45 / Exosome complex component RRP4 / Exosome complex component RRP42 / Exosome complex component MTR3 / Exosome complex component RRP43 / M-phase phosphoprotein 6 / Exosome complex component RRP41 / Exosome complex component RRP46 / Exosome complex component RRP40 / Exosome complex exonuclease RRP44 / Exosome complex component CSL4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Weick E-M / Lima CD
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118080 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Helicase-Dependent RNA Decay Illuminated by a Cryo-EM Structure of a Human Nuclear RNA Exosome-MTR4 Complex.
著者: Eva-Maria Weick / M Rhyan Puno / Kurt Januszyk / John C Zinder / Michael A DiMattia / Christopher D Lima /
要旨: The ribonucleolytic RNA exosome interacts with RNA helicases to degrade RNA. To understand how the 3' to 5' Mtr4 helicase engages RNA and the nuclear exosome, we reconstituted 14-subunit Mtr4- ...The ribonucleolytic RNA exosome interacts with RNA helicases to degrade RNA. To understand how the 3' to 5' Mtr4 helicase engages RNA and the nuclear exosome, we reconstituted 14-subunit Mtr4-containing RNA exosomes from Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe, and human and show that they unwind structured substrates to promote degradation. We loaded a human exosome with an optimized DNA-RNA chimera that stalls MTR4 during unwinding and determined its structure to an overall resolution of 3.45 Å by cryoelectron microscopy (cryo-EM). The structure reveals an RNA-engaged helicase atop the non-catalytic core, with RNA captured within the central channel and DIS3 exoribonuclease active site. MPP6 tethers MTR4 to the exosome through contacts to the RecA domains of MTR4. EXOSC10 remains bound to the core, but its catalytic module and cofactor C1D are displaced by RNA-engaged MTR4. Competition for the exosome core may ensure that RNA is committed to degradation by DIS3 when engaged by MTR4.
履歴
登録2018年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月16日-
マップ公開2018年6月20日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.037
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.037
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6d6r
  • 表面レベル: 0.037
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7809.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7809.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map after focused reconstructions for a human nuclear exosome-RNA helicase complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 410.88 Å		1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 410.88 Å		1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 410.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.037 / ムービー #1: 0.037
最小 - 最大0.0 - 0.2460855
平均 (標準偏差)0.00034166404 (±0.004147145)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 410.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z410.880410.880410.880
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean0.0000.2460.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human nuclear exosome-MTR4 helicase captured after unwinding a DN...

全体名称: Human nuclear exosome-MTR4 helicase captured after unwinding a DNA/RNA substrate
要素
  • 複合体: Human nuclear exosome-MTR4 helicase captured after unwinding a DNA/RNA substrate
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP45
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP41
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP43
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP46
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP42
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component MTR3
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP40
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP4
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component CSL4
    • タンパク質・ペプチド: Exosome component 10
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex exonuclease RRP44
    • タンパク質・ペプチド: M-phase phosphoprotein 6
    • タンパク質・ペプチド: Exosome RNA helicase MTR4
    • RNA: RNA (5'-R(*AP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*C)-3')
    • Other: DNA/RNA (62-MER)
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

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超分子 #1: Human nuclear exosome-MTR4 helicase captured after unwinding a DN...

超分子名称: Human nuclear exosome-MTR4 helicase captured after unwinding a DNA/RNA substrate
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15
詳細: Human C1D/Rrp47 also in the sample, but was not observed in density
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 690 KDa

+
分子 #1: Exosome complex component RRP45

分子名称: Exosome complex component RRP45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.82802 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SQDPNSHMKE TPLSNCERRF LLRAIEEKKR LDGRQTYDYR NIRISFGTDY GCCIVELGKT RVLGQVSCEL VSPKLNRAT EGILFFNLEL SQMAAPAFEP GRQSDLLVKL NRLMERCLRN SKCIDTESLC VVAGEKVWQI RVDLHLLNHD G NIIDAASI ...文字列:
MGSSHHHHHH SQDPNSHMKE TPLSNCERRF LLRAIEEKKR LDGRQTYDYR NIRISFGTDY GCCIVELGKT RVLGQVSCEL VSPKLNRAT EGILFFNLEL SQMAAPAFEP GRQSDLLVKL NRLMERCLRN SKCIDTESLC VVAGEKVWQI RVDLHLLNHD G NIIDAASI AAIVALCHFR RPDVSVQGDE VTLYTPEERD PVPLSIHHMP ICVSFAFFQQ GTYLLVDPNE REERVMDGLL VI AMNKHRE ICTIQSSGGI MLLKDQVLRC SKIAGVKVAE ITELILKALE NDQKVRKEGG KFGFAESIAN QRITAFKMEK API DTSDVE EKAEEIIAEA EPPSEVVSTP VLWTPGTAQI GEGVENSWGD LEDSEKEDDE GGGDQAIILD GIKMDTGVEV SDIG SQELG FHHVGQTGLE FLTSDAPIIL SDSEEEEMII LEPDKNPKKI RTQTTSAKQE KAPSKKPVKR RKKKRAAN

UniProtKB: Exosome complex component RRP45

+
分子 #2: Exosome complex component RRP41

分子名称: Exosome complex component RRP41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.831473 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MADPMAGLEL LSDQGYRVDG RRAGELRKIQ ARMGVFAQAD GSAYIEQGNT KALAVVYGPH EIRGSRARAL PDRALVNCQY SSATFSTGE RKRRPHGDRK SCEMGLQLRQ TFEAAILTQL HPRSQIDIYV QVLQADGGTY AACVNAATLA VLDAGIPMRD F VCACSAGF ...文字列:
MADPMAGLEL LSDQGYRVDG RRAGELRKIQ ARMGVFAQAD GSAYIEQGNT KALAVVYGPH EIRGSRARAL PDRALVNCQY SSATFSTGE RKRRPHGDRK SCEMGLQLRQ TFEAAILTQL HPRSQIDIYV QVLQADGGTY AACVNAATLA VLDAGIPMRD F VCACSAGF VDGTALADLS HVEEAAGGPQ LALALLPASG QIALLEMDAR LHEDHLERVL EAAAQAARDV HTLLDRVVRQ HV REASILL GD

UniProtKB: Exosome complex component RRP41

+
分子 #3: Exosome complex component RRP43

分子名称: Exosome complex component RRP43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.285762 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: DPMAAGFKTV EPLEYYRRFL KENCRPDGRE LGEFRTTTVN IGSISTADGS ALVKLGNTTV ICGVKAEFAA PSTDAPDKGY VVPNVDLPP LCSSRFRSGP PGEEAQVASQ FIADVIENSQ IIQKEDLCIS PGKLVWVLYC DLICLDYDGN ILDACTFALL A ALKNVQLP ...文字列:
DPMAAGFKTV EPLEYYRRFL KENCRPDGRE LGEFRTTTVN IGSISTADGS ALVKLGNTTV ICGVKAEFAA PSTDAPDKGY VVPNVDLPP LCSSRFRSGP PGEEAQVASQ FIADVIENSQ IIQKEDLCIS PGKLVWVLYC DLICLDYDGN ILDACTFALL A ALKNVQLP EVTINEETAL AEVNLKKKSY LNIRTHPVAT SFAVFDDTLL IVDPTGEEEH LATGTLTIVM DEEGKLCCLH KP GGSGLTG AKLQDCMSRA VTRHKEVKKL MDEVIKSMKP K

UniProtKB: Exosome complex component RRP43

+
分子 #4: Exosome complex component RRP46

分子名称: Exosome complex component RRP46 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.480213 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SLMEEETHTD AKIRAENGTG SSPRGPGCSL RHFACEQNLL SRPDGSASFL QGDTSVLAGV YGPAEVKVSK EIFNKATLEV ILRPKIGLP GVAEKSRERL IRNTCEAVVL GTLHPRTSIT VVLQVVSDAG SLLACCLNAA CMALVDAGVP MRALFCGVAC A LDSDGTLV ...文字列:
SLMEEETHTD AKIRAENGTG SSPRGPGCSL RHFACEQNLL SRPDGSASFL QGDTSVLAGV YGPAEVKVSK EIFNKATLEV ILRPKIGLP GVAEKSRERL IRNTCEAVVL GTLHPRTSIT VVLQVVSDAG SLLACCLNAA CMALVDAGVP MRALFCGVAC A LDSDGTLV LDPTSKQEKE ARAVLTFALD SVERKLLMSS TKGLYSDTEL QQCLAAAQAA SQHVFRFYRE SLQRRYSKS

UniProtKB: Exosome complex component RRP46

+
分子 #5: Exosome complex component RRP42

分子名称: Exosome complex component RRP42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.072633 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: DPMASVTLSE AEKVYIVHGV QEDLRVDGRG CEDYRCVEVE TDVVSNTSGS ARVKLGHTDI LVGVKAEMGT PKLEKPNEGY LEFFVDCSA SATPEFEGRG GDDLGTEIAN TLYRIFNNKS SVDLKTLCIS PREHCWVLYV DVLLLECGGN LFDAISIAVK A ALFNTRIP ...文字列:
DPMASVTLSE AEKVYIVHGV QEDLRVDGRG CEDYRCVEVE TDVVSNTSGS ARVKLGHTDI LVGVKAEMGT PKLEKPNEGY LEFFVDCSA SATPEFEGRG GDDLGTEIAN TLYRIFNNKS SVDLKTLCIS PREHCWVLYV DVLLLECGGN LFDAISIAVK A ALFNTRIP RVRVLEDEEG SKDIELSDDP YDCIRLSVEN VPCIVTLCKI GYRHVVDATL QEEACSLASL LVSVTSKGVV TC MRKVGKG SLDPESIFEM METGKRVGKV LHASLQSVVH KEESLGPKRQ KVGFLG

UniProtKB: Exosome complex component RRP42

+
分子 #6: Exosome complex component MTR3

分子名称: Exosome complex component MTR3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.267127 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPGDHRRIRG PEESQPPQLY AADEEEAPGT RDPTRLRPVY ARAGLLSQAK GSAYLEAGGT KVLCAVSGPR QAEGGERGGG PAGAGGEAP AALRGRLLCD FRRAPFAGRR RRAPPGGCEE RELALALQEA LEPAVRLGRY PRAQLEVSAL LLEDGGSALA A ALTAAALA ...文字列:
MPGDHRRIRG PEESQPPQLY AADEEEAPGT RDPTRLRPVY ARAGLLSQAK GSAYLEAGGT KVLCAVSGPR QAEGGERGGG PAGAGGEAP AALRGRLLCD FRRAPFAGRR RRAPPGGCEE RELALALQEA LEPAVRLGRY PRAQLEVSAL LLEDGGSALA A ALTAAALA LADAGVEMYD LVVGCGLSLA PGPAPTWLLD PTRLEEERAA AGLTVALMPV LNQVAGLLGS GEGGLTESWA EA VRLGLEG CQRLYPVLQQ SLVRAARRRG AAAQP

UniProtKB: Exosome complex component MTR3

+
分子 #7: Exosome complex component RRP40

分子名称: Exosome complex component RRP40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.796371 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: DPMAEPASVA AESLAGSRAR AARTVLGQVV LPGEELLLPE QEDAEGPGGA VERPLSLNAR ACSRVRVVCG PGLRRCGDRL LVTKCGRLR HKEPGSGSGG GVYWVDSQQK RYVPVKGDHV IGIVTAKSGD IFKVDVGGSE PASLSYLSFE GATKRNRPNV Q VGDLIYGQ ...文字列:
DPMAEPASVA AESLAGSRAR AARTVLGQVV LPGEELLLPE QEDAEGPGGA VERPLSLNAR ACSRVRVVCG PGLRRCGDRL LVTKCGRLR HKEPGSGSGG GVYWVDSQQK RYVPVKGDHV IGIVTAKSGD IFKVDVGGSE PASLSYLSFE GATKRNRPNV Q VGDLIYGQ FVVANKDMEP EMVCIDSCGR ANGMGVIGQD GLLFKVTLGL IRKLLAPDCE IIQEVGKLHP LEIVFGMNGR IW VKAKTIQ QTLILANILE ACEHMTSDQR KQIFSRLAES

UniProtKB: Exosome complex component RRP40

+
分子 #8: Exosome complex component RRP4

分子名称: Exosome complex component RRP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.184371 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: DPHMAMEMRL PVARKPLSER LGRDTKKHLV VPGDTITTDT GFMRGHGTYM GEEKLIASVA GSVERVNKLI CVKALKTRYI GEVGDIVVG RITEVQQKRW KVETNSRLDS VLLLSSMNLP GGELRRRSAE DELAMRGFLQ EGDLISAEVQ AVFSDGAVSL H TRSLKYGK ...文字列:
DPHMAMEMRL PVARKPLSER LGRDTKKHLV VPGDTITTDT GFMRGHGTYM GEEKLIASVA GSVERVNKLI CVKALKTRYI GEVGDIVVG RITEVQQKRW KVETNSRLDS VLLLSSMNLP GGELRRRSAE DELAMRGFLQ EGDLISAEVQ AVFSDGAVSL H TRSLKYGK LGQGVLVQVS PSLVKRQKTH FHDLPCGASV ILGNNGFIWI YPTPEHKEEE AGGFIANLEP VSLADREVIS RL RNCIISL VTQRMMLYDT SILYCYEASL PHQIKDILKP EIMEEIVMET RQRLLEQEG

UniProtKB: Exosome complex component RRP4

+
分子 #9: Exosome complex component CSL4

分子名称: Exosome complex component CSL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.690971 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: DPMAPPVRYC IPGERLCNLE EGSPGSGTYT RHGYIFSSLA GCLMKSSENG ALPVVSVVRE TESQLLPDVG AIVTCKVSSI NSRFAKVHI LYVGSMPLKN SFRGTIRKED VRATEKDKVE IYKSFRPGDI VLAKVISLGD AQSNYLLTTA ENELGVVVAH S ESGIQMVP ...文字列:
DPMAPPVRYC IPGERLCNLE EGSPGSGTYT RHGYIFSSLA GCLMKSSENG ALPVVSVVRE TESQLLPDVG AIVTCKVSSI NSRFAKVHI LYVGSMPLKN SFRGTIRKED VRATEKDKVE IYKSFRPGDI VLAKVISLGD AQSNYLLTTA ENELGVVVAH S ESGIQMVP ISWCEMQCPK THTKEFRKVA RVQPEFLQT

UniProtKB: Exosome complex component CSL4

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分子 #10: Exosome component 10

分子名称: Exosome component 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 86.754859 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SMAPPSTREP RVLSATSATK SDGEMVLPGF PDADSFVKFA LGSVVAVTKA SGGLPQFGDE YDFYRSFPGF QAFCETQGDR LLQCMSRVM QYHGCRSNIK DRSKVTELED KFDLLVDAND VILERVGILL DEASGVNKNQ QPVLPAGLQV PKTVVSSWNR K AAEYGKKA ...文字列:
SMAPPSTREP RVLSATSATK SDGEMVLPGF PDADSFVKFA LGSVVAVTKA SGGLPQFGDE YDFYRSFPGF QAFCETQGDR LLQCMSRVM QYHGCRSNIK DRSKVTELED KFDLLVDAND VILERVGILL DEASGVNKNQ QPVLPAGLQV PKTVVSSWNR K AAEYGKKA KSETFRLLHA KNIIRPQLKF REKIDNSNTP FLPKIFIKPN AQKPLPQALS KERRERPQDR PEDLDVPPAL AD FIHQQRT QQVEQDMFAH PYQYELNHFT PADAVLQKPQ PQLYRPIEET PCHFISSLDE LVELNEKLLN CQEFAVNLEH HSY RSFLGL TCLMQISTRT EDFIIDTLEL RSDMYILNES LTDPAIVKVF HGADSDIEWL QKDFGLYVVN MFDTHQAARL LNLG RHSLD HLLKLYCNVD SNKQYQLADW RIRPLPEEML SYARDDTHYL LYIYDKMRLE MWERGNGQPV QLQVVWQRSR DICLK KFIK PIFTDESYLE LYRKQKKHLN TQQLTAFQLL FAWRDKTARR EDESYGYVLP NHMMLKIAEE LPKEPQGIIA CCNPVP PLV RQQINEMHLL IQQAREMPLL KSEVAAGVKK SGPLPSAERL ENVLFGPHDC SHAPPDGYPI IPTSGSVPVQ KQASLFP DE KEDNLLGSRG SGSGSGSGSV SQAAKFDPST KIYEISNRWK LAQVQVQKDS KEAVKKKAAE QTAAREQAKE ACKAAAEQ A ISVRQQVVLE NAAKKRERAT SDPRTTEQKQ EKKRLKISKK

UniProtKB: Exosome complex component 10, Exosome complex component 10

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分子 #11: Exosome complex exonuclease RRP44

分子名称: Exosome complex exonuclease RRP44 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 109.26793 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSMLKSKTFL KKTRAGGVMK IVREHYLRDD IGCGAPGCAA CGGAHEGPAL EPQPQDPASS VCPQPHYLLP DTNVLLHQID VLEDPAIRN VIVLQTVLQE VRNRSAPVYK RIRDVTNNQE KHFYTFTNEH HRETYVEQEQ GENANDRNNR AIRVAAKWYN E HLKKMSAD ...文字列:
GSMLKSKTFL KKTRAGGVMK IVREHYLRDD IGCGAPGCAA CGGAHEGPAL EPQPQDPASS VCPQPHYLLP DTNVLLHQID VLEDPAIRN VIVLQTVLQE VRNRSAPVYK RIRDVTNNQE KHFYTFTNEH HRETYVEQEQ GENANDRNNR AIRVAAKWYN E HLKKMSAD NQLQVIFITN DRRNKEKAIE EGIPAFTCEE YVKSLTANPE LIDRLACLSE EGNEIESGKI IFSEHLPLSK LQ QGIKSGT YLQGTFRASR ENYLEATVWI HGDSEENKEI ILQGLKHLNR AVHEDIVAVE LLPKSQWVAP SSVVLHDEGQ NEE DVEKEE ETERMLKTAV SEKMLKPTGR VVGIIKRNWR PYCGMLSKSD IKESRRHLFT PADKRIPRIR IETRQASTLE GRRI IVAID GWPRNSRYPN GHFVRNLGDV GEKETETEVL LLEHDVPHQP FSQAVLSFLP KMPWSITEKD MKNREDLRHL CICSV DPPG CTDINDALHC RELENGNLEV GVHIADVSHF IRPGNALDQE SARRGTTVYL CEKRIDMVPE LLSSNLCSLK CDVDRL AFS CIWEMNHNAE ILKTKFTKSV INSKASLTYA EAQLRIDSAN MNDDITTSLR GLNKLAKILK KRRIEKGALT LSSPEVR FH MDSETHDPID LQTKELRETN SMVEEFMLLA NISVAKKIHE EFSEHALLRK HPAPPPSNYE ILVKAARSRN LEIKTDTA K SLAESLDQAE SPTFPYLNTL LRILATRCMM QAVYFCSGMD NDFHHYGLAS PIYTHFTSPI RRYADVIVHR LLAVAIGAD CTYPELTDKH KLADICKNLN FRHKMAQYAQ RASVAFHTQL FFKSNGIVSE EAYILFVRKN AIVVLIPKYG LEGTVFFEEK DKPNPQLIY DDEIPSLKIE DTVFHVFDKV KVKIMLDSSN LQHQKIRMSL VEPQIPGISI PTDTSNMDLN GPKKKKMKLG K

UniProtKB: Exosome complex exonuclease RRP44

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分子 #12: M-phase phosphoprotein 6

分子名称: M-phase phosphoprotein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.267961 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
DPMAAERKTR LSKNLLRMKF MQRGLDSETK KQLEEEEKKI ISEEHWYLDL PELKEKESFI IEEQSFLLCE DLLYGRMSFR GFNPEVEKL MLQMNAKHKA EEVEDETVEL DVSDEEMARR YETLVGTIGK KFARKRDHAN YEEDENGDIT PIKAKKMFLK P QD

UniProtKB: M-phase phosphoprotein 6

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分子 #13: Exosome RNA helicase MTR4

分子名称: Exosome RNA helicase MTR4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 118.224961 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SGDMADAFGD ELFSVFEGDS TTAAGTKKDK EKDKGKWKGP PGSADKAGKR FDGKLQSEST NNGKNKRDVD FEGTDEPIFG KKPRIEESI TEDLSLADLM PRVKVQSVET VEGCTHEVAL PAEEDYLPLK PRVGKAAKEY PFILDAFQRE AIQCVDNNQS V LVSAHTSA ...文字列:
SGDMADAFGD ELFSVFEGDS TTAAGTKKDK EKDKGKWKGP PGSADKAGKR FDGKLQSEST NNGKNKRDVD FEGTDEPIFG KKPRIEESI TEDLSLADLM PRVKVQSVET VEGCTHEVAL PAEEDYLPLK PRVGKAAKEY PFILDAFQRE AIQCVDNNQS V LVSAHTSA GKTVCAEYAI ALALREKQRV IFTSPIKALS NQKYREMYEE FQDVGLMTGD VTINPTASCL VMTTEILRSM LY RGSEVMR EVAWVIFDEI HYMRDSERGV VWEETIILLP DNVHYVFLSA TIPNARQFAE WICHLHKQPC HVIYTDYRPT PLQ HYIFPA GGDGLHLVVD ENGDFREDNF NTAMQVLRDA GDLAKGDQKG RKGGTKGPSN VFKIVKMIME RNFQPVIIFS FSKK DCEAY ALQMTKLDFN TDEEKKMVEE VFSNAIDCLS DEDKKLPQVE HVLPLLKRGI GIHHGGLLPI LKETIEILFS EGLIK ALFA TETFAMGINM PARTVLFTNA RKFDGKDFRW ISSGEYIQMS GRAGRRGMDD RGIVILMVDE KMSPTIGKQL LKGSAD PLN SAFHLTYNMV LNLLRVEEIN PEYMLEKSFY QFQHYRAIPG VVEKVKNSEE QYNKIVIPNE ESVVIYYKIR QQLAKLG KE IEEYIHKPKY CLPFLQPGRL VKVKNEGDDF GWGVVVNFSK KSNVKPNSGE LDPLYVVEVL LRCSKESLKN SATEAAKP A KPDEKGEMQV VPVLVHLLSA ISSVRLYIPK DLRPVDNRQS VLKSIQEVQK RFPDGIPLLD PIDDMGIQDQ GLKKVIQKV EAFEHRMYSH PLHNDPNLET VYTLCEKKAQ IAIDIKSAKR ELKKARTVLQ MDELKCRKRV LRRLGFATSS DVIEMKGRVA CEISSADEL LLTEMMFNGL FNDLSAEQAT ALLSCFVFQE NSSEMPKLTE QLAGPLRQMQ ECAKRIAKVS AEAKLEIDEE T YLSSFKPH LMDVVYTWAT GATFAHICKM TDVFEGSIIR CMRRLEELLR QMCQAAKAIG NTELENKFAE GITKIKRDIV FA ASLYL

UniProtKB: Exosome RNA helicase MTR4

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分子 #14: RNA (5'-R(*AP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*C)-3')

分子名称: RNA (5'-R(*AP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*C)-3')
タイプ: rna / ID: 14 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 5.143175 KDa
配列文字列:
AGCACCGUAA AGACGC

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分子 #15: DNA/RNA (62-MER)

分子名称: DNA/RNA (62-MER) / タイプ: other / ID: 15 / コピー数: 1 / 分類: polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 19.487074 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)CACC ACACCACACC AC ACCACAC CACACCACAC CACACAAAAA AAA

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分子 #16: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #17: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #18: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris-HCl
100.0 mMsodium chlorideNaCl
0.5 mMmagnesium chlorideMgCl2
2.0 mMAMPPNP
1.0 mMBME
0.05 %Chapso
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.037 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 30 sec wait time, 2.5 sec blot time.
詳細Sample was monodisperse upon elution from gel filtration prior to vitrification.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 1439 / 平均電子線量: 85.23 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 278185
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio model determination
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1b1)
詳細: Focused refinements with five strategies required to achieve final model
使用した粒子像数: 122703
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.6.1) / ソフトウェア - 詳細: from 0.6.1 to 0.6.5
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1b1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 271036 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1b1)

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原子モデル構築 1

詳細Models were rebuilt manually using Coot, with real space refinement with local scaling followed by Phenix real space refinement with suboptimal global scaling.
精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE / 温度因子: 73.6 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6d6r:
Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - composite map after focused reconstruction

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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