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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7493 | |||||||||
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タイトル | 2.80 A MicroED structure of proteinase K at 6.0 e- / A^2 | |||||||||
マップデータ | 2.80 A MicroED density map of proteinase K at 6.0 e- / A^2 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Hydrolase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Engyodontium album (菌類) / Parengyodontium album (菌類) | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Hattne J / Shi D | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2018 タイトル: Analysis of Global and Site-Specific Radiation Damage in Cryo-EM. 著者: Johan Hattne / Dan Shi / Calina Glynn / Chih-Te Zee / Marcus Gallagher-Jones / Michael W Martynowycz / Jose A Rodriguez / Tamir Gonen / 要旨: Micro-crystal electron diffraction (MicroED) combines the efficiency of electron scattering with diffraction to allow structure determination from nano-sized crystalline samples in cryoelectron ...Micro-crystal electron diffraction (MicroED) combines the efficiency of electron scattering with diffraction to allow structure determination from nano-sized crystalline samples in cryoelectron microscopy (cryo-EM). It has been used to solve structures of a diverse set of biomolecules and materials, in some cases to sub-atomic resolution. However, little is known about the damaging effects of the electron beam on samples during such measurements. We assess global and site-specific damage from electron radiation on nanocrystals of proteinase K and of a prion hepta-peptide and find that the dynamics of electron-induced damage follow well-established trends observed in X-ray crystallography. Metal ions are perturbed, disulfide bonds are broken, and acidic side chains are decarboxylated while the diffracted intensities decay exponentially with increasing exposure. A better understanding of radiation damage in MicroED improves our assessment and processing of all types of cryo-EM data. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7493.map.gz | 691.9 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7493-v30.xml emd-7493.xml | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7493.png | 191 KB | ||
Filedesc metadata | emd-7493.cif.gz | 5.3 KB | ||
Filedesc structureFactors | emd_7493_sf.cif.gz | 429.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7493 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7493 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7493_validation.pdf.gz | 549 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7493_full_validation.pdf.gz | 548.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7493_validation.xml.gz | 4.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_7493_validation.cif.gz | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7493 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7493 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6claMC 7490C 7491C 7492C 7494C 7495C 7496C 7497C 7498C 7499C 7500C 7501C 7502C 7503C 7504C 7505C 7506C 7507C 7508C 7509C 7510C 7511C 7512C 6cl7C 6cl8C 6cl9C 6clbC 6clcC 6cldC 6cleC 6clfC 6clgC 6clhC 6cliC 6cljC 6clkC 6cllC 6clmC 6clnC 6cloC 6clpC 6clqC 6clrC 6clsC 6cltC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7493.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 759.8 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 2.80 A MicroED density map of proteinase K at 6.0 e- / A^2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X: 0.93681 Å / Y: 0.93681 Å / Z: 0.90016 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Proteinase K
全体 | 名称: Proteinase K |
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要素 |
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-超分子 #1: Proteinase K
超分子 | 名称: Proteinase K / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Engyodontium album (菌類) |
分子量 | 理論値: 28.888994 KDa |
-分子 #1: Proteinase K
分子 | 名称: Proteinase K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: peptidase K |
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由来(天然) | 生物種: Parengyodontium album (菌類) |
分子量 | 理論値: 28.930783 KDa |
配列 | 文字列: AAQTNAPWGL ARISSTSPGT STYYYDESAG QGSCVYVIDT GIEASHPEFE GRAQMVKTYY YSSRDGNGHG THCAGTVGSR TYGVAKKTQ LFGVKVLDDN GSGQYSTIIA GMDFVASDKN NRNCPKGVVA SLSLGGGYSS SVNSAAARLQ SSGVMVAVAA G NNNADARN ...文字列: AAQTNAPWGL ARISSTSPGT STYYYDESAG QGSCVYVIDT GIEASHPEFE GRAQMVKTYY YSSRDGNGHG THCAGTVGSR TYGVAKKTQ LFGVKVLDDN GSGQYSTIIA GMDFVASDKN NRNCPKGVVA SLSLGGGYSS SVNSAAARLQ SSGVMVAVAA G NNNADARN YSPASEPSVC TVGASDRYDR RSSFSNYGSV LDIFGPGTSI LSTWIGGSTR SISGTSMATP HVAGLAAYLM TL GKTTAAS ACRYIADTAN KGDLSNIPFG TVNLLAYNNY QA UniProtKB: Proteinase K |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
濃度 | 25 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 30 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 240 / 回折像の数: 240 / 平均露光時間: 5.1 sec. / 平均電子線量: 0.0357 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 1200 mm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |