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- EMDB-7490: 1.71 A MicroED structure of proteinase K at 0.86 e- / A^2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7490
タイトル1.71 A MicroED structure of proteinase K at 0.86 e- / A^2
マップデータ1.71 A MicroED density map of proteinase K at 0.86 e- / A^2
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Proteinase K
    • タンパク質・ペプチド: Proteinase K
キーワードHydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. ...Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Engyodontium album (菌類) / Parengyodontium album (菌類)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Hattne J / Shi D
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Analysis of Global and Site-Specific Radiation Damage in Cryo-EM.
著者: Johan Hattne / Dan Shi / Calina Glynn / Chih-Te Zee / Marcus Gallagher-Jones / Michael W Martynowycz / Jose A Rodriguez / Tamir Gonen /
要旨: Micro-crystal electron diffraction (MicroED) combines the efficiency of electron scattering with diffraction to allow structure determination from nano-sized crystalline samples in cryoelectron ...Micro-crystal electron diffraction (MicroED) combines the efficiency of electron scattering with diffraction to allow structure determination from nano-sized crystalline samples in cryoelectron microscopy (cryo-EM). It has been used to solve structures of a diverse set of biomolecules and materials, in some cases to sub-atomic resolution. However, little is known about the damaging effects of the electron beam on samples during such measurements. We assess global and site-specific damage from electron radiation on nanocrystals of proteinase K and of a prion hepta-peptide and find that the dynamics of electron-induced damage follow well-established trends observed in X-ray crystallography. Metal ions are perturbed, disulfide bonds are broken, and acidic side chains are decarboxylated while the diffracted intensities decay exponentially with increasing exposure. A better understanding of radiation damage in MicroED improves our assessment and processing of all types of cryo-EM data.
履歴
登録2018年3月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月2日-
マップ公開2018年5月16日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.393
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.393
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6cl7
  • 表面レベル: 0.393
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7490.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7490.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈1.71 A MicroED density map of proteinase K at 0.86 e- / A^2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
0.57 Å/pix.
x 93 pix.
= 100.722 Å		0.56 Å/pix.
x 90 pix.
= 67.01 Å		0.56 Å/pix.
x 100 pix.
= 67.01 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX: 0.55842 Å / Y: 0.55842 Å / Z: 0.57229 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.393 / ムービー #1: 0.393
最小 - 最大-0.391335 - 1.6839701
平均 (標準偏差)-0.008173919 (±0.21355428)
対称性空間群: 96
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-8-80-48
サイズ9010093
Spacing120120176
セルA: 67.0104 Å / B: 67.0104 Å / C: 100.7223 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.558416666666670.558416666666670.57228409090909
M x/y/z120120176
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z67.01067.010100.722
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-8-80-48
NX/NY/NZ9010093
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-80-8-48
NC/NR/NS1009093
D min/max/mean-0.3911.684-0.008

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Proteinase K

全体名称: Proteinase K
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Proteinase K
    • タンパク質・ペプチド: Proteinase K

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超分子 #1: Proteinase K

超分子名称: Proteinase K / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Engyodontium album (菌類)
分子量理論値: 28.888994 KDa

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分子 #1: Proteinase K

分子名称: Proteinase K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: peptidase K
由来(天然)生物種: Parengyodontium album (菌類)
分子量理論値: 28.930783 KDa
配列文字列: AAQTNAPWGL ARISSTSPGT STYYYDESAG QGSCVYVIDT GIEASHPEFE GRAQMVKTYY YSSRDGNGHG THCAGTVGSR TYGVAKKTQ LFGVKVLDDN GSGQYSTIIA GMDFVASDKN NRNCPKGVVA SLSLGGGYSS SVNSAAARLQ SSGVMVAVAA G NNNADARN ...文字列:
AAQTNAPWGL ARISSTSPGT STYYYDESAG QGSCVYVIDT GIEASHPEFE GRAQMVKTYY YSSRDGNGHG THCAGTVGSR TYGVAKKTQ LFGVKVLDDN GSGQYSTIIA GMDFVASDKN NRNCPKGVVA SLSLGGGYSS SVNSAAARLQ SSGVMVAVAA G NNNADARN YSPASEPSVC TVGASDRYDR RSSFSNYGSV LDIFGPGTSI LSTWIGGSTR SISGTSMATP HVAGLAAYLM TL GKTTAAS ACRYIADTAN KGDLSNIPFG TVNLLAYNNY QA

UniProtKB: Proteinase K

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度25 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
1.2 MN2H8SO4Ammonium sulfate
0.1 MC4H11NO3Tris
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 30 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 289 / 回折像の数: 289 / 平均露光時間: 5.1 sec. / 平均電子線量: 0.0357 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 1200 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.71 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES
Molecular replacementソフトウェア - 名称: MOLREP (ver. 11.4.05)
Symmetry determination software listソフトウェア - 名称: POINTLESS (ver. 1.11.3)
Merging software listソフトウェア - 名称: AIMLESS (ver. 0.5.32)
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 144666 / Number structure factors: 23822 / Fourier space coverage: 93.4 / R sym: 0.388 / R merge: 0.388 / Overall phase error: 38.96 / Overall phase residual: 38.96 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 1.71 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 1.71 Å / 殻 - Low resolution: 1.75 Å / 殻 - Number structure factors: 1441 / 殻 - Phase residual: 60.13 / 殻 - Fourier space coverage: 78.1 / 殻 - Multiplicity: 4.9

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5i9s


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 1-279 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Electron scattering factors
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 6.613
得られたモデル

PDB-6cl7:
1.71 A MicroED structure of proteinase K at 0.86 e- / A^2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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