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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7449 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Gasdermin A3 membrane pore | ||||||||||||
マップデータ | Gasdermin A3 membrane pore | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Pyroptosis / Pore forming protein / IMMUNE SYSTEM | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sebaceous gland cell differentiation / avascular cornea development in camera-type eye / negative regulation of timing of anagen / hair cycle / wide pore channel activity / mammary gland development / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / skin development / hair follicle morphogenesis ...sebaceous gland cell differentiation / avascular cornea development in camera-type eye / negative regulation of timing of anagen / hair cycle / wide pore channel activity / mammary gland development / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / skin development / hair follicle morphogenesis / phosphatidylserine binding / pyroptotic inflammatory response / somatic stem cell population maintenance / hair follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / positive regulation of interleukin-1 beta production / mitochondrial membrane / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Ruan J / Wu H | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM structure of the gasdermin A3 membrane pore. 著者: Jianbin Ruan / Shiyu Xia / Xing Liu / Judy Lieberman / Hao Wu / 要旨: Gasdermins mediate inflammatory cell death after cleavage by caspases or other, unknown enzymes. The cleaved N-terminal fragments bind to acidic membrane lipids to form pores, but the mechanism of ...Gasdermins mediate inflammatory cell death after cleavage by caspases or other, unknown enzymes. The cleaved N-terminal fragments bind to acidic membrane lipids to form pores, but the mechanism of pore formation remains unresolved. Here we present the cryo-electron microscopy structures of the 27-fold and 28-fold single-ring pores formed by the N-terminal fragment of mouse GSDMA3 (GSDMA3-NT) at 3.8 and 4.2 Å resolutions, and of a double-ring pore at 4.6 Å resolution. In the 27-fold pore, a 108-stranded anti-parallel β-barrel is formed by two β-hairpins from each subunit capped by a globular domain. We identify a positively charged helix that interacts with the acidic lipid cardiolipin. GSDMA3-NT undergoes radical conformational changes upon membrane insertion to form long, membrane-spanning β-strands. We also observe an unexpected additional symmetric ring of GSDMA3-NT subunits that does not insert into the membrane in the double-ring pore, which may represent a pre-pore state of GSDMA3-NT. These structures provide a basis that explains the activities of several mutant gasdermins, including defective mutants that are associated with cancer. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7449.map.gz | 16 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7449-v30.xml emd-7449.xml | 14.5 KB 14.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_7449_fsc.xml | 13.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_7449.png | 95.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-7449.cif.gz | 5.2 KB | ||
その他 | emd_7449_additional_1.map.gz emd_7449_additional_2.map.gz | 165.4 MB 165.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7449 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7449 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7449_validation.pdf.gz | 411.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7449_full_validation.pdf.gz | 410.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7449_validation.xml.gz | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_7449_validation.cif.gz | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7449 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7449 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7449.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Gasdermin A3 membrane pore | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Gasdermin A3 membrane pore
ファイル | emd_7449_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Gasdermin A3 membrane pore | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Gasdermin A3 membrane pore
ファイル | emd_7449_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Gasdermin A3 membrane pore | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Gasdermin A3 N domain
全体 | 名称: Gasdermin A3 N domain |
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要素 |
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-超分子 #1: Gasdermin A3 N domain
超分子 | 名称: Gasdermin A3 N domain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 810 KDa |
-分子 #1: Gasdermin-A3
分子 | 名称: Gasdermin-A3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 30.401035 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: HMPVFEDVTR ALVRELNPRG DLTPLDSLID FKHFRPFCLV LRKRKSTLFW GARYVRTDYT LLDLLEPGSS PSDLTDSGNF SFKNMLDVQ VQGLVEVPKT VKVKGTAGLS QSSTLEVQTL SVAPSALENL KKERKLSADH SFLNEMRYHE KNLYVVMEAV E AKQEVTVE ...文字列: HMPVFEDVTR ALVRELNPRG DLTPLDSLID FKHFRPFCLV LRKRKSTLFW GARYVRTDYT LLDLLEPGSS PSDLTDSGNF SFKNMLDVQ VQGLVEVPKT VKVKGTAGLS QSSTLEVQTL SVAPSALENL KKERKLSADH SFLNEMRYHE KNLYVVMEAV E AKQEVTVE QTGNANAIFS LPSLALLGLQ GSLNNNKAVT IPKGCVLAYR VRLLRVFLFN LWDIPYICND SMQTFPKIRR VP CSAFISP TQMISEEPEE EKLIGELEVL FQ UniProtKB: Gasdermin-A3 |
-分子 #2: CARDIOLIPIN
分子 | 名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: CDL |
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分子量 | 理論値: 1.464043 KDa |
Chemical component information | ChemComp-CDL: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |