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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7127 | |||||||||
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タイトル | Structure of the cold- and menthol-sensing ion channel TRPM8 | |||||||||
![]() | Single-particle cryo-EM reconstruction of Transient Receptor Potential Melastatin channel TRPM8. | |||||||||
![]() |
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![]() | cold sensor / menthol sensor / calcium-permeable ion channel / ion channel / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ligand-gated calcium channel activity / : / TRPM, SLOG domain / SLOG in TRPM / Ion transport domain / Ion transport protein / identical protein binding / membrane / Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
![]() | Yin Y / Wu M | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the cold- and menthol-sensing ion channel TRPM8. 著者: Ying Yin / Mengyu Wu / Lejla Zubcevic / William F Borschel / Gabriel C Lander / Seok-Yong Lee / ![]() 要旨: Transient receptor potential melastatin (TRPM) cation channels are polymodal sensors that are involved in a variety of physiological processes. Within the TRPM family, member 8 (TRPM8) is the primary ...Transient receptor potential melastatin (TRPM) cation channels are polymodal sensors that are involved in a variety of physiological processes. Within the TRPM family, member 8 (TRPM8) is the primary cold and menthol sensor in humans. We determined the cryo-electron microscopy structure of the full-length TRPM8 from the collared flycatcher at an overall resolution of ~4.1 ångstroms. Our TRPM8 structure reveals a three-layered architecture. The amino-terminal domain with a fold distinct among known TRP structures, together with the carboxyl-terminal region, forms a large two-layered cytosolic ring that extensively interacts with the transmembrane channel layer. The structure suggests that the menthol-binding site is located within the voltage-sensor-like domain and thus provides a structural glimpse of the design principle of the molecular transducer for cold and menthol sensation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.8 KB 17.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 196.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 45.8 MB 45.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Single-particle cryo-EM reconstruction of Transient Receptor Potential Melastatin channel TRPM8. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Odd half map
ファイル | emd_7127_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Odd half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Even half map
ファイル | emd_7127_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Even half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 ...
全体 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 (TRPM8) |
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要素 |
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-超分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 ...
超分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 (TRPM8) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 107.845281 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)CDTDSETLY DLMTQHWHLK TPNLVISVTG GAKNFALKPR MRKIFSRLIY IAQSKGAWIF T GGTHYGLM ...文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)CDTDSETLY DLMTQHWHLK TPNLVISVTG GAKNFALKPR MRKIFSRLIY IAQSKGAWIF T GGTHYGLM KYIGEVVRDN TISRSSEENV VAIGIA(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)LKRDPLYCL DNNHTHLLLV DN GTHGHPT IEAKVRTQLE KYISERVIPE SNYGGKIPIV CFAQGGGKET LKSINVAIKS KIPCVVVEGS GRIADVIASL VEA EGTLAS SCVKESLLRF LPRTISRLSE EETESWIKWI KEVLESPHLL TVIKIEEAGD EIVSNAISFA LYKAFSTNEH DRDN WNGQL KLLLEWNQLD LASDEIFTND RNWESADLQD VMFTALVKDR PKFVRLFLEN GLNLRKFLTT EVLRELYTNN FSSLV FKNL QIAKNSYNDA LLTFVWKMVE DFRRGAKRDD KNSKDEMEIE LSEECPITRH PLQALFIWSV LQNKKELSKV IWEQTR GCT LAALGASKLL KSMAKVKNDI NAAGESEELA NEYETRAVEL FTECYSNDED LAEQLLTYSC EAWGGSNCLE LAVEARD QQ FIAQPGVQNF LSKQWYGEIS RDTKNWKIIL CLFFFPLIGC GFISFRKKPV EKTKKLFLYY VSFFTSPFVV FSWNVIFY I AFLLLFAYVL LMDFQKEPTA LEIILYVLVF ILLCDEVRQW YMNGSKYFSD LWNVMDTLAI FYFIAGIVFR LHSDESSWY SGRVIFCLDY IVFTLRLIHI FTVSRNLGPK IIMLQRMMID VFFFLFLFAV WMVAFGVARQ GILRKNEHRW EWIFRSVIYE PYLAMFGQY PDDIDGTTYN FDHCTFSGNE SKPLCVELDA NNQPRFPEWI TIPLVCIYML STNILLVNLL VAMFGYTVGS V QENNDQVW KFQRFFLVQE YCSRLT(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)RNEDN EILAWEAVMK ENYLVKINT(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 詳細: 15 mA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-48 / 実像数: 8367 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 96 |
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得られたモデル | ![]() PDB-6bpq: |