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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7015 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of 30S ribosomal subunit and RNA polymerase complex in rotated state | ||||||||||||
![]() | Structure of 30S ribosomal subunit and RNA polymerase complex in rotated state | ||||||||||||
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![]() | 30S subunit RNA polymerase complex / RIBOSOME | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding ...DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / protein dimerization activity / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / DNA-templated transcription / mRNA binding / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.9 Å | ||||||||||||
![]() | Demo G / Rasouly A | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of RNA polymerase bound to ribosomal 30S subunit. 著者: Gabriel Demo / Aviram Rasouly / Nikita Vasilyev / Vladimir Svetlov / Anna B Loveland / Ruben Diaz-Avalos / Nikolaus Grigorieff / Evgeny Nudler / Andrei A Korostelev / ![]() 要旨: In bacteria, mRNA transcription and translation are coupled to coordinate optimal gene expression and maintain genome stability. Coupling is thought to involve direct interactions between RNA ...In bacteria, mRNA transcription and translation are coupled to coordinate optimal gene expression and maintain genome stability. Coupling is thought to involve direct interactions between RNA polymerase (RNAP) and the translational machinery. We present cryo-EM structures of RNAP core bound to the small ribosomal 30S subunit. The complex is stable under cell-like ionic conditions, consistent with functional interaction between RNAP and the 30S subunit. The RNA exit tunnel of RNAP aligns with the Shine-Dalgarno-binding site of the 30S subunit. Ribosomal protein S1 forms a wall of the tunnel between RNAP and the 30S subunit, consistent with its role in directing mRNAs onto the ribosome. The nucleic-acid-binding cleft of RNAP samples distinct conformations, suggesting different functional states during transcription-translation coupling. The architecture of the 30S•RNAP complex provides a structural basis for co-localization of the transcriptional and translational machineries, and inform future mechanistic studies of coupled transcription and translation. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 29.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 48 KB 48 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 87.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 11.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of 30S ribosomal subunit and RNA polymerase complex in rotated state | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.6428 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : 30S ribosomal subunit and RNA polymerase complex
+超分子 #1: 30S ribosomal subunit and RNA polymerase complex
+超分子 #2: 30S ribosomal subunit
+超分子 #3: RNA polymerase
+分子 #1: 16S rRNA
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #6: 30S ribosomal protein S1
+分子 #7: 30S ribosomal protein S2
+分子 #8: 30S ribosomal protein S3
+分子 #9: 30S ribosomal protein S4
+分子 #10: 30S ribosomal protein S5
+分子 #11: 30S ribosomal protein S6
+分子 #12: 30S ribosomal protein S7
+分子 #13: 30S ribosomal protein S8
+分子 #14: 30S ribosomal protein S9
+分子 #15: 30S ribosomal protein S10
+分子 #16: 30S ribosomal protein S11
+分子 #17: 30S ribosomal protein S12
+分子 #18: 30S ribosomal protein S13
+分子 #19: 30S ribosomal protein S14
+分子 #20: 30S ribosomal protein S15
+分子 #21: 30S ribosomal protein S16
+分子 #22: 30S ribosomal protein S17
+分子 #23: 30S ribosomal protein S18
+分子 #24: 30S ribosomal protein S19
+分子 #25: 30S ribosomal protein S20
+分子 #26: 30S ribosomal protein S21
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.0, 100 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA, 6 mM BME |
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 2.5 uL of 50 nM 30S and 150 nM RNAP was applied to the grid. After a 30 second incubation, the grid was blotted for 5 seconds at blotting power 8.. |
詳細 | 50 nM 30S, 150 nM RNAP |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2527 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 詳細: The average electron dose 40.0 (e-/A2) represents the total dose for one collected movie. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 25000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 500 / 当てはまり具合の基準: Correlation Coefficient |
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得られたモデル | ![]() PDB-6awc: |