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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zhd | |||||||||
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タイトル | H11-H4 bound to Spike | |||||||||
要素 |
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キーワード | ANTIVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / nanobody / llama / neutralisation / spike | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virion component / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...virion component / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Enterobacteria phage T4 (ファージ) Lama glama (ラマ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Clare, D.K. / Naismith, J.H. / Weckener, M. / Vogirala, V.K. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Neutralizing nanobodies bind SARS-CoV-2 spike RBD and block interaction with ACE2. 著者: Jiandong Huo / Audrey Le Bas / Reinis R Ruza / Helen M E Duyvesteyn / Halina Mikolajek / Tomas Malinauskas / Tiong Kit Tan / Pramila Rijal / Maud Dumoux / Philip N Ward / Jingshan Ren / ...著者: Jiandong Huo / Audrey Le Bas / Reinis R Ruza / Helen M E Duyvesteyn / Halina Mikolajek / Tomas Malinauskas / Tiong Kit Tan / Pramila Rijal / Maud Dumoux / Philip N Ward / Jingshan Ren / Daming Zhou / Peter J Harrison / Miriam Weckener / Daniel K Clare / Vinod K Vogirala / Julika Radecke / Lucile Moynié / Yuguang Zhao / Javier Gilbert-Jaramillo / Michael L Knight / Julia A Tree / Karen R Buttigieg / Naomi Coombes / Michael J Elmore / Miles W Carroll / Loic Carrique / Pranav N M Shah / William James / Alain R Townsend / David I Stuart / Raymond J Owens / James H Naismith / 要旨: The SARS-CoV-2 virus is more transmissible than previous coronaviruses and causes a more serious illness than influenza. The SARS-CoV-2 receptor binding domain (RBD) of the spike protein binds to the ...The SARS-CoV-2 virus is more transmissible than previous coronaviruses and causes a more serious illness than influenza. The SARS-CoV-2 receptor binding domain (RBD) of the spike protein binds to the human angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor as a prelude to viral entry into the cell. Using a naive llama single-domain antibody library and PCR-based maturation, we have produced two closely related nanobodies, H11-D4 and H11-H4, that bind RBD (K of 39 and 12 nM, respectively) and block its interaction with ACE2. Single-particle cryo-EM revealed that both nanobodies bind to all three RBDs in the spike trimer. Crystal structures of each nanobody-RBD complex revealed how both nanobodies recognize the same epitope, which partly overlaps with the ACE2 binding surface, explaining the blocking of the RBD-ACE2 interaction. Nanobody-Fc fusions showed neutralizing activity against SARS-CoV-2 (4-6 nM for H11-H4, 18 nM for H11-D4) and additive neutralization with the SARS-CoV-1/2 antibody CR3022. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 6zhd.cif.gz | 686.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zhd.ent.gz | 572.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zhd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6zhd_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6zhd_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6zhd_validation.xml.gz | 93.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6zhd_validation.cif.gz | 144 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/6zhd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/6zhd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 142399.375 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: S, 2, wac / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2, UniProt: P10104 #2: 抗体 | 分子量: 15045.752 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.52 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7 / 詳細: 50 mM Tris, pH 7, 150 mM NaCl | ||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Complex mixed together | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Plasma Cleaner PDC-002-CE, Harrick Plasma / グリッドのタイプ: Homemade | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: SPOTITON / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 81 % 詳細: SPT Labtech prototype 300 mesh 1.2/2.0 nanowire grids with a highly reproduceable rectangular bar cross-section were used. The grids were glow-discharged on low for 90 s (Plasma Cleaner PDC- ...詳細: SPT Labtech prototype 300 mesh 1.2/2.0 nanowire grids with a highly reproduceable rectangular bar cross-section were used. The grids were glow-discharged on low for 90 s (Plasma Cleaner PDC-002-CE, Harrick Plasma) to activate the nanowires. Approximately 6 nL of the complex were applied to the grids using a Chameleon EP system (SPT Labtech) at 81 % relative humidity and ambient temperature. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS / 詳細: EPU auto-function coma free correction |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 倍率(補正後): 47170 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 100 K / 最低温度: 100 K |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 46 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10000 / 詳細: The images were collected as 50 frame movies |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0258 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Images were aligned and reconstructed in Releion | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | 詳細: Relion / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 786392 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 126938 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 詳細: Relion / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Correlation / 詳細: REFMAC was used via ccpem GUI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6Z43 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.7→216.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / SU B: 27.809 / SU ML: 0.385 / ESU R: 0.801 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 183.518 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 26927 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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