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- PDB-6z7n: The atomic structure of HAdV-F41 at pH 7.4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z7n
タイトルThe atomic structure of HAdV-F41 at pH 7.4
要素
  • (Pre-hexon-linking protein ...) x 2
  • (Unknown) x 2
  • Core-capsid bridging protein
  • Fiber protein
  • Hexon protein
  • Hexon-interlacing protein
  • Penton protein
  • Pre-protein VI
キーワードVIRUS / HAdV-F41 / virion / icosahedral
機能・相同性
機能・相同性情報


hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / virion component => GO:0044423 / host cell nucleolus / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell ...hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / virion component => GO:0044423 / host cell nucleolus / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Adenovirus core-capsid bridging protein V / Adenovirus minor core protein PV / : / Pre-hexon-linking protein IIIa / Hexon-associated protein IX / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII ...Adenovirus core-capsid bridging protein V / Adenovirus minor core protein PV / : / Pre-hexon-linking protein IIIa / Hexon-associated protein IX / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Minor capsid protein VI / Minor capsid protein VI / Adenovirus hexon protein / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hexon-interlacing protein / Core-capsid bridging protein / Hexon protein / Pre-hexon-linking protein VIII / Pre-protein VI / Hexon-interlacing protein / Pre-hexon-linking protein IIIa / Penton protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.77 Å
データ登録者Carlson, L.-A. / Rafie, K.
資金援助 スウェーデン, 4件
組織認可番号国
Human Frontier Science Program (HFSP)CDA00047/2017-C スウェーデン
Swedish Research CouncilDnr 2019-01472 スウェーデン
Swedish Research CouncilDnr 2017-00859 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: The structure of enteric human adenovirus 41-A leading cause of diarrhea in children.
著者: K Rafie / A Lenman / J Fuchs / A Rajan / N Arnberg / L-A Carlson /
要旨: Human adenovirus (HAdV) types F40 and F41 are a prominent cause of diarrhea and diarrhea-associated mortality in young children worldwide. These enteric HAdVs differ notably in tissue tropism and ...Human adenovirus (HAdV) types F40 and F41 are a prominent cause of diarrhea and diarrhea-associated mortality in young children worldwide. These enteric HAdVs differ notably in tissue tropism and pathogenicity from respiratory and ocular adenoviruses, but the structural basis for this divergence has been unknown. Here, we present the first structure of an enteric HAdV-HAdV-F41-determined by cryo-electron microscopy to a resolution of 3.8 Å. The structure reveals extensive alterations to the virion exterior as compared to nonenteric HAdVs, including a unique arrangement of capsid protein IX. The structure also provides new insights into conserved aspects of HAdV architecture such as a proposed location of core protein V, which links the viral DNA to the capsid, and assembly-induced conformational changes in the penton base protein. Our findings provide the structural basis for adaptation of enteric HAdVs to a fundamentally different tissue tropism.
履歴
登録2020年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-11108
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11108
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: Pre-protein VI
1: Pre-protein VI
2: Pre-protein VI
3: Pre-protein VI
4: Pre-protein VI
5: Pre-protein VI
6: Pre-protein VI
7: Pre-protein VI
8: Pre-protein VI
9: Pre-protein VI
A: Hexon protein
B: Hexon protein
C: Hexon protein
D: Hexon protein
E: Hexon protein
F: Hexon protein
G: Hexon protein
H: Hexon protein
I: Hexon protein
J: Hexon protein
K: Hexon protein
L: Hexon protein
M: Penton protein
N: Core-capsid bridging protein
O: Pre-hexon-linking protein IIIa
P: Hexon-interlacing protein
Q: Hexon-interlacing protein
R: Hexon-interlacing protein
S: Hexon-interlacing protein
T: Pre-hexon-linking protein VIII
U: Pre-hexon-linking protein VIII
X: Fiber protein
W: Unknown
V: Unknown
Y: Unknown
Z: Unknown


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,811,44836
ポリマ－1,811,44836
非ポリマー00
水00
1
0: Pre-protein VI
1: Pre-protein VI
2: Pre-protein VI
3: Pre-protein VI
4: Pre-protein VI
5: Pre-protein VI
6: Pre-protein VI
7: Pre-protein VI
8: Pre-protein VI
9: Pre-protein VI
A: Hexon protein
B: Hexon protein
C: Hexon protein
D: Hexon protein
E: Hexon protein
F: Hexon protein
G: Hexon protein
H: Hexon protein
I: Hexon protein
J: Hexon protein
K: Hexon protein
L: Hexon protein
M: Penton protein
N: Core-capsid bridging protein
O: Pre-hexon-linking protein IIIa
P: Hexon-interlacing protein
Q: Hexon-interlacing protein
R: Hexon-interlacing protein
S: Hexon-interlacing protein
T: Pre-hexon-linking protein VIII
U: Pre-hexon-linking protein VIII
X: Fiber protein
W: Unknown
V: Unknown
Y: Unknown
Z: Unknown
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,686,8522160
ポリマ－108,686,8522160
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
point symmetry operation59

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要素

-
タンパク質 , 5種, 28分子 0123456789ABCDEFGHIJKLMNPQRS

#1: タンパク質
Pre-protein VI / pVI


分子量: 29170.145 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
細胞株: A549 / 参照: UniProt: P16139
#2: タンパク質
Hexon protein / CP-H / Protein II


分子量: 104064.234 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
細胞株: A549 / 参照: UniProt: P11820
#3: タンパク質 Penton protein / CP-P / Penton base protein / Protein III


分子量: 57142.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
細胞株: A549 / 参照: UniProt: Q9QAH8
#4: タンパク質 Core-capsid bridging protein / Core protein V


分子量: 39843.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
細胞株: A549 / 参照: UniProt: B5SNS2
#6: タンパク質
Hexon-interlacing protein / Protein IX


分子量: 13617.179 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
細胞株: A549 / 参照: UniProt: B5SNR3, UniProt: P32539*PLUS

-
Pre-hexon-linking protein ... , 2種, 3分子 OTU

#5: タンパク質 Pre-hexon-linking protein IIIa / Capsid vertex-specific component IIIa / CVSC / Protein IIIa / pIIIa


分子量: 64825.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
細胞株: A549 / 参照: UniProt: Q67716
#7: タンパク質 Pre-hexon-linking protein VIII / Pre-protein VIII / pVIII


分子量: 25330.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
細胞株: A549 / 参照: UniProt: P11822

-
タンパク質・ペプチド , 3種, 5分子 XWVZY

#8: タンパク質・ペプチド Fiber protein


分子量: 899.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: belongs to one of the two fibre proteins: P14267 or P16883
由来: (天然) Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
細胞株: A549
#9: タンパク質・ペプチド Unknown


分子量: 869.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
細胞株: A549
#10: タンパク質・ペプチド Unknown


分子量: 528.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
細胞株: A549

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Human adenovirus 41 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Human adenovirus 41 (ヒトアデノウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
細胞: Sf9
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Homo sapiens
ウイルス殻直径: 900 nm
緩衝液pH: 7.4
詳細: PBS buffer made from comemrcial PBS tablets Medicargo, PBS tablets, 09-9400-100
試料濃度: 4.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 1.03 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6929
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18_3845: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU画像取得
4Gctf1.18CTF補正icle CTF correction
7PHENIX1.18-3845モデルフィッティング
9RELION3.0-beta初期オイラー角割当
10RELION3.0-beta最終オイラー角割当
11RELION3.0-beta分類
12RELION3.0-beta３次元再構成
13PHENIX1.18-3845モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 25667
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19472 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5TX1

5tx1


Accession code: 5TX1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 3.77 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00696240
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.904131061
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.82713005
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.07114007
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00617254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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