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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z2w | ||||||
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タイトル | Mec1-Ddc2 (F2244L mutant) in complex with Mg AMP-PNP | ||||||
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![]() | HYDROLASE / serine/threonine protein kinase / complex / DNA damage response / checkpoint control | ||||||
機能・相同性 | ![]() ATR-ATRIP complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication / telomere maintenance via recombination / regulation of double-strand break repair / reciprocal meiotic recombination / nucleobase-containing compound metabolic process / nuclear chromosome / telomere maintenance via telomerase / signal transduction in response to DNA damage / telomere maintenance ...ATR-ATRIP complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication / telomere maintenance via recombination / regulation of double-strand break repair / reciprocal meiotic recombination / nucleobase-containing compound metabolic process / nuclear chromosome / telomere maintenance via telomerase / signal transduction in response to DNA damage / telomere maintenance / DNA damage checkpoint signaling / establishment of protein localization / chromatin organization / chromosome / DNA recombination / DNA replication / damaged DNA binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / DNA repair / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å | ||||||
![]() | Yates, L.A. / Zhang, X. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism of auto-inhibition and activation of Mec1 checkpoint kinase. 著者: Elias A Tannous / Luke A Yates / Xiaodong Zhang / Peter M Burgers / ![]() ![]() 要旨: In response to DNA damage or replication fork stalling, the basal activity of Mec1 is stimulated in a cell-cycle-dependent manner, leading to cell-cycle arrest and the promotion of DNA repair. Mec1 ...In response to DNA damage or replication fork stalling, the basal activity of Mec1 is stimulated in a cell-cycle-dependent manner, leading to cell-cycle arrest and the promotion of DNA repair. Mec1 dysfunction leads to cell death in yeast and causes chromosome instability and embryonic lethality in mammals. Thus, ATR is a major target for cancer therapies in homologous recombination-deficient cancers. Here we identify a single mutation in Mec1, conserved in ATR, that results in constitutive activity. Using cryo-electron microscopy, we determine the structures of this constitutively active form (Mec1(F2244L)-Ddc2) at 2.8 Å and the wild type at 3.8 Å, both in complex with Mg-AMP-PNP. These structures yield a near-complete atomic model for Mec1-Ddc2 and uncover the molecular basis for low basal activity and the conformational changes required for activation. Combined with biochemical and genetic data, we discover key regulatory regions and propose a Mec1 activation mechanism. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 829.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 DCEF
#1: タンパク質 | 分子量: 86533.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: LCD1, DDC2, PIE1, YDR499W / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 273646.812 Da / 分子数: 2 / Mutation: F2244L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MEC1, ESR1, SAD3, YBR136W, YBR1012 / プラスミド: pBL904 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P38111, non-specific serine/threonine protein kinase |
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-非ポリマー , 4種, 12分子 ![](data/chem/img/ANP.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Mec1-Ddc2 / タイプ: COMPLEX 詳細: Mec1-Ddc2 expressed and purified from Yeast and incubated with Mg and AMP-PNP Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.72 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 51 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15902 |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 900000 / 詳細: Template-based picking | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53581 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5X6O Accession code: 5X6O / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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