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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yxx | ||||||
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タイトル | State A of the Trypanosoma brucei mitoribosomal large subunit assembly intermediate | ||||||
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![]() | RIBOSOME / mitoribosome / assembly / LSU | ||||||
機能・相同性 | ![]() organellar large ribosomal subunit / pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / kinetoplast / RNA methyltransferase activity / nuclear lumen / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / mitochondrial ribosome / post-transcriptional regulation of gene expression ...organellar large ribosomal subunit / pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / kinetoplast / RNA methyltransferase activity / nuclear lumen / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / mitochondrial ribosome / post-transcriptional regulation of gene expression / cyclosporin A binding / mitochondrial translation / : / acyl binding / acyl carrier activity / RNA processing / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / lipid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / large ribosomal subunit / protein folding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / RNA helicase activity / rRNA binding / negative regulation of translation / hydrolase activity / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / nucleolus / GTP binding / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
![]() | Jaskolowski, M. / Ramrath, D.J.F. / Bieri, P. / Niemann, M. / Mattei, S. / Calderaro, S. / Leibundgut, M.A. / Horn, E.K. / Boehringer, D. / Schneider, A. / Ban, N. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Insights into the Mechanism of Mitoribosomal Large Subunit Biogenesis. 著者: Mateusz Jaskolowski / David J F Ramrath / Philipp Bieri / Moritz Niemann / Simone Mattei / Salvatore Calderaro / Marc Leibundgut / Elke K Horn / Daniel Boehringer / André Schneider / Nenad Ban / ![]() 要旨: In contrast to the bacterial translation machinery, mitoribosomes and mitochondrial translation factors are highly divergent in terms of composition and architecture. There is increasing evidence ...In contrast to the bacterial translation machinery, mitoribosomes and mitochondrial translation factors are highly divergent in terms of composition and architecture. There is increasing evidence that the biogenesis of mitoribosomes is an intricate pathway, involving many assembly factors. To better understand this process, we investigated native assembly intermediates of the mitoribosomal large subunit from the human parasite Trypanosoma brucei using cryo-electron microscopy. We identify 28 assembly factors, 6 of which are homologous to bacterial and eukaryotic ribosome assembly factors. They interact with the partially folded rRNA by specifically recognizing functionally important regions such as the peptidyltransferase center. The architectural and compositional comparison of the assembly intermediates indicates a stepwise modular assembly process, during which the rRNA folds toward its mature state. During the process, several conserved GTPases and a helicase form highly intertwined interaction networks that stabilize distinct assembly intermediates. The presented structures provide general insights into mitoribosomal maturation. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 4.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
+タンパク質 , 68種, 69分子 A1E1A2E2A3E3E4A5E5E6A8BAEABBEBECBDEDBEBFEGBHEHAIBIBJBKBLELEM...
-RNA鎖 , 1種, 1分子 AA
#12: RNA鎖 | 分子量: 365178.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-タンパク質・ペプチド , 6種, 8分子 UAUfUIUrUKUMUmUn
#15: タンパク質・ペプチド | 分子量: 869.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() #32: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1805.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() #36: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 2145.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() #40: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 698.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() #77: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 2315.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() #78: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 2400.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-Ribosomal protein ... , 3種, 3分子 AEAFAK
#21: タンパク質 | 分子量: 55073.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q580R4 |
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#24: タンパク質 | 分子量: 53156.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A1G4HYD1 |
#34: タンパク質 | 分子量: 40266.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q586R9 |
-SpoU methylase domain-containing ... , 2種, 2分子 EEEF
#23: タンパク質 | 分子量: 67167.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: C9ZZ65 |
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#26: タンパク質 | 分子量: 40223.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: C9ZWD9 |
-50S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 ANAR
#41: タンパク質 | 分子量: 24341.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q580D5 |
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#48: タンパク質 | 分子量: 35117.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q57YI7 |
-Peptidyl-prolyl cis-trans ... , 2種, 2分子 BQBZ
#47: タンパク質 | 分子量: 25579.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q57WF8, peptidylprolyl isomerase |
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#64: タンパク質 | 分子量: 20542.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q383Y4, peptidylprolyl isomerase |
-非ポリマー , 8種, 39分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/PM8.gif)
![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/PM8.gif)
![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#85: 化合物 | ChemComp-ZN / #86: 化合物 | ChemComp-MG / #87: 化合物 | #88: 化合物 | #89: 化合物 | ChemComp-ATP / | #90: 化合物 | ChemComp-PM8 / | #91: 化合物 | ChemComp-NAD / | #92: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: State B of the Trypanosoma brucei mitoribosomal large subunit assembly intermediate タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#84 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: 427 |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: 3.5 uL of the sample was blotted for 7-9 sec before plunging |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 75 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16215 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | 詳細: Initial models of ribosomal proteins of the T. brucei mitochondrial ribosomal large subunit were taken from PDB 6HIX. Assembly factors of the mitoribosomal large subunit were built de novo. |