PDB-6ys8: Structure of GldLM, the proton-powered motor that drives protein ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ys8

タイトル

Structure of GldLM, the proton-powered motor that drives protein transport and gliding motility

要素

GldL
GldM

キーワード

MOTOR PROTEIN / membrane protein complex ion-driven motor

機能・相同性

機能・相同性情報

Gliding motility-associated protein, GldL / : / GldL N-terminal domain / : / : / GldM second domain / GldM third domain / Gliding motility-associated protein GldM / Gliding motility-associated protein GldM, C-terminal / Gliding motility-associated protein GldM, N-terminal ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å

データ登録者

Hennell James, R. / Deme, J.C. / Lea, S.M.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020
タイトル: Structure of a proton-powered molecular motor that drives protein transport and gliding motility
著者: Hennell James, R. / Deme, J.C. / Kjaer, A. / Alcock, F. / Silale, A. / Lauber, F. / Bersk, B.C. / Lea, S.M.

履歴

登録	2020年4月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-10893 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ys8.cif.gz	151.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ys8.ent.gz	110.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ys8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/6ys8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/6ys8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	10893MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3cdg-2 2r47-d 4kp2-1 2xal-d 3cii-2 5yhj-d 5nno-d 3cii-1 2dbb-2 1w8j-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GldM

B: GldM

G: GldL

F: GldL

E: GldL

D: GldL

C: GldL

224 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALS in addition to structure

#1: タンパク質	GldM 分子量: 54856.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 遺伝子: gldM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5EGM3
#2: タンパク質	GldL / Protein involved in gliding motility GldL 分子量: 22786.209 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) 遺伝子: gldL, SAMN05444388_10142 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5EGM4

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: GldLM / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT

分子量

実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli (大腸菌)

緩衝液

pH: 7.5

緩衝液成分

ID	濃度	名称	Buffer-ID
1	20 mM	HEPES	1
2	150 mM	NaCl	1
3	0.02 %	LMNG	1

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3

急速凍結

凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 0.3 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.1 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 48 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
2	EPU		画像取得
4	SIMPLE	3	CTF補正
9	SIMPLE	3	初期オイラー角割当
10	RELION	3.1	最終オイラー角割当
11	RELION	3.1	分類
12	RELION	3.1	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 3284887

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 119230 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: AB INITIO MODEL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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