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- PDB-6yj4: Structure of Yarrowia lipolytica complex I at 2.7 A -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 6yj4
タイトルStructure of Yarrowia lipolytica complex I at 2.7 A
要素
  • (Acyl carrier protein ...) x 2
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 6
  • NADH dehydrogenase subunit 2
  • NUCM protein
  • NUGM protein
  • Subunit N7BM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NB2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NB4M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NB5M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NB6M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NB8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NEBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NESM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NI2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NI8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NIAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NIDM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NIMM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NIPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUEM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUFM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUIM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUJM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUKM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUMM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUUM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUXM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUYM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUZM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • subunit NI9M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • subunit NIGM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • subunit NUNM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / NADH:Ubiquinone Oxidoreductase / complex I
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoate biosynthetic process / NADH dehydrogenase / TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / protein import into mitochondrial matrix / respiratory chain complex I / cellular respiration / ubiquinone-6 biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / iron-sulfur cluster assembly ...lipoate biosynthetic process / NADH dehydrogenase / TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / protein import into mitochondrial matrix / respiratory chain complex I / cellular respiration / ubiquinone-6 biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / iron-sulfur cluster assembly / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase activity / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / ubiquinone binding / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / acyl binding / acyl carrier activity / quinone binding / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / electron transport chain / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / protein-containing complex binding / mitochondrion / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), 21kDa subunit, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, C-terminal, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5kDa subunit / C-terminal of NADH-ubiquinone oxidoreductase 21 kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Complex1_LYR-like / Soluble ligand binding domain / SLBB domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), 21kDa subunit, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, C-terminal, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5kDa subunit / C-terminal of NADH-ubiquinone oxidoreductase 21 kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Complex1_LYR-like / Soluble ligand binding domain / SLBB domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / GRIM-19 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NDUFB9, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 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dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Complex 1 LYR protein domain / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH-Ubiquinone 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dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / NuoE domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / CHCH / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / CHCH domain / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding
類似検索 - ドメイン・相同性
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類似検索 - 構成要素
生物種Yarrowia lipolytica (酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hirst, J. / Grba, D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105663141 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_00015/2 英国
引用
ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Mitochondrial complex I structure reveals ordered water molecules for catalysis and proton translocation.
著者: Daniel N Grba / Judy Hirst /
要旨: Mitochondrial complex I powers ATP synthesis by oxidative phosphorylation, exploiting the energy from ubiquinone reduction by NADH to drive protons across the energy-transducing inner membrane. ...Mitochondrial complex I powers ATP synthesis by oxidative phosphorylation, exploiting the energy from ubiquinone reduction by NADH to drive protons across the energy-transducing inner membrane. Recent cryo-EM analyses of mammalian and yeast complex I have revolutionized structural and mechanistic knowledge and defined structures in different functional states. Here, we describe a 2.7-Å-resolution structure of the 42-subunit complex I from the yeast Yarrowia lipolytica containing 275 structured water molecules. We identify a proton-relay pathway for ubiquinone reduction and water molecules that connect mechanistically crucial elements and constitute proton-translocation pathways through the membrane. By comparison with known structures, we deconvolute structural changes governing the mammalian 'deactive transition' (relevant to ischemia-reperfusion injury) and their effects on the ubiquinone-binding site and a connected cavity in ND1. Our structure thus provides important insights into catalysis by this enigmatic respiratory machine.
#1: ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Mitochondrial complex I structure reveals ordered water molecules for catalysis and proton translocation.
著者: Daniel N Grba / Judy Hirst /
要旨: Mitochondrial complex I powers ATP synthesis by oxidative phosphorylation, exploiting the energy from ubiquinone reduction by NADH to drive protons across the energy-transducing inner membrane. ...Mitochondrial complex I powers ATP synthesis by oxidative phosphorylation, exploiting the energy from ubiquinone reduction by NADH to drive protons across the energy-transducing inner membrane. Recent cryo-EM analyses of mammalian and yeast complex I have revolutionized structural and mechanistic knowledge and defined structures in different functional states. Here, we describe a 2.7-Å-resolution structure of the 42-subunit complex I from the yeast Yarrowia lipolytica containing 275 structured water molecules. We identify a proton-relay pathway for ubiquinone reduction and water molecules that connect mechanistically crucial elements and constitute proton-translocation pathways through the membrane. By comparison with known structures, we deconvolute structural changes governing the mammalian 'deactive transition' (relevant to ischemia-reperfusion injury) and their effects on the ubiquinone-binding site and a connected cavity in ND1. Our structure thus provides important insights into catalysis by this enigmatic respiratory machine.
履歴
登録2020年4月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.42021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10815
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
B: Subunit NUKM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
C: NUGM protein
D: NUCM protein
E: Subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
F: Subunit NUBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
G: Subunit NUAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
H: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
I: Subunit NUIM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
J: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
K: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
L: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
M: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
N: NADH dehydrogenase subunit 2
O: Subunit NUXM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
P: Subunit NUEM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
Q: Subunit NUYM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
R: Subunit NUMM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
S: Subunit NI8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
T: Acyl carrier protein ACPM1 of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
U: Acyl carrier protein ACPM2 of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
V: Subunit NUFM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
W: Subunit NB4M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
X: Subunit NUPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
Y: Subunit NUJM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
Z: Subunit NB6M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
a: Subunit NIMM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
b: subunit NI9M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
c: Subunit NUZM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
d: Subunit NEBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
e: Subunit NIPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
f: Subunit N7BM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
g: Subunit NESM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
h: subunit NUNM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
i: Subunit NUUM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
j: subunit NIGM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
k: Subunit NB2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
l: Subunit NIAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
m: Subunit NB5M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
n: Subunit NI2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
o: Subunit NB8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
p: Subunit NIDM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,020,03592
ポリマ－985,35142
非ポリマー34,68350
水4,954275
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 6種, 6分子 AHJKLM

#1: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3


分子量: 14506.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nad3, YALI1_M00472r / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: S5TMS4, UniProt: Q9B6C7*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#8: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1


分子量: 38389.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nad1, YALI1_M00064g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: S5U3V2, UniProt: Q9B6E8*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#10: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase subunit 6


分子量: 20793.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (strain CLIB 122 / E 150) (酵母)
遺伝子: ND6 / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9B6E9, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#11: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L


分子量: 9843.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nad4L, YALI1_M00335g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: S5U4U1, UniProt: Q9B6D4*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#12: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5


分子量: 73768.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nad5, YALI1_M00338r / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: S5TF58, UniProt: Q9B6D3*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#13: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4


分子量: 54534.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nad4, YALI1_M00296g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: S5TMP9, UniProt: Q9B6D6*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

+
タンパク質 , 34種, 34分子 BCDEFGINOPQRSVWXYZabcdefghijkl...

#2: タンパク質 Subunit NUKM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 23455.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nukm, YALI1_F09003g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q9UUT7, NADH dehydrogenase
#3: タンパク質 NUGM protein


分子量: 33644.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His tagged / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nugm, B0I71DRAFT_126141 / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9UUU0, UniProt: F2Z6D7*PLUS, NADH dehydrogenase
#4: タンパク質 NUCM protein


分子量: 52521.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nucm, B0I71DRAFT_131656, YALI1_F22993g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9UUU1, UniProt: F2Z626*PLUS, NADH dehydrogenase
#5: タンパク質 Subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 27247.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nuhm / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9UUT9, UniProt: F2Z6C0*PLUS, NADH dehydrogenase
#6: タンパク質 Subunit NUBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 53829.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nubm, NUO51, YALI1_B26679g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9UUU2, UniProt: F2Z660*PLUS, NADH dehydrogenase, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#7: タンパク質 Subunit NUAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 79088.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nuam, YALI1_D07089g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9UUU3, UniProt: F2Z6F1*PLUS, NADH dehydrogenase
#9: タンパク質 Subunit NUIM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 25682.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nuim, YALI1_F01456g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9UUT8, UniProt: F2Z619*PLUS, NADH dehydrogenase
#14: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 53381.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nad2, YALI1_M00458g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: S5U4R9, UniProt: Q9B6C8*PLUS, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#15: タンパク質 Subunit NUXM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 18588.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_E33570g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NKB4, UniProt: Q6C4A6*PLUS
#16: タンパク質 Subunit NUEM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 42765.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_137087, BD777DRAFT_111096 / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A371BY45, UniProt: Q6C7X4*PLUS
#17: タンパク質 Subunit NUYM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 18656.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_B19507g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8N7X0, UniProt: Q6CEK9*PLUS
#18: タンパク質 Subunit NUMM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 15148.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_D24109g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1H6Q8Z5, UniProt: Q6C8J9*PLUS
#19: タンパク質 Subunit NI8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 9621.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_C04281g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1H6PJS3, UniProt: Q6CD73*PLUS
#22: タンパク質 Subunit NUFM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 16657.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_119420, BD777DRAFT_112063 / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A371C5F3, UniProt: Q6C4W9*PLUS
#23: タンパク質 Subunit NB4M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 14778.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_A01824g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8N3C8, UniProt: Q6CI60*PLUS
#24: タンパク質 Subunit NUPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 19355.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_134276 / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A371C2D0, UniProt: Q6CGB4*PLUS
#25: タンパク質 Subunit NUJM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 20849.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_129038, BD777DRAFT_131485 / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A371CB65, UniProt: Q6C674*PLUS
#26: タンパク質 Subunit NB6M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 14112.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_E34222g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1H6PPE5, UniProt: B5FVF8*PLUS
#27: タンパク質 Subunit NIMM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 9806.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_C30086g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NC63, UniProt: B5FVD3*PLUS
#28: タンパク質 subunit NI9M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 8992.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_131413, YALI1_E28107g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NJR0, UniProt: B5FVF3*PLUS
#29: タンパク質 Subunit NUZM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 19772.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_129288, YALI1_A03153g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8N3H5, UniProt: Q6CI10*PLUS
#30: タンパク質 Subunit NEBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 8059.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_E00527g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NGI5
#31: タンパク質 Subunit NIPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 10035.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_F24343g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NNZ0, UniProt: B5RSL7*PLUS
#32: タンパク質 Subunit N7BM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 16175.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_100046, YALI1_B00908g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8N5V2, UniProt: Q6CG53*PLUS
#33: タンパク質 Subunit NESM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 28479.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nuwm, B0I71DRAFT_98177, YALI1_E34367g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q6ZY23, UniProt: F2Z673*PLUS, NADH dehydrogenase
#34: タンパク質 subunit NUNM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 15818.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_126580 / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A371CFV9, UniProt: Q6C1R9*PLUS
#35: タンパク質 Subunit NUUM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 9793.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_133979, YALI1_D22691g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1H6Q311
#36: タンパク質 subunit NIGM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 10765.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_129560, YALI1_D30003g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NFX6
#37: タンパク質 Subunit NB2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 6948.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_135324 / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A371C0F2, UniProt: B5FVE5*PLUS
#38: タンパク質 Subunit NIAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 17328.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: B0I71DRAFT_129122, YALI1_D06302g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8ND94, UniProt: Q6CA88*PLUS
#39: タンパク質 Subunit NB5M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 10494.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: nuvm, YALI1_F09017g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q6ZY24, UniProt: B5RSK9*PLUS, NADH dehydrogenase
#40: タンパク質 Subunit NI2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 12902.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_D09203g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NDL1, UniProt: Q6C9Z1*PLUS
#41: タンパク質 Subunit NB8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 11219.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_E37603g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1H6PKH9, UniProt: B5FVG1*PLUS
#42: タンパク質 Subunit NIDM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 11039.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_A18188g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8N596, UniProt: B5RSK3*PLUS

-
Acyl carrier protein ... , 2種, 2分子 TU

#20: タンパク質 Acyl carrier protein ACPM1 of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 12053.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_D18037g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1H6PXT9, UniProt: Q6C926*PLUS
#21: タンパク質 Acyl carrier protein ACPM2 of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 14444.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_D32594g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NG21, UniProt: Q6C7X2*PLUS

-
糖 , 1種, 5分子

#45: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 10種, 320分子

#43: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#44: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#46: 化合物
ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 622.834 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H65NO8P / コメント: リン脂質*YM
#47: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#48: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#49: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#50: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#51: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#52: 化合物 ChemComp-EHZ / ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (3~{S})-3-oxidanyltetradecanethioate


分子量: 584.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49N2O9PS
#53: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Yarrowia lipolytica mitochondrial complex I (NADH:Ubiquinone oxidoreductase)COMPLEX#1-#420MULTIPLE SOURCES
2Yarrowia lipolytica mitochondrial complex ICOMPLEX#1-#9, #11-#421RECOMBINANT
3Entity 10COMPLEX#101RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Yarrowia lipolytica (酵母)4952
23Yarrowia lipolytica (strain CLIB 122 / E 150) (酵母)284591
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Yarrowia lipolytica (酵母)4952
23Yarrowia lipolytica (酵母)4952
緩衝液pH: 7.45
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Gold grids pre-treated with PEG thiol reagent / グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / Calibrated defocus min: -1500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: -2700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
撮影電子線照射量: 44 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2540
画像スキャン動画フレーム数/画像: 25

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2EPU画像取得
4RELION3.1CTF補正
5GctfCTF補正
8UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
14PHENIX1.14モデル精密化
15PHENIX1.16モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 106302 / 詳細: Post manual curation of Relion auto-pick
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 49669 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 6G2J

6g2j

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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