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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6y90 | ||||||
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タイトル | Structure of full-length CD20 in complex with Rituximab Fab | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / cancer immunotherapy / therapeutic antibody | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 store-operated calcium entry / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / calcium ion import into cytosol / epidermal growth factor receptor binding / B cell proliferation / plasma membrane raft / B cell activation / immunoglobulin binding / humoral immune response / B cell differentiation ...store-operated calcium entry / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / calcium ion import into cytosol / epidermal growth factor receptor binding / B cell proliferation / plasma membrane raft / B cell activation / immunoglobulin binding / humoral immune response / B cell differentiation / response to bacterium / B cell receptor signaling pathway / protein tetramerization / MHC class II protein complex binding / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.69 Å | ||||||
データ登録者 | Kumar, A. / Reyes, N. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Binding mechanisms of therapeutic antibodies to human CD20. 著者: Anand Kumar / Cyril Planchais / Rémi Fronzes / Hugo Mouquet / Nicolas Reyes / 要旨: Monoclonal antibodies (mAbs) targeting human antigen CD20 (cluster of differentiation 20) constitute important immunotherapies for the treatment of B cell malignancies and autoimmune diseases. Type I ...Monoclonal antibodies (mAbs) targeting human antigen CD20 (cluster of differentiation 20) constitute important immunotherapies for the treatment of B cell malignancies and autoimmune diseases. Type I and II therapeutic mAbs differ in B cell binding properties and cytotoxic effects, reflecting differential interaction mechanisms with CD20. Here we present 3.7- to 4.7-angstrom cryo-electron microscopy structures of full-length CD20 in complexes with prototypical type I rituximab and ofatumumab and type II obinutuzumab. The structures and binding thermodynamics demonstrate that upon binding to CD20, type II mAbs form terminal complexes that preclude recruitment of additional mAbs and complement components, whereas type I complexes act as molecular seeds to increase mAb local concentration for efficient complement activation. Among type I mAbs, ofatumumab complexes display optimal geometry for complement recruitment. The uncovered mechanisms should aid rational design of next-generation immunotherapies targeting CD20. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6y90.cif.gz | 220.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6y90.ent.gz | 185.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6y90.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6y90_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6y90_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6y90_validation.xml.gz | 44.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6y90_validation.cif.gz | 62.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/6y90 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/6y90 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 19164.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Full-length wild type Human CD20 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: B-Lymphocyte / 遺伝子: MS4A1, CD20 / プラスミド: pcDNA3.1+ / 細胞株 (発現宿主): HEK-293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11836 |
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-抗体 , 2種, 4分子 CHDL
#2: 抗体 | 分子量: 23733.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: IgG1 expression vector / 細胞株 (発現宿主): HEK-293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 23078.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Rituximab Light Chain / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: IgG1 expression vector / 細胞株 (発現宿主): HEK-293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-非ポリマー , 3種, 20分子
#4: 化合物 | ChemComp-Y01 / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MYS / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 41.3 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9263 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3103137 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 65203 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL 詳細: The CD20-Rituximab fab model was built by placing CD20 peptide (residues 167-186) and Rituximab fab from PDB 2OSL into the EM map. The initial model was fitted manually and extended to a full ...詳細: The CD20-Rituximab fab model was built by placing CD20 peptide (residues 167-186) and Rituximab fab from PDB 2OSL into the EM map. The initial model was fitted manually and extended to a full CD20 model encompassing residues 45-216. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 72.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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