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万見
- PDB-6xbd: Cryo-EM structure of MlaFEDB in nanodiscs with phospholipid substrates -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xbd
タイトルCryo-EM structure of MlaFEDB in nanodiscs with phospholipid substrates
要素
  • (Phospholipid ...) x 4
  • MSP1D1
キーワードLIPID TRANSPORT / bacterial cell envelope / mla pathway / MCE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / phospholipid transport / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / hydrolase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Probable ABC transporter ATP-binding protein MlaF/Mkl / Probable phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD / ABC transport permease subunit MlaE, Proteobacteria / ABC transporter permease MalE / Permease MlaE / STAS domain / Mce/MlaD / MlaD protein / STAS domain profile. / STAS domain ...Probable ABC transporter ATP-binding protein MlaF/Mkl / Probable phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD / ABC transport permease subunit MlaE, Proteobacteria / ABC transporter permease MalE / Permease MlaE / STAS domain / Mce/MlaD / MlaD protein / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Putative phospholipid ABC transporter-binding protein mlaB / Putative phospholipid ABC transporter-binding protein mlaD / Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE / Putative phospholipid import ATP-binding protein MlaF
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli DEC6A (大腸菌)
Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Coudray, N. / Isom, G.L. / MacRae, M.R. / Saiduddin, M. / Ekiert, D.C. / Bhabha, G.
資金援助 米国, 12件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00GM112982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM128777 米国
Other privatePEW-00033055 米国
American Heart Association20POST35210202 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM088118 米国
Other privateDFS 20 16 米国
Other privateSF349247 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
Other privateF00316 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)OD019994 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)U24GM129547 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM103311 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structure of bacterial phospholipid transporter MlaFEDB with substrate bound.
著者: Nicolas Coudray / Georgia L Isom / Mark R MacRae / Mariyah N Saiduddin / Gira Bhabha / Damian C Ekiert /
要旨: In double-membraned bacteria, phospholipid transport across the cell envelope is critical to maintain the outer membrane barrier, which plays a key role in virulence and antibiotic resistance. An MCE ...In double-membraned bacteria, phospholipid transport across the cell envelope is critical to maintain the outer membrane barrier, which plays a key role in virulence and antibiotic resistance. An MCE transport system called Mla has been implicated in phospholipid trafficking and outer membrane integrity, and includes an ABC transporter, MlaFEDB. The transmembrane subunit, MlaE, has minimal sequence similarity to other transporters, and the structure of the entire inner-membrane MlaFEDB complex remains unknown. Here, we report the cryo-EM structure of MlaFEDB at 3.05 Å resolution, revealing distant relationships to the LPS and MacAB transporters, as well as the eukaryotic ABCA/ABCG families. A continuous transport pathway extends from the MlaE substrate-binding site, through the channel of MlaD, and into the periplasm. Unexpectedly, two phospholipids are bound to MlaFEDB, suggesting that multiple lipid substrates may be transported each cycle. Our structure provides mechanistic insight into substrate recognition and transport by MlaFEDB.
履歴
登録2020年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Experimental preparation / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: em_vitrification / entity / entity_src_gen
Item: _em_vitrification.instrument / _entity.pdbx_description ..._em_vitrification.instrument / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.22021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22116
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD
B: Phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD
C: Phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD
D: Phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD
E: Phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD
F: Phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD
G: Phospholipid ABC transporter permease protein MlaE
H: Phospholipid ABC transporter permease protein MlaE
I: Phospholipid transport system ATP-binding protein MlaF
J: Phospholipid transport system ATP-binding protein MlaF
K: Phospholipid ABC transporter-binding protein MlaB
L: Phospholipid ABC transporter-binding protein MlaB
M: MSP1D1
N: MSP1D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,36916
ポリマ－294,98514
非ポリマー1,3842
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Phospholipid ... , 4種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD


分子量: 21937.674 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli DEC6A (大腸菌) / 遺伝子: mlaD, ECDEC6A_3942 / 発現宿主: Escherichia coli Rosetta 2 (DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H4UPP8
#2: タンパク質 Phospholipid ABC transporter permease protein MlaE


分子量: 27885.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli DEC6A (大腸菌) / 遺伝子: mlaE, ECDEC6A_3943 / 発現宿主: Escherichia coli Rosetta 2 (DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H4UPP9
#3: タンパク質 Phospholipid transport system ATP-binding protein MlaF


分子量: 29128.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli DEC6A (大腸菌) / 遺伝子: mlaF, ECDEC6A_3944 / 発現宿主: Escherichia coli Rosetta 2 (DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: H4UPQ0, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#4: タンパク質 Phospholipid ABC transporter-binding protein MlaB


分子量: 10690.313 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: mlaB, ECDEC6A_3940 / 発現宿主: Escherichia coli Rosetta 2 (DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H4UPP6

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 4分子 MN

#5: タンパク質 MSP1D1


分子量: 13975.214 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli Rosetta 2 (DE3) (大腸菌)
#6: 化合物 ChemComp-PEF / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 3-[AMINOETHYLPHOSPHORYL]-[1,2-DI-PALMITOYL]-SN-GLYCEROL / DPPE


分子量: 691.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM

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詳細

構成要素の詳細Molecule-4 was modeled as a poly-ala chain. The register of the model with the sequence is unknown
研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細sequence of entity-4 MSP1D1 ...sequence of entity-4 MSP1D1 STFSKLREQLGPVTQEFWDNLEKETEGLRQEMSKDLEEVKAKVQPYLDDFQKKWQEEMELYRQKVEPLRAELQEGARQKLHELQEKLSPLGEEMRDRARAHVDALRTHLAPYSDELRQRLAARLEALKENGGARLAEYHAKATEHLSTLSEKAKPALEDLRQGLLPVLESFKVSFLSALEEYTKKLNTQ

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MlaFEDB complex with two bound phospholipid substrates in MSP1D1 nanodisc
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.266 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.95 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 29000 X / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 71 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3212
画像スキャン動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION2.1粒子像選択Gaussian blob
2Leginon画像取得
4Gctf1.18CTF補正
5CTFFIND4.1.10CTF補正
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
9Cootモデルフィッティング
11cryoSPARC0.6初期オイラー角割当
12RELION3初期オイラー角割当
13RELION3.1初期オイラー角割当
14cryoSPARC2.12最終オイラー角割当
16cryoSPARC2.12３次元再構成
17PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1283606
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 731205 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
15UW2

5uw2

A5UW21
26CM1

6cm1

B6CM12
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00317702
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.54924108
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.39810593
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0432956
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033075

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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