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万見
- EMDB-22116: Cryo-EM structure of MlaFEDB in nanodiscs with phospholipid substrates -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22116
タイトルCryo-EM structure of MlaFEDB in nanodiscs with phospholipid substrates
マップデータMlaFEDB cryo-em density map, scharpened at -50 A^2 and cropped to 300x300x300 pixels.
試料
  • 複合体: MlaFEDB complex with two bound phospholipid substrates in MSP1D1 nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid ABC transporter permease protein MlaE
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid transport system ATP-binding protein MlaF
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid ABC transporter-binding protein MlaB
    • タンパク質・ペプチド: MSP1D1
  • リガンド: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
キーワードlipid transport / bacterial cell envelope / mla pathway / MCE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / phospholipid transport / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / hydrolase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Probable ABC transporter ATP-binding protein MlaF/Mkl / Probable phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD / ABC transport permease subunit MlaE, Proteobacteria / ABC transporter permease MalE / Permease MlaE / STAS domain / Mce/MlaD / MlaD protein / STAS domain profile. / STAS domain ...Probable ABC transporter ATP-binding protein MlaF/Mkl / Probable phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD / ABC transport permease subunit MlaE, Proteobacteria / ABC transporter permease MalE / Permease MlaE / STAS domain / Mce/MlaD / MlaD protein / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative phospholipid ABC transporter-binding protein mlaB / Putative phospholipid ABC transporter-binding protein mlaD / Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE / Putative phospholipid import ATP-binding protein MlaF
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli DEC6A (大腸菌) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Coudray N / Isom GL
資金援助 米国, 12件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00GM112982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM128777 米国
Other privatePEW-00033055 米国
American Heart Association20POST35210202 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM088118 米国
Other privateDFS 20 16 米国
Other privateSF349247 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
Other privateF00316 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)OD019994 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)U24GM129547 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM103311 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structure of bacterial phospholipid transporter MlaFEDB with substrate bound.
著者: Nicolas Coudray / Georgia L Isom / Mark R MacRae / Mariyah N Saiduddin / Gira Bhabha / Damian C Ekiert /
要旨: In double-membraned bacteria, phospholipid transport across the cell envelope is critical to maintain the outer membrane barrier, which plays a key role in virulence and antibiotic resistance. An MCE ...In double-membraned bacteria, phospholipid transport across the cell envelope is critical to maintain the outer membrane barrier, which plays a key role in virulence and antibiotic resistance. An MCE transport system called Mla has been implicated in phospholipid trafficking and outer membrane integrity, and includes an ABC transporter, MlaFEDB. The transmembrane subunit, MlaE, has minimal sequence similarity to other transporters, and the structure of the entire inner-membrane MlaFEDB complex remains unknown. Here, we report the cryo-EM structure of MlaFEDB at 3.05 Å resolution, revealing distant relationships to the LPS and MacAB transporters, as well as the eukaryotic ABCA/ABCG families. A continuous transport pathway extends from the MlaE substrate-binding site, through the channel of MlaD, and into the periplasm. Unexpectedly, two phospholipids are bound to MlaFEDB, suggesting that multiple lipid substrates may be transported each cycle. Our structure provides mechanistic insight into substrate recognition and transport by MlaFEDB.
履歴
登録2020年6月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月1日-
マップ公開2020年7月1日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.27
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.27
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6xbd
  • 表面レベル: 0.27
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22116.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22116.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈MlaFEDB cryo-em density map, scharpened at -50 A^2 and cropped to 300x300x300 pixels.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.27 / ムービー #1: 0.27
最小 - 最大-0.90852875 - 1.9043484
平均 (標準偏差)0.0010263837 (±0.07089551)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 249.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8320.8320.832
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z249.600249.600249.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-200-200-200
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.9091.9040.001

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添付データ

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追加マップ: MlaFEDB cryo-em density map (unsharpened and uncropped)

ファイルemd_22116_additional.map
注釈MlaFEDB cryo-em density map (unsharpened and uncropped)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MlaFEDB complex with two bound phospholipid substrates in MSP1D1 ...

全体名称: MlaFEDB complex with two bound phospholipid substrates in MSP1D1 nanodisc
要素
  • 複合体: MlaFEDB complex with two bound phospholipid substrates in MSP1D1 nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid ABC transporter permease protein MlaE
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid transport system ATP-binding protein MlaF
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid ABC transporter-binding protein MlaB
    • タンパク質・ペプチド: MSP1D1
  • リガンド: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

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超分子 #1: MlaFEDB complex with two bound phospholipid substrates in MSP1D1 ...

超分子名称: MlaFEDB complex with two bound phospholipid substrates in MSP1D1 nanodisc
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 266 KDa

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分子 #1: Phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD

分子名称: Phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli DEC6A (大腸菌)
分子量理論値: 21.937674 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli Rosetta 2 (DE3) (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHQHQ HENLYFQGMQ TKKNEIWVGI FLLAALLAAL FVCLKAANVT SIRTEPTYTL YATFDNIGGL KARSPVSIGG VVVGRVADI TLDPKTYLPR VTLEIEQRYN HIPDTSSLSI RTSGLLGEQY LALNVGFEDP ELGTAILKDG DTIQDTKSAM V LEDLIGQF ...文字列:
MHHHHHHQHQ HENLYFQGMQ TKKNEIWVGI FLLAALLAAL FVCLKAANVT SIRTEPTYTL YATFDNIGGL KARSPVSIGG VVVGRVADI TLDPKTYLPR VTLEIEQRYN HIPDTSSLSI RTSGLLGEQY LALNVGFEDP ELGTAILKDG DTIQDTKSAM V LEDLIGQF LYGSKGDDNK NSGDAPAAAP GNNETTEPVG TTK

UniProtKB: Putative phospholipid ABC transporter-binding protein mlaD

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分子 #2: Phospholipid ABC transporter permease protein MlaE

分子名称: Phospholipid ABC transporter permease protein MlaE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli DEC6A (大腸菌)
分子量理論値: 27.885162 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli Rosetta 2 (DE3) (大腸菌)
配列文字列: MLLNALASLG HKGIKTLRTF GRAGLMLFNA LVGKPEFRKH APLLVRQLYN VGVLSMLIIV VSGVFIGMVL GLQGYLVLTT YSAETSLGM LVALSLLREL GPVVAALLFA GRAGSALTAE IGLMRATEQL SSMEMMAVDP LRRVISPRFW AGVISLPLLT V IFVAVGIW ...文字列:
MLLNALASLG HKGIKTLRTF GRAGLMLFNA LVGKPEFRKH APLLVRQLYN VGVLSMLIIV VSGVFIGMVL GLQGYLVLTT YSAETSLGM LVALSLLREL GPVVAALLFA GRAGSALTAE IGLMRATEQL SSMEMMAVDP LRRVISPRFW AGVISLPLLT V IFVAVGIW GGSLVGVSWK GIDSGFFWSA MQNAVDWRMD LVNCLIKSVV FAITVTWISL FNGYDAIPTS AGISRATTRT VV HSSLAVL GLDFVLTALM FGN

UniProtKB: Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE

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分子 #3: Phospholipid transport system ATP-binding protein MlaF

分子名称: Phospholipid transport system ATP-binding protein MlaF
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
由来(天然)生物種: Escherichia coli DEC6A (大腸菌)
分子量理論値: 29.128801 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli Rosetta 2 (DE3) (大腸菌)
配列文字列: MEQSVANLVD MRDVSFTRGN RCIFDNISLT VPRGKITAIM GPSGIGKTTL LRLIGGQIAP DHGEILFDGE NIPAMSRSRL YTVRKRMSM LFQSGALFTD MNVFDNVAYP LREHTQLPAP LLHSTVMMKL EAVGLRGAAK LMPSELSGGM ARRAALARAI A LEPDLIMF ...文字列:
MEQSVANLVD MRDVSFTRGN RCIFDNISLT VPRGKITAIM GPSGIGKTTL LRLIGGQIAP DHGEILFDGE NIPAMSRSRL YTVRKRMSM LFQSGALFTD MNVFDNVAYP LREHTQLPAP LLHSTVMMKL EAVGLRGAAK LMPSELSGGM ARRAALARAI A LEPDLIMF DEPFVGQDPI TMGVLVKLIS ELNSALGVTC VVVSHDVPEV LSIADHAWIL ADKKIVAHGS AQALQANPDP RV RQFLDGI ADGPVPFRYP AGDYHADLLP GS

UniProtKB: Putative phospholipid import ATP-binding protein MlaF

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分子 #4: Phospholipid ABC transporter-binding protein MlaB

分子名称: Phospholipid ABC transporter-binding protein MlaB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 10.690313 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli Rosetta 2 (DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSESLSWMQT GDTLALSGEL DQDVLLPLWE MREEAVKGIT CIDLSRVSRV DTGGLALLLH LIDLAKKQGN NVTLQGVNDK VYTLAKLYN LPADVLPR

UniProtKB: Putative phospholipid ABC transporter-binding protein mlaB

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分子 #5: MSP1D1

分子名称: MSP1D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.975214 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli Rosetta 2 (DE3) (大腸菌)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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分子 #6: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: PEF
分子量理論値: 691.959 Da
Chemical component information

ChemComp-PEF:
DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / DPPE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.95 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3212 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 71.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1283606
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab-initio generated with CryoSparc v0.6
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12) / 使用した粒子像数: 731205
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
ソフトウェア: (名称: cryoSPARC (ver. 0.6), RELION (ver. 3.0), RELION (ver. 3.1))
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5uw2

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6cm1

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-6xbd:
Cryo-EM structure of MlaFEDB in nanodiscs with phospholipid substrates

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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