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- PDB-6x9u: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664, expressed in HEK293S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x9u
タイトルHIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664, expressed in HEK293S cells and partially deglycosylated by endoglycosidase H, in complex with RM20A3 Fab
要素
  • (HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 ...) x 2
  • RM20A3 Fab Heavy Chain
  • RM20A3 Fab Light Chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV-1 / Envelope / glycoprotein / spike / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Macaca mulatta (アカゲザル)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Berndsen, Z.T. / Ward, A.B.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI100663 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI144462 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Visualization of the HIV-1 Env glycan shield across scales.
著者: Zachary T Berndsen / Srirupa Chakraborty / Xiaoning Wang / Christopher A Cottrell / Jonathan L Torres / Jolene K Diedrich / Cesar A López / John R Yates / Marit J van Gils / James C Paulson ...著者: Zachary T Berndsen / Srirupa Chakraborty / Xiaoning Wang / Christopher A Cottrell / Jonathan L Torres / Jolene K Diedrich / Cesar A López / John R Yates / Marit J van Gils / James C Paulson / Sandrasegaram Gnanakaran / Andrew B Ward /
要旨: The dense array of N-linked glycans on the HIV-1 envelope glycoprotein (Env), known as the "glycan shield," is a key determinant of immunogenicity, yet intrinsic heterogeneity confounds typical ...The dense array of N-linked glycans on the HIV-1 envelope glycoprotein (Env), known as the "glycan shield," is a key determinant of immunogenicity, yet intrinsic heterogeneity confounds typical structure-function analysis. Here, we present an integrated approach of single-particle electron cryomicroscopy (cryo-EM), computational modeling, and site-specific mass spectrometry (MS) to probe glycan shield structure and behavior at multiple levels. We found that dynamics lead to an extensive network of interglycan interactions that drive the formation of higher-order structure within the glycan shield. This structure defines diffuse boundaries between buried and exposed protein surface and creates a mapping of potentially immunogenic sites on Env. Analysis of Env expressed in different cell lines revealed how cryo-EM can detect subtle changes in glycan occupancy, composition, and dynamics that impact glycan shield structure and epitope accessibility. Importantly, this identified unforeseen changes in the glycan shield of Env obtained from expression in the same cell line used for vaccine production. Finally, by capturing the enzymatic deglycosylation of Env in a time-resolved manner, we found that highly connected glycan clusters are resistant to digestion and help stabilize the prefusion trimer, suggesting the glycan shield may function beyond immune evasion.
履歴
登録2020年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete point assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22111
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22111
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp120
B: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41
H: RM20A3 Fab Heavy Chain
L: RM20A3 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,31926
ポリマ－102,1124
非ポリマー6,20722
水00
1
A: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp120
B: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41
H: RM20A3 Fab Heavy Chain
L: RM20A3 Fab Light Chain
ヘテロ分子

A: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp120
B: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41
H: RM20A3 Fab Heavy Chain
L: RM20A3 Fab Light Chain
ヘテロ分子

A: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp120
B: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41
H: RM20A3 Fab Heavy Chain
L: RM20A3 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)324,95878
ポリマ－306,33712
非ポリマー18,62066
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation2
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C3 (3回回転対称))

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要素

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HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp120


分子量: 57945.977 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-505 / 変異: T332N,A501C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6
#2: タンパク質 HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41


分子量: 17146.482 Da / 分子数: 1 / 変異: I559P,T605C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体 RM20A3 Fab Heavy Chain


分子量: 13511.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 RM20A3 Fab Light Chain


分子量: 13508.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 3種, 22分子

#5: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664, expressed in HEK293S cells and partially deglycosylated by endoglycosidase H, in complex with RM20A3 FabCOMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664COMPLEX#1-#21RECOMBINANTpartially deglycosylated by endoglycosidase H
3RM20A3 FabCOMPLEX#3-#41RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)11676
23Macaca mulatta (アカゲザル)9544
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
12Homo sapiens (ヒト)9606HEK293S
23Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分名称: TBS
試料濃度: 7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2Leginon画像取得
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9Rosettaモデル精密化
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 46104 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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