+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6x43 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex - II state | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / RNA polymerase core enzyme binding / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / DNA translocase activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Llewellyn, E. / Chen, J. / Kang, J.Y. / Darst, S.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for transcription complex disruption by the Mfd translocase. 著者: Jin Young Kang / Eliza Llewellyn / James Chen / Paul Dominic B Olinares / Joshua Brewer / Brian T Chait / Elizabeth A Campbell / Seth A Darst / ![]() 要旨: Transcription-coupled repair (TCR) is a sub-pathway of nucleotide excision repair (NER) that preferentially removes lesions from the template-strand (t-strand) that stall RNA polymerase (RNAP) ...Transcription-coupled repair (TCR) is a sub-pathway of nucleotide excision repair (NER) that preferentially removes lesions from the template-strand (t-strand) that stall RNA polymerase (RNAP) elongation complexes (ECs). Mfd mediates TCR in bacteria by removing the stalled RNAP concealing the lesion and recruiting Uvr(A)BC. We used cryo-electron microscopy to visualize Mfd engaging with a stalled EC and attempting to dislodge the RNAP. We visualized seven distinct Mfd-EC complexes in both ATP and ADP-bound states. The structures explain how Mfd is remodeled from its repressed conformation, how the UvrA-interacting surface of Mfd is hidden during most of the remodeling process to prevent premature engagement with the NER pathway, how Mfd alters the RNAP conformation to facilitate disassembly, and how Mfd forms a processive translocation complex after dislodging the RNAP. Our results reveal an elaborate mechanism for how Mfd kinetically discriminates paused from stalled ECs and disassembles stalled ECs to initiate TCR. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 815.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 648.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 GHIJK
#2: タンパク質 | ![]() 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A073G207, UniProt: P0A7Z4*PLUS, ![]() #3: タンパク質 | | ![]() 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A8V4, UniProt: P0A8V2*PLUS, ![]() #4: タンパク質 | | ![]() 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A4S1NBU2, UniProt: P0A8T7*PLUS, ![]() #5: タンパク質 | | ![]() 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A802, UniProt: P0A800*PLUS, ![]() |
---|
-DNA鎖 , 2種, 2分子 PQ
#7: DNA鎖 | 分子量: 19630.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#8: DNA鎖 | 分子量: 19748.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AR
#1: タンパク質 | 分子量: 130152.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: mfd, ACU57_04350, AUQ13_23175, BW690_23090, BZL31_08375, C5N07_18685, C9Z39_13430, CA593_22910, CI694_24470, CIG45_16475, D0X26_19775, D2185_03780, DAH34_08070, DBQ99_15575, E2119_09560, ...遺伝子: mfd, ACU57_04350, AUQ13_23175, BW690_23090, BZL31_08375, C5N07_18685, C9Z39_13430, CA593_22910, CI694_24470, CIG45_16475, D0X26_19775, D2185_03780, DAH34_08070, DBQ99_15575, E2119_09560, E4K55_21680, EAI52_08950, EEP23_04080, EI021_06895, EI028_16020, EIZ93_13025, EPT01_12285, EXX71_16985, EYD11_13865, F1E19_06650, FV293_24105, FWK02_07210, PGD_02181 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A024L3Y3, UniProt: P30958*PLUS, ![]() |
---|---|
#6: RNA鎖 | 分子量: 6815.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 3種, 5分子 ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#9: 化合物 | ChemComp-ATP / ![]() | ||
---|---|---|---|
#10: 化合物 | #11: 化合物 | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Escherichia coli Mfd-RNA polymerase elongation complex: state II タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 86000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|