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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6x43 | ||||||
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タイトル | Mfd-bound E.coli RNA polymerase elongation complex - II state | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / Transcription-coupled DNA repair / DNA translocase / elongation complex / RNA polymerase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / RNA polymerase core enzyme binding / DNA translocase activity / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / DNA repair complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex ...transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / RNA polymerase core enzyme binding / DNA translocase activity / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / DNA repair complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / transcription-coupled nucleotide-excision repair / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA helicase activity / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA-templated transcription initiation / transcription antitermination / cell motility / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / damaged DNA binding / protein dimerization activity / hydrolase activity / response to antibiotic / DNA repair / DNA-templated transcription / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Llewellyn, E. / Chen, J. / Kang, J.Y. / Darst, S.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2021 タイトル: Structural basis for transcription complex disruption by the Mfd translocase. 著者: Jin Young Kang / Eliza Llewellyn / James Chen / Paul Dominic B Olinares / Joshua Brewer / Brian T Chait / Elizabeth A Campbell / Seth A Darst / 要旨: Transcription-coupled repair (TCR) is a sub-pathway of nucleotide excision repair (NER) that preferentially removes lesions from the template-strand (t-strand) that stall RNA polymerase (RNAP) ...Transcription-coupled repair (TCR) is a sub-pathway of nucleotide excision repair (NER) that preferentially removes lesions from the template-strand (t-strand) that stall RNA polymerase (RNAP) elongation complexes (ECs). Mfd mediates TCR in bacteria by removing the stalled RNAP concealing the lesion and recruiting Uvr(A)BC. We used cryo-electron microscopy to visualize Mfd engaging with a stalled EC and attempting to dislodge the RNAP. We visualized seven distinct Mfd-EC complexes in both ATP and ADP-bound states. The structures explain how Mfd is remodeled from its repressed conformation, how the UvrA-interacting surface of Mfd is hidden during most of the remodeling process to prevent premature engagement with the NER pathway, how Mfd alters the RNAP conformation to facilitate disassembly, and how Mfd forms a processive translocation complex after dislodging the RNAP. Our results reveal an elaborate mechanism for how Mfd kinetically discriminates paused from stalled ECs and disassembles stalled ECs to initiate TCR. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6x43.cif.gz | 815.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6x43.ent.gz | 648.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6x43.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6x43_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6x43_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6x43_validation.xml.gz | 113.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6x43_validation.cif.gz | 177.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/6x43 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/6x43 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 GHIJK
#2: タンパク質 | 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A073G207, UniProt: P0A7Z4*PLUS, DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoB, Z5560, ECs4910 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P0A8V4, UniProt: P0A8V2*PLUS, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | | 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoC, BvCmsKKP036_03580 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A4S1NBU2, UniProt: P0A8T7*PLUS, DNA-directed RNA polymerase #5: タンパク質 | | 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoZ, Z5075, ECs4524 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P0A802, UniProt: P0A800*PLUS, DNA-directed RNA polymerase |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 PQ
#7: DNA鎖 | 分子量: 19630.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
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#8: DNA鎖 | 分子量: 19748.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AR
#1: タンパク質 | 分子量: 130152.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: mfd, ACU57_04350, AUQ13_23175, BW690_23090, BZL31_08375, C5N07_18685, C9Z39_13430, CA593_22910, CI694_24470, CIG45_16475, D0X26_19775, D2185_03780, DAH34_08070, DBQ99_15575, E2119_09560, ...遺伝子: mfd, ACU57_04350, AUQ13_23175, BW690_23090, BZL31_08375, C5N07_18685, C9Z39_13430, CA593_22910, CI694_24470, CIG45_16475, D0X26_19775, D2185_03780, DAH34_08070, DBQ99_15575, E2119_09560, E4K55_21680, EAI52_08950, EEP23_04080, EI021_06895, EI028_16020, EIZ93_13025, EPT01_12285, EXX71_16985, EYD11_13865, F1E19_06650, FV293_24105, FWK02_07210, PGD_02181 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A024L3Y3, UniProt: P30958*PLUS, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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#6: RNA鎖 | 分子量: 6815.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
-非ポリマー , 3種, 5分子
#9: 化合物 | ChemComp-ATP / | ||
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#10: 化合物 | #11: 化合物 | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Escherichia coli Mfd-RNA polymerase elongation complex: state II タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 86000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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