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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6x1q | ||||||
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タイトル | 1.8 Angstrom resolution structure of b-galactosidase with a 200 kV cryoARM electron microscope | ||||||
![]() | Beta-galactosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / enzyme | ||||||
機能・相同性 | ![]() alkali metal ion binding / lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / magnesium ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
![]() | Merk, A. / Fukumura, T. / Zhu, X. / Darling, J. / Grisshammer, R. / Ognjenovic, J. / Subramaniam, S. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: 1.8 Å resolution structure of β-galactosidase with a 200 kV CRYO ARM electron microscope. 著者: Alan Merk / Takuma Fukumura / Xing Zhu / Joseph E Darling / Reinhard Grisshammer / Jana Ognjenovic / Sriram Subramaniam / ![]() ![]() ![]() 要旨: We report the determination of the structure of β-galactosidase at a resolution of ∼1.8 Å using data collected on a 200 kV CRYO ARM microscope equipped with a K3 direct electron detector. ...We report the determination of the structure of β-galactosidase at a resolution of ∼1.8 Å using data collected on a 200 kV CRYO ARM microscope equipped with a K3 direct electron detector. The data were collected in a single 24 h session by recording images from an array of 7 × 7 holes at each stage position using the automated data collection program . In addition to the expected features such as holes in the densities of aromatic residues, the map also shows density bumps corresponding to the locations of hydrogen atoms. The hydrogen densities are useful in assigning absolute orientations for residues such as glutamine or asparagine by removing the uncertainty in the fitting of the amide groups, and are likely to be especially relevant in the context of structure-guided drug design. These findings validate the use of electron microscopes operating at 200 kV for imaging protein complexes at atomic resolution using cryo-EM. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 367.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 384.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 72.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 129.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 21995MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 1.1 TB Data #1: uncorrected multi-frame micrographs of beta-galactosidase [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 116181.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: beta-galactosidase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: .465 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 25mM Tris pH 8.0, 50mM NaCl, 0.5mM TCEP, 2mM MgCl |
試料 | 濃度: 4.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Purified by size exclusion chromatography |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 291 K |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL CRYO ARM 200 |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): -950 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4949 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルタースリット幅: 30 eV |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 998945 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 1.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 257202 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5A1A Accession code: 5A1A / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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