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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wzt | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of influenza hemagglutinin A/Victoria/361/2011 in complex with cyno antibody 3B10 | ||||||
要素 |
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キーワード | ANTIVIRAL PROTEIN / influenza / hemagglutinin / antibody / vaccine / broadly neutralizing antibody | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) Macaca fascicularis (カニクイザル) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | ||||||
データ登録者 | Qiu, Y. / Zhou, Y. / Darricarrere, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2021 タイトル: Broad neutralization of H1 and H3 viruses by adjuvanted influenza HA stem vaccines in nonhuman primates. 著者: Nicole Darricarrère / Yu Qiu / Masaru Kanekiyo / Adrian Creanga / Rebecca A Gillespie / Syed M Moin / Jacqueline Saleh / Jose Sancho / Te-Hui Chou / Yanfeng Zhou / Ruijun Zhang / Shujia Dai ...著者: Nicole Darricarrère / Yu Qiu / Masaru Kanekiyo / Adrian Creanga / Rebecca A Gillespie / Syed M Moin / Jacqueline Saleh / Jose Sancho / Te-Hui Chou / Yanfeng Zhou / Ruijun Zhang / Shujia Dai / Anthony Moody / Kevin O Saunders / Michelle C Crank / John R Mascola / Barney S Graham / Chih-Jen Wei / Gary J Nabel / 要旨: Seasonal influenza vaccines confer protection against specific viral strains but have restricted breadth that limits their protective efficacy. The H1 and H3 subtypes of influenza A virus cause most ...Seasonal influenza vaccines confer protection against specific viral strains but have restricted breadth that limits their protective efficacy. The H1 and H3 subtypes of influenza A virus cause most of the seasonal epidemics observed in humans and are the major drivers of influenza A virus-associated mortality. The consequences of pandemic spread of COVID-19 underscore the public health importance of prospective vaccine development. Here, we show that headless hemagglutinin (HA) stabilized-stem immunogens presented on ferritin nanoparticles elicit broadly neutralizing antibody (bnAb) responses to diverse H1 and H3 viruses in nonhuman primates (NHPs) when delivered with a squalene-based oil-in-water emulsion adjuvant, AF03. The neutralization potency and breadth of antibodies isolated from NHPs were comparable to human bnAbs and extended to mismatched heterosubtypic influenza viruses. Although NHPs lack the immunoglobulin germline VH1-69 residues associated with the most prevalent human stem-directed bnAbs, other gene families compensated to generate bnAbs. Isolation and structural analyses of vaccine-induced bnAbs revealed extensive interaction with the fusion peptide on the HA stem, which is essential for viral entry. Antibodies elicited by these headless HA stabilized-stem vaccines neutralized diverse H1 and H3 influenza viruses and shared a mode of recognition analogous to human bnAbs, suggesting that these vaccines have the potential to confer broadly protective immunity against diverse viruses responsible for seasonal and pandemic influenza infections in humans. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wzt.cif.gz | 545.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wzt.ent.gz | 458.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wzt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/6wzt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/6wzt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 56721.504 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/reassortant/NYMC X-217(A/Puerto Rico/8/1934 x A/Victoria/361/2011)(H3N2) 遺伝子: HA, L998_47830gpHA / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A075EV12 |
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-抗体 , 2種, 6分子 HEGLDF
#2: 抗体 | 分子量: 24700.625 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Macaca fascicularis (カニクイザル) 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 23095.521 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Macaca fascicularis (カニクイザル) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 3種, 21分子
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 糖 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.336 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.13 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 42 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0258 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 114332 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 4.4→265 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / SU B: 44.76 / SU ML: 0.535 / ESU R: 0.445 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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原子変位パラメータ | Biso mean: 83.025 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 22356 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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