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万見
- PDB-6wua: 30S subunit (head) of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wua
タイトル30S subunit (head) of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBody refinement
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 7
  • 16S rRNA
キーワードRIBOSOME / 70S / pathogen / antibiotic development / antibiotic resistant
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding ...ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Type-1 KH domain profile. / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / K Homology domain / K homology RNA-binding domain ...Type-1 KH domain profile. / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS14 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS14C / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS7
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jogl, G. / Khayat, R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094157 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)G12MD007603 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Cryo-electron microscopy structure of the 70S ribosome from Enterococcus faecalis.
著者: Eileen L Murphy / Kavindra V Singh / Bryant Avila / Torsten Kleffmann / Steven T Gregory / Barbara E Murray / Kurt L Krause / Reza Khayat / Gerwald Jogl /
要旨: Enterococcus faecalis is a gram-positive organism responsible for serious infections in humans, but as with many bacterial pathogens, resistance has rendered a number of commonly used antibiotics ...Enterococcus faecalis is a gram-positive organism responsible for serious infections in humans, but as with many bacterial pathogens, resistance has rendered a number of commonly used antibiotics ineffective. Here, we report the cryo-EM structure of the E. faecalis 70S ribosome to a global resolution of 2.8 Å. Structural differences are clustered in peripheral and solvent exposed regions when compared with Escherichia coli, whereas functional centres, including antibiotic binding sites, are similar to other bacterial ribosomes. Comparison of intersubunit conformations among five classes obtained after three-dimensional classification identifies several rotated states. Large ribosomal subunit protein bL31, which forms intersubunit bridges to the small ribosomal subunit, assumes different conformations in the five classes, revealing how contacts to the small subunit are maintained throughout intersubunit rotation. A tRNA observed in one of the five classes is positioned in a chimeric pe/E position in a rotated ribosomal state. The 70S ribosome structure of E. faecalis now extends our knowledge of bacterial ribosome structures and may serve as a basis for the development of novel antibiotic compounds effective against this pathogen.
履歴
登録2020年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21908
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: 16S rRNA
c: 30S ribosomal protein S3
g: 30S ribosomal protein S7
i: 30S ribosomal protein S9
j: 30S ribosomal protein S10
m: 30S ribosomal protein S13
n: 30S ribosomal protein S14 type Z
s: 30S ribosomal protein S19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)595,7189
ポリマ－595,6528
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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30S ribosomal protein ... , 7種, 7分子 cgijmns

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 22884.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKR8, UniProt: Q839F8*PLUS
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17547.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKQ3, UniProt: Q839H0*PLUS
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14069.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XSA2, UniProt: Q82Z47*PLUS
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11400.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKR5, UniProt: Q839G5*PLUS
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 12619.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKT7, UniProt: P59754*PLUS
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7041.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKT0, UniProt: Q839F1*PLUS
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 8999.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKS0, UniProt: Q839G0*PLUS

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RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 2分子 a

#1: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 501090.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: GenBank: 327533853
#9: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Enterococcus faecalis / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#8 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Sample was monodisperse.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Vol = 4 uL, BT = 4 sec, BF = 0, DT = 0, WT = 8 sec

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch0.53粒子像選択
2Leginon画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.8.9.1モデルフィッティング
9PHENIX1.14_3235モデル精密化
10RELION3.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC0.63最終オイラー角割当
12FREALIGN9.03分類
13cryoSPARC0.63３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 335675 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 177 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation Coefficient
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
15LI0

5li0

15LI01PDBexperimental model
24YBB

4ybb

14YBB2PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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