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万見
- PDB-6wrs: Structure of the 50S subunit of the ribosome from Methicillin Res... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wrs
タイトルStructure of the 50S subunit of the ribosome from Methicillin Resistant Staphylococcus aureus in complex with the antibiotic, tedizolid
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 23
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • uL22
  • uL25
キーワードRIBOSOME / antibiotic / tedizolid / oxazolidinone
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome ...large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L33 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal protein L30/L7 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #100 / Ribosomal protein L16/L10 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 ...Ribosomal protein L33 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal protein L30/L7 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #100 / Ribosomal protein L16/L10 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 / Ribosomal Protein L22; Chain A / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Rubrerythrin, domain 2 / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / RRM (RNA recognition motif) domain / Single Sheet / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L2 signature. / : / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein L2, domain 3
類似検索 - ドメイン・相同性
Tedizolid / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 ...Tedizolid / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein bL21 / 50S ribosomal protein L4 / 50S ribosomal protein L29 / 50S ribosomal protein L25 / 50S ribosomal protein L22 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL33B / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL30
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Belousoff, M.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH1910126 米国
引用ジャーナル: ACS Pharmacol Transl Sci / 年: 2020
タイトル: Characterization of the Core Ribosomal Binding Region for the Oxazolidone Family of Antibiotics Using Cryo-EM.
著者: Alexander Wright / Kieran Deane-Alder / Edward Marschall / Rebecca Bamert / Hari Venugopal / Trevor Lithgow / David W Lupton / Matthew J Belousoff /
要旨: Linezolid and tedizolid are oxazolidinones with established clinical utility for the treatment of Gram-positive pathogens. Over time it has become apparent that even modest structural changes to the ...Linezolid and tedizolid are oxazolidinones with established clinical utility for the treatment of Gram-positive pathogens. Over time it has become apparent that even modest structural changes to the core phenyl oxazolidinone leads to drastic changes in biological activity. Consequently, the structure-activity relationship around the core oxazolidinone is constantly evolving, often reflected with new structural motifs present in nascent oxazolidinones. Herein we describe the use of cryo-electron microscopy to examine the differences in binding of several functionally different oxazolidinones in the hopes of enhanced understanding of their SAR. Tedizolid, radezolid, T145, and contezolid have been examined within the peptidyl transferase center (PTC) of the 50S ribosomal subunit from methicillin resistant . The ribosome-antibiotic complexes were resolved to a resolution of around 3 Å enabling unambiguous assignment of how each antibiotic interacts with the PTC.
履歴
登録2020年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21887
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 50S ribosomal protein L19
B: 50S ribosomal protein L2
C: 50S ribosomal protein L20
D: 50S ribosomal protein L21
E: uL22
F: 50S ribosomal protein L23
G: 50S ribosomal protein L24
H: uL25
J: 50S ribosomal protein L28
K: 50S ribosomal protein L29
L: 50S ribosomal protein L3
M: 50S ribosomal protein L30
N: 50S ribosomal protein L32
O: 50S ribosomal protein L33
P: 50S ribosomal protein L34
Q: 50S ribosomal protein L35
R: 50S ribosomal protein L36
S: 50S ribosomal protein L4
V: 50S ribosomal protein L13
W: 50S ribosomal protein L14
X: 50S ribosomal protein L15
Y: 50S ribosomal protein L16
Z: 50S ribosomal protein L17
a: 50S ribosomal protein L18
1: 23S rRNA
2: 5S rRNA
I: 50S ribosomal protein L27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,295,91928
ポリマ－1,295,54927
非ポリマー3701
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
50S ribosomal protein ... , 23種, 23分子 ABCDFGJKLMNOPQRSVWXYZaI

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13392.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UVB6, UniProt: Q2FZ42*PLUS
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30217.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077W1J0, UniProt: P60430*PLUS
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13720.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077VMP6, UniProt: Q2FXQ1*PLUS
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11700.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A0E0VQU6, UniProt: Q2FXS8*PLUS
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10627.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: W8TUB4, UniProt: Q2FW08*PLUS
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11591.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: W8TRD5, UniProt: Q2FW17*PLUS
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 6967.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077URJ8, UniProt: Q2FZ60*PLUS
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8491.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A2S6DIY7, UniProt: Q2FW14*PLUS
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 23459.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: W8U3W0, UniProt: Q2FW06*PLUS
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6434.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: W8UVN7, UniProt: P0A0G2*PLUS
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6472.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UWR7, UniProt: Q2FZF1*PLUS
#14: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33


分子量: 5885.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UXT4, UniProt: Q2FY22*PLUS
#15: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 6064.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: T1YD75, UniProt: Q2FUQ0*PLUS
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7593.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UL47, UniProt: Q2FXQ0*PLUS
#17: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4318.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UGV8, UniProt: Q2FW29*PLUS
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22523.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A166DK89, UniProt: Q2FW07*PLUS
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16359.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: W8TUE6, UniProt: Q2FW38*PLUS
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13157.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UUA0, UniProt: Q2FW16*PLUS
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15628.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UGA7, UniProt: P0A0F8*PLUS
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 16274.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077V4G0, UniProt: Q2FW13*PLUS
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13771.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077UG91, UniProt: Q2FW33*PLUS
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 13124.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: W8TRE0, UniProt: Q2FW22*PLUS
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9198.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A077ULC5, UniProt: Q2FXT0*PLUS

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タンパク質 , 2種, 2分子 EH

#5: タンパク質 uL22


分子量: 12871.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A7X5F6, UniProt: Q2FW11*PLUS
#8: タンパク質 uL25


分子量: 12063.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A2X2JWH5, UniProt: Q2G0S0*PLUS

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 12

#25: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 946680.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: GenBank: 1760383645
#26: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 36957.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: GenBank: 1750990749

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非ポリマー , 1種, 1分子

#28: 化合物 ChemComp-U7V / Tedizolid / torezolid / Sivextro, TR-700 / テジゾリド


分子量: 370.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H15FN6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 50S ribosomal subunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#27 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 47 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 140000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00888625
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.679133490
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.42146876
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03917203
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0046447

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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